保密局是一九四六年七月一日成立的，由郑介民兼局长，毛人凤任副局长。在该局成立后不久，蒋介石曾召集该局处长以上一级的成员训话。他表扬了戴笠一番，要大家继承其“遗志”。
保密局的内部组织，与“军统”时期大致相同。在局长副局长之下，设局长办公室主任，在郑介民时期，办公室主任先后由黄天迈和张继勋担任过。室下设专员及秘书，还有一个文书科。
局本部设七个处。第一处为情报处，由原“军统”第二处处长何芝园任处长；下设军事、党政、经济、国际四个科。第二处为行动处，由叶翔之任处长；下设行动、侦防、策反、心理作战四科。第三处为人事处，因“军统”原任人事处长龚仙舫已为戴笠陪葬，改由郑修元任处长；下设人事行政、考铨、卡片等科。第四处仍和“军统”一样，是电讯处，由杨震裔任处长；下设通讯、机务、工务等科。第五处为司法处，由李希成任处长；下设审讯、狱管两科，重庆“中美合作所”内的“白公馆”和“渣滓洞”两个看守所，以及西安、上海、北平、南京等地的看守所和集中营，都由这个处去管。第六处为经理处，由郭旭任处长；第七处为总务处，由沈醉任处长；都是“军统”的旧班底。
保密局局本部还有三个室：督察室，由廖华平任主任；总稽核室，由张冠夫任总稽核；预算室，由朱光斗任主任。在上述处、室之外，还有几个组：
(一)机要组，由“军统”女少将姜毅英任纽长，主管译电和密码工作。
(二)特种政治问题研究组，专门研究有关中共的问题，成员都是一些叛徒。这个机构在“军统”时代，由张国焘主持，张离去后，由瞿梦秋任组长。毛人凤对予这些人是不放心的，只想利用他们的旧关系为保密局工作，所以这个组不在保密局里面办公，只在有事时，找瞿梦秋去开开会，别的成员都不让到保密局去。
(三)特种技术研究组，由刘绍复任组长。专门研究暗杀、爆破、纵火等技术工作，并制造各种定时炸弹、毒药、毒刀、纵火伞、纵火金笔等。
(四)到一九四八年时，又从人事处划出一部分人来，成立了一个布置组，由赵斌丞任组长，专门负责布置潜伏工作。
“军统”原有的设计委员会，保密局照样保留，专作储备高级特务之用，先后由张严佛、刘启瑞等当过主任委员。另外还有由局本部直接领导的高级情报员十四名，其中有的是国民政府中央各部门的高级幕僚，有的是大商人，有的是过时的官僚政客，专搞一些所谓上层情报。
保密局外勤省站的编制，按国防部核定的人数分为三种：如上海、天津、北平、四川、云南等大一点地区，称为甲种站，为一百六十人；安徽、贵州、新疆等称为乙种站，为一百一十人；再小一点的地方称为丙种站，为六十人。甲种站除站长、副站长外，有一个书记、一个至两个助理书记，一个情报编审、一两个助编，两个司书，一个译电员以及主管人事、总务、会计、交通等人员。此外，还有一个专搞学生特务工作的学运指导员，和一个专搞工人特务工作的工运指导员，与几个直属省站的情报员。另有一个由局本部督察室派去的督察员，受督察室和站长的双层领导。
省站一级，大都由局本部电讯处配置一个电讯支台，各组则设有组台，由支台直接和保密局总台联系。这个支台是站的配属单位，不受站长领导。支台一般有两三部大型电机，组台都是小型的特工机。
保密局成立时，毛人凤因为担心对外勤人员控制不了，所以各省站的站长，用的大都是“军统”临澧特训班的毕业生和提升起来的一些中级特务，有意不用资格老的人。但因为由“军统”时期起便有一条规定：“秘密领导公开”，而各省公开单位的负责人，又多是“军统”的老特务，他们对那些年资浅的省站站长都不买账，所以各站的工作也就推不动。等到毛人凤把郑介民挤了出去之后，一方面已经大权在握，一方面也感到再这样下去实在不行了，才决定把一些将官级的人员调出去当站长。并在一九四八年春天，把新调任的站长和准备保留的一些老站长总共三十人左右，在南京办了一个站长讲习班，由他自己亲自主持，训练了一个月。而把原有的一些资历较浅的站长，降为副站长。
在站长讲习班结束时，蒋介石还在黄埔路“官邸”接见了这些参加讲习的站长。他对毛人凤调整省站人事的办法，极为赞许。又说各省的工作重点应摆在省站，并要各省站的负责人，对外勤特务必须加以调整。又说保密局的外勤人员必须社会化，每个人都要有一个公开的职业作为掩护，以便打入社会各阶层去活动，特别要设法打入各民主党派和进步团体，多多拉拢一些动摇分子参加特务工作。而最主要的是要千方百计、不惜任何代价打入共产党在各地方的组织去。他又吩咐，不称职或身份已暴露的特务人员，应调到公开机关去安插。还要不断吸收新人员参加。蒋介石说，各省站的负责人，除了管省站的工作外，还要亲自去从事高一级的情报活动。并提出，省站站长可以用国防部专员的名义，在当地作公开活动，站长以下则要绝对秘密。
