曾希圣调任中共中央西南局书记处书记工作仅仅半年多,“文化大革命”就开始了。1966年春,在参加一次中央会议后,曾希圣认为,毛主席非常相信人民群众,要用人民群众的力量,冲洗党内存在的腐朽。但后来看到中央文件上公布的中央文革小组成员名单,却大惑不解。原来他以为中央文革小组组长应是周恩来,副组长应是邓小平,顾问应是董必武和吴玉章这些党内德高望重、有丰富斗争经验的老一辈无产阶级革命家。现在却是陈伯达当组长,江青当副组长,康生当顾问。对这3人,曾希圣一向非常反感,尤其是康生的老底子,他是一清二楚的。曾希圣对老战友们说,这下坏了,运动要走偏方向了,肯定有许多老同志要遭殃。
1966年8月18日,毛泽东在天安门城楼检阅红卫兵时,林彪、陈伯达、康生、江青等人位次向前排了,而刘少奇、邓小平排在后面了。曾希圣敏锐地意识到,真正忠诚于毛主席的同志大难即将临头。不久,“打倒刘少奇、打倒邓小平”的大幅标语、大字报铺天盖地而来,刘、邓二人分别被判定是中国第一、二号走资派。曾希圣忧心如焚。尽管此时他自己在成都也被揪出,多次遭受批斗,但他却时时担心刘少奇和邓小平。1967年5月,在周恩来的保护下,他从成都来到北京,后因病住进医院,但他心里还时时念着邓小平。幸免被揪斗的总参几位老战友对他说:“老曾,你受苦了。”他说:“我算什么呢!真正受苦的是少奇、小平。但我又相信,少奇、小平能挺得住,主席也会保护他们,特别是小平。因为主席多次高度评价小平‘人才难得!”
粉碎“四人帮”以后的1978年7月19日下午,曾希圣含恨逝世10周年,党中央为他举行了隆重的追悼会。追悼会在北京八宝山革命公墓礼堂举行。邓小平及党和国家领导人一起参加追悼会,卓琳也参加了追悼会。胡耀邦代表党中央致悼词,邓小平、卓琳送了花圈。邓小平夫妇肃立在曾希圣遗像和骨灰盒前,向曾希圣遗像深深三鞠躬,后缓步走到余叔面前,双手紧紧握住余叔的手,深情地说:“小余,你要为党忍痛节哀,多多保重,教育好孩子,像老曾一样,为革命事业努力奋斗!”
