中药复方稳发的1区TOP！11.3分Phytomedicine：浙中医大揭示疏肝健脾调肠丸多组学筛选抗结直肠腺瘤入血成分与靶点拆解

今天拆解的这篇范文，来自浙江中医药大学基础医学院，2026 年 8 月刚被Phytomedicine（IF=11.3，中科院医学 1 区TOP）接收。文章用一套「体内药效→血清药化→蛋白质组→网络药理→单细胞 + 空间转录→分子对接 + MD→SPR 直接结合→细胞功能 + 靶点敲低」的多组学闭环，把一个 11 味中药复方的物质基础和候选靶点讲得清清楚楚。全文 12 张Figure，技术栈非常全面，非常适合做中药复方药理的同学参考。

题目

Multi-omics-guided identification of blood-entering bioactive components and candidate responsive targets of Shugan Jianpi Tiaochang Pill against colorectal adenoma

一：背景

结直肠腺瘤（CRA）是结直肠癌（CRC）的关键癌前病变，腺瘤 - 癌序列是 CRC 发生的核心路径。目前临床主要靠内镜切除 + 风险分层监测，但术后复发、异时性病变、长期反复肠镜监测仍是巨大临床负担，缺乏有效的药物预防手段。疏肝健脾调肠丸（TCP）是针对 CRA「脾虚湿蕴、气滞、毒瘀互结」病机研制的中药复方，由 11 味药组成：君药（各300g）：党参、白术、茯苓、柴胡、白芍、补骨脂、肉豆蔻、山药佐药（各 120g）：附子、炙甘草、干姜。临床用于 CRA 术后调理和复发预防，但入血活性成分和疾病相关分子靶点从未被系统阐明。

二、核心科学问题

TCP 口服后究竟哪些成分真正入血？这些入血成分通过哪些靶点、调控哪些生物学过程发挥抗 CRA 作用？

三、逐Figure拆解：

Figure 1：TCP缓解AOM/DSS诱导的CRA体内进展

Figure 2：UPLC-MS/MS化学谱 + 血清药化鉴定入血成分

核心结果：

• 含药血清 vs 空白血清检测到79 个差异成分
• 最终锁定28 个原型入血成分（非代谢产物）用于后续靶点预测
• 其中 35 个入血相关成分可在 TCP 原溶液中检出，证实其复方来源

关键操作：做复方机制，必须做血清药物化学，不能直接用药材提取物的成分去预测靶点。28 个入血成分是后续所有分析的物质基础。

Figure 3：结肠组织蛋白质组学 ——TCP 逆转的疾病相关蛋白

核心结果：

• 差异蛋白：模型 vs 正常 = 1200 个DEPs；TCPvs 模型 = 412 个 DEPs（Fig 3A）
• Venn 交集：83 个重叠蛋白，其中74 个在 TCP 治疗后呈现相反表达趋势（即被 TCP 逆转）（Fig 3B）
• 层次聚类：正常、模型、TCP 三组清晰分开（Fig 3C）
• GO 富集：TCP 响应蛋白主要富集于线粒体能量代谢——ATP 合成、三羧酸循环、有氧呼吸、呼吸链复合物 I 组装、电子传递活性、脱氢酶活性（Fig 3D-G）
• PPI 网络：构建 TCP 响应蛋白互作网络，按 degree 排名 Top 25 枢纽蛋白（Fig 3H）

亮点：蛋白质组学直接捕捉药物干预后的组织蛋白变化，比纯转录组更接近功能表型。74 个被 TCP 逆转的蛋白是后续靶点筛选的关键交集层。

Figure 4：网络药理学——300 个 TCP 抗 CRA 候选靶点

核心结果：

• PPI 网络：300 个靶点高度连接，提示功能协同（Fig 4B）
• GO 富集：激酶活性调控、异生物质刺激响应、离子跨膜转运、转移酶活性调控（Fig 4C）
• KEGG 富集：氮代谢、肾素 - 血管紧张素系统、AGE-RAGE 信号、细胞周期、cGMP-PKG、钙信号、MAPK 信号、神经活性配体 - 受体互作（Fig 4D）
• 成分 - 靶点 - 通路网络：可视化入血成分、候选靶点、富集通路之间的关联（Fig 4E）