保密局的外勤站，先后设立的有北平站、河北站(设在保定)、天津站(分为两站：一站搞一般情报，二站搞外事情报)、山西站、山东站、青岛站、河南站、陕西站、甘肃站、新疆站、拉萨站、云南站、贵州站、川西站(蓉站)、重庆站、康定站、湖北站、鄂北站、湖南站、江西站、安徽站、南京站、上海站、苏南站、苏北站、浙江站、福建站、台湾站、广东站、广西站、承德站、沈阳站、长春站、察哈尔站、绥远站、河西站、宁波站、琼州站、香港站、南朝鲜站、西贡站、新加坡站、曼谷站、开罗站、卡拉奇站、菲律宾站等等。以后在站以上，又有过一螋高一级的组织，如东北督导室，由文强任主任；西南特区，由徐远举任区长；西北特区，由胡子萍任区长。一九四九年蒋政府逃到广州时，又成立过广州办事处，由郭旭兼主任；以后逃到藿庆，又成立过重庆办事处，由唐治任主任。
在戴笠生前，蒋介石因为一来局势对他还不象后来这样坏，二来他对戴也比较放心，对于特务机关的事，“躬亲”的时候不多；但后来因为形势对他愈来愈不利，他也愈来愈指望其特务机关能发生更大更多的作用，就比以前更加用精神了。因此，在“军统”改为“保密局”之后，他一再亲自出马对上层成员“训话”，也一再集体的或个别的接见派到各地去的省站人员，指示打气，希望他们多多拚命。而毛人凤在这时期，为了争取表现，巩固其黑暗“事业”，也特别大卖力气。他一方面仍学戴笠的老办法，每天中午，在局本部与副处长以上人员一起吃饭，一起谈问题，以期增加效率。在和公开特务机关的联系上，也保留“军统”过去的成例，每月约集宪兵司令、“中统”局长、警察总署署长、国防部第二厅厅长等开会一次。保密局成立时，是在南京马台街二十二号办公，一九四七年上半年才迁入洪公祠新建的大厦。及后，毛人凤又特别在傅厚岗通往玄武门的马路上，弄了一幢房子，取名“诚庐”，作为各特务单位首脑开会之用。一些有关对付共产党及镇压民主爱国运动等问题，便在这种会议上提出来，以便各特务机关能采取协作的步骤。毛人凤还规定：各省站站长，必须参加各地省一级的特务会报，以便在反共方面，能取得更多的联系。又规定各省站站长每月至少要召开一次“公秘会报”(公开和秘密的特务机关负责人的会报)，轮流报告各单位工作，然后汇报保密局。
在保密局时期，所能控制的公开机关，已不如“军统”时期那样多。而在被控制的机关中，由于权力之争的加剧，其负责人也不如“军统’’时期这么听话。当时，最大的公开特务机关，要数全国警察总署，署长唐纵，因为是老“军统”，表面上虽然接受保密局的控制和运用，但实际上也在搞他自己的一套。这个警察头子的职位，如果戴笠不死，很可能落在“中央警校”教育长李士珍的手上，因李在抗战胜利后所拟的“十年建警计划”很得到蒋介石的重视。也有戴季陶等人的极力支持；且蒋之驭下，一向爱用互相牵制的手段，也有意把警权交给李。但戴笠一死，蒋为了使“军统”的人安心，又把这一组织交给了“军统”的唐纵。唐既被郑介民和毛人凤挤了出来，为了建立个人的势力，便一心要搞出自己的一套。他首先提出要使警察人员“正规化”，凡不是警官学校毕业的人不能当警官。所以对于保密局介绍去的人，非经他亲自批准，不派工作，实际上等于拒绝控制。但蒋介石虽把这个警察组织交给唐纵，但在重要人事上仍要加以控制，特别是一些大城市的警察局长，都得由他亲自决定。因此又造成另一种情况：郑介民和毛人凤既不便越过唐纵去请蒋介石批准；而唐纵也不会为保密局去争。结果，保密局要在警察系统安插人，更加不顺手了。抗战胜利以后，各大城市的警察局长，都由蒋介石亲自派出，上海给了宣铁吾，北平给了陈卓，天津给了毛文佐，南京给了黄珍吾。本来，照戴笠的暗中安排，天津要安插李汉元，但这个在天津租界为外国人当了十多年奴才的“天津通”、老“军统”，结果只好屈居毛文佐之下，当了个副局长。南京的首都警察厅长一职，戴笠一向培植任建鹏。