Figure 5：三重交集锁定EPHA7和LDHB +外部验证

巧妙之处：用「网络药理靶点 ∩ 蛋白质组逆转蛋白」的双重交集，把 300 个候选直接缩小到 2 个，效率极高。同时坦诚 LDHB 的异质性，不强行解释，体现学术严谨性。

Figure 6：单细胞转录组——EPHA7 富集于癌相关成纤维细胞（CAF）

核心结果：

• 细胞分群：UMAP 鉴定 12 个主要细胞群 —— 上皮、干 / 祖细胞、结肠细胞、杯状细胞、肠内分泌细胞、成纤维细胞 / CAF、内皮、巨噬细胞、中性粒细胞、T/B/NK 细胞（Fig 6A）
• 靶点分布：EPHA7 优先富集于成纤维细胞 / CAF；LDHB 在上皮和基质群体中广泛分布（Fig 6B）
• CAF 亚群分析：1501个fibroblast/CAF 细胞进一步聚为11个亚群（Fig 6C）
• 拟时序分析（Slingshot）：CRA 来源的 CAF 富集于拟时序后期，提示疾病相关的 CAF 状态重塑（Fig 6D-F）
• EPHA7 表达趋势：沿 CAF 拟时序进程逐渐降低（Fig 6G）
• ECM 相关：EPHA7 与 FN1、COL1A1 表达动态相关，且呈正相关（Fig 6H-J）
• CAF 亚型：分为炎症型 CAF（iCAF）和肌成纤维型 CAF（myCAF）
• • 正常组织以 myCAF 为主，CRA 组织 iCAF 扩增（Fig 6K-L）
  • EPHA7 在 myCAF 中表达显著更高，myCAF 中 EPHA7 阳性细胞比例 39.7%，iCAF 中仅 7.8%（Fig 6M）

升维操作：普通二区文章只做组织 WB，一区必须深入肿瘤微环境细胞特异性。EPHA7 不是简单的肿瘤上皮靶点，而是CAF / 基质生态重塑的标志物，这一发现大幅提升了机制深度。

Figure 7：空间转录组 +单细胞虚拟敲除

空间转录组（GSE283052）：

• CRA 组织切片空间区室映射：上皮、干 / 祖细胞、杯状细胞、fibroblast/CAF、免疫区域（Fig 7A-B）
• EPHA7：稀疏、区域限制性信号；LDHB：广泛分布（Fig 7C）→ 与单细胞结果一致
• 空间通路映射：EPHA、COLLAGEN、LAMININ 相关信号呈现不同的空间分布
• 邻近感知通讯网络：上皮、杯状细胞、干 / 祖细胞、免疫、fibroblast/CAF 之间存在空间连接（Fig 7D）

虚拟敲除（scTenifoldKnk）：

• EPHA7 敲除：影响细胞连接、黏着斑、细胞骨架组织、Wnt 调控、上皮状态相关通路（Fig 7E）
• LDHB 敲除：影响 ECM - 受体互作、黏着斑、cAMP 信号、PI3K-Akt 信号、嘌呤代谢、代谢相关通路（Fig 7F）

注意作者的严谨表述：明确指出空间转录组和虚拟敲除仅提供疾病相关性和假设生成证据，不能建立 TCP 介导的调控或生物学因果关系。这种分寸感是一区文章的必备素质。

Figure 8：分子对接——AHP 筛选 Top 成分 + 结合模式

成分筛选策略：

• 构建层次分析法（AHP）评价体系，基于 Caco-2 通透性、PAMPA 通透性、口服生物利用度、类药性、半衰期、生物利用度评分、CYP 抑制潜力等参数
• 28 个入血成分中筛选 Top 5：芍药苷、18β- 甘草次酸、汉黄芩苷、4 - 乙酰氧基肉桂酸、marmin

Figure 9：100ns 分子动力学模拟 —— 复合物稳定性验证

对4个选定复合物进行100ns MD 模拟（GROMACS 2022.2，AMBER14SB+GAFF2力场，NPT 系综，310K，1bar）：

• RMSD：LDHB 复合物约 5ns 后达到平衡；EPHA7 复合物约 30-60ns 后稳定（Fig 9A）
• Rg（回转半径）：整体紧凑度稳定（Fig 9B）
• SASA（溶剂可及表面积）：稳定（Fig 9C）
• 氢键数：保持稳定（Fig 9D）
• RMSF（均方根涨落）：结合口袋区域残基波动小（Fig 9E）
• 自由能景观：存在明确的最低能量构象态（Fig 9F）