在南京撤退时，任当首都警察厅保警总队长，带着一批武装保安警察向重庆逃跑时，把首都警察厅的印信带在身边，早已野心勃勃。到重庆后，他改任内政部警察总队长。由于有戴笠撑腰，以为胜利一来，首都警察厅长非他莫属，岂知蒋介石却给了别人。他自己只弄到一个汉口警察局长。以后北平的陈卓走了。宪兵司令张镇又推荐他的参谋长汤永成去接充，戴笠派去的副局长祝维屏也没有推上去。一直到一九四八年，几个大城市的警察局长，才慢慢落到“军统”的手上，先是天津归了李汉元，北平归了杨清植，上海在解放前给了毛森。因此毛人凤常埋怨唐纵，说“唐先生只会向家里(指“军统”)要东西，要去了马台街的房子，要去了不少的汽车，要去了中美所的刑事实验室全部器材，就是不肯要人!”特别是以后唐兼了国防部保安事务局长之后，也只挑了赵世瑞等几个人去工作，更加深了“军统”老特务的反感。
保密局所控制的第二个公开的机关，是交通部全国交通警察总局，先后由吉章简、周伟龙、马志超任总局长。这个局的成员，大都是原来军委会水陆交通统一稽查处和军委会别动军司令部及忠义救国军的人马，基本上还接受保密局的领导。当时，几条铁路的警务处长，如京沪、沪杭甬的王兆槐，平汉的朱若愚，津浦的吴安之，陇海的程一鸣，胶济的贺元，粤汉的张辅邦，湘桂的史铭，滇越的田动云，都是“军统”老特务。公路方面，公路总局之下的各地公路局的警卫稽查组、和运输处的警稽室，也都由“军统”老特务控制。交通警察总局的二十多个交通警察总队，也全是由原属“军统”指挥的特务武装部队改编而成的。
按照过去“军统”的传统，公开机关国防部第二厅，也应由保密局控制。这在郑介民以保密局长兼第二厅长的时期，还不成问题。后来郑被免去保密局长和第二厅厅长兼职，由副厅长侯腾升任厅长后，便不愿受保密局的控制。侯还想把原来在第二厅的“军统”特务排挤出去，一手把持军事情报，而让保密局专搞党政情报，分庭抗礼。毛人凤因为自知在军事情报方面抢不过第二厅，但又不肯放手，只好暗中指使留在该厅的“军统”成员，继续与保密局保持工作关系，并设法与侯腾捣鬼。一直到逃台之前，双方都勾心斗角，互相争宠。
保密局控制得最多的是各地的稽查处，这是“军统”从抗战胜利后便更首先抢到的公开单位，如上海淞沪警备司令部稽查处长程一鸣、南京卫戍司令部稽查处长何龙庆、北平警备司令部稽查部倪超凡、天津警备司令部稽查处长陈仙洲等等，都是戴笠亲自安排的，以后也一直掌握在保密局手中。至于原来大后方的一些地区，如重庆、成都、西安、兰州等地的稽查处，在保密局时期，也一直没有放过手。另外，各大城市的侦缉大队或刑警处，也都掌握在保密局手中。保密局在各地掌握了这两种公开特务机关，不但对逮捕、搜查、监禁等方面的活动，可用“合法”的面目从事，得到很大的方便。
另外，在保密局控制下的，还有兵工署的稽查处。这个处成立于抗战初期，原来叫警卫稽查处。抗战胜利后仍旧保留下来，改名稽查处。保密局内部则称之为兵工稽查处，以区别于各地警备司令部的稽查处。这个处的成立，是专门为了防止共产党在各兵工厂活动和镇压各兵工厂工人的。国民政府又把各兵工厂工人列为现役军人，不准组织工会。各兵工厂都设有警稽组和警卫大队，他们对待兵工厂工人，也动辄是“军法从事”。抗战期间，这个处的处长是张师，胜利后是廖宗泽，这两人都是投入“军统”的间谍。
保密局的外围组织，最大的一个要算是“中国新社会事业建设协会”。这个组织，是由抗战时期戴笠所主持的“人民动员委员会”扩充起来的。当时，戴笠的野心很大，想把全国的青帮、洪帮、袍哥、哥老会以及各地的流氓组织统一起来，归他自己领导，以加强“军统”的外围力量。被邀参加这个组织的委员，有杜月笙、王晓籁、向松坡、杨虎、张啸林、范绍增等近百人。一九四六年在上海静安寺路丽都花园开筹备成立大会时，各路人马均赶去参加，曾被认为是一个“盛举”。戴笠死后，由“军统”大特务徐亮负责，已经抓不起来，特别是在发展组织时，遭到“CC”和政学系等各方面的攻击与阻挠。其中主要原因，是他们怕保密局掌握了各地帮会组织之后，对于选举“国大代表”和立法委员时，会起操纵作用，对于他们的派系不利。郑介民和毛人凤一看风头不对，这个会才在无形中停止了活动。
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