→ 4 个复合物在 100ns 模拟中整体稳定，支持结合兼容性

Figure 10：SPR 表面等离子体共振 —— 直接结合金标准验证

对汉黄芩苷、18β- 甘草次酸与EPHA7、LDHB 进行 SPR 检测：

• 4 组化合物 - 靶点对均显示直接结合
• KD 值范围：4.91–10.3 μM
• 这是比分子对接更有说服力的体外直接结合证据

SPR 是药物 - 靶点直接结合的金标准技术之一，KD 在微摩尔级别对于中药单体来说是不错的结果。一区文章强烈建议加上 SPR 或 CETSA。

Figure 11：汉黄芩苷和18β- 甘草次酸的 HCT-116 细胞功能验证

细胞模型：人结直肠癌细胞 HCT-116

核心结果：

• CCK-8：两个化合物均剂量依赖性抑制HCT-116 细胞活力（48h）（Fig 11A）
• • 18β- 甘草次酸：25/50/100 μM
  • 汉黄芩苷：50/100/200 μM
• 流式凋亡：两个化合物均剂量依赖性促进凋亡（Fig 11B）
• WB：化合物处理后 EPHA7 和 LDHB 蛋白表达升高，尤其高浓度（Fig 11C）
• qPCR：EPHA7 和 LDHB mRNA 水平升高（Fig 11D）
• 高内涵免疫荧光：EPHA7 和 LDHB 荧光信号增强（Fig 11E）

Figure 12：体内靶点恢复+ siRNA 敲低回补实验

体内验证（Fig 12A-B）：

• 小鼠结肠组织 WB 和 qPCR：模型组 EPHA7、LDHB 显著下调，TCP 治疗后恢复

siRNA 筛选（Fig 12C-D）：

• 3 条 siRNA 分别靶向 EPHA7 和 LDHB
• si-EPHA7-1 和 si-LDHB-3 敲低效率最高，用于后续实验

敲低回补（Fig 12E-J）：

• 阴性对照 siRNA 组：化合物处理后 EPHA7/LDHB 升高
• 靶点敲低组：基础表达降低，且化合物诱导的升高被减弱

EdU 增殖实验（Fig 12K-L）：

• 阴性对照 siRNA 组：化合物显著抑制 DNA 合成
• EPHA7 或 LDHB 敲低后：化合物的额外抑制作用减弱

→ 证明 EPHA7 和 LDHB部分介导了化合物的抗增殖作用

作者严谨表述：明确指出这些结果支持功能参与（functional involvement），而非直接分子靶点结合（direct molecular target engagement），也不建立因果必要性。这种分寸感值得学习。

四、本文 3 大创新点

• 多组学驱动的成分 - 靶点发现框架：整合血清药化、蛋白质组、网络药理、单细胞、空间转录，从「黑箱」复方中系统筛选入血成分和候选靶点
• EPHA7 的 CAF 基质特异性发现：EPHA7 不是简单的上皮靶点，而是富集于 myCAF、与 ECM 重塑和上皮 - 基质通讯相关的基质调控因子
• 双重交集策略高效缩靶：用「网药靶点 ∩ 蛋白质组逆转蛋白」直接从 300 个缩小到 2 个，效率极高

五、一句话总结

这篇文章的核心逻辑可以浓缩为：一个 11 味中药复方 + 一套多组学驱动的成分 - 靶点发现框架 + 28 个入血成分 → 双重交集锁定2 个靶点 → 单细胞 / 空间解析微环境 → SPR + 细胞验证。

对于做中药复方的同学来说，这篇文章最值得学的是它「先把入血成分搞清楚，再用蛋白质组 + 网络药理双重交集把靶点缩到最少，然后用单细胞和空间转录把靶点放到微环境里讲清楚，最后用 SPR 和细胞实验落地验证」的整套筛选策略。

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0944711326009529

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