自然人借多层嵌套合伙企业减持股票税局穿透架构追征个税两千万元

编者按：合伙企业遵循“先分后税”原则，部分主体通过搭建多层嵌套架构叠加核定征收的方式，将股票减持所得的综合税负压至极低水平，但架构能否通过合理商业目的的检验，是稽查机关穿透核查的核心焦点。本文以一起多层合伙架构减持股票的真实案例为引，还原架构搭建过程与税局穿透调整的全貌，分析税局否定核定征收资格及穿透计税的逻辑，梳理多层嵌套合伙架构在当前监管环境下面临的涉税风险，并提出税务合规防控建议。

01

多层合伙嵌套架构叠加核定征收完成股票减持

2015年，张某、李某、王某、赵某、钱某、孙某六名自然人共同出资3000万元，在L市设立A合伙企业，全部募集资金专项用于购入某上市公司股票。其中，张某、李某、王某三人各出资700万元，分别持有A合伙企业23.33%的份额；赵某、钱某、孙某三人各出资300万元，分别持有A合伙企业10%的份额。设立之初，六名自然人均以直接合伙人身份持有A合伙企业份额，为典型的单层直接持有份额结构。

2019年，六名自然人着手对原有架构进行调整，分组设立两家上层合伙企业。其中，张某、李某、王某在H市共同设立甲合伙企业，赵某、钱某、孙某在H市共同设立乙合伙企业，两家企业工商主营业务均登记为商业贸易类。2020年1月，A合伙企业完成全部合伙人工商变更手续，原六名自然人悉数退出合伙人名录，改为由甲合伙企业持70%份额、乙合伙企业持30%份额。本次架构调整后，实际权益比例并无改变，张某、李某、王某三人通过等额持有甲合伙企业份额，间接持有A合伙企业各23.33%的权益（70%×1/3）；赵某、钱某、孙某三人通过等额持有乙合伙企业份额，间接持有A合伙企业各10%的权益（30%×1/3）。经申请，2020年3月，H市主管税务分局对甲合伙企业、乙合伙企业按照主营业务“商业”行业核定征收方式，核定应税所得率为5%。调整后的嵌套层级结构如下：

2020年6月，A合伙企业减持所持全部上市公司股票，合计取得股权转让收入9000万元，对应股票原始投资成本3000万元。同年，A合伙企业召开合伙人会议并出具正式分配决议，按合伙持有份额分配减持收益：甲合伙企业按70%比例分得收益6300万元，乙合伙企业按30%比例分得收益2700万元。甲、乙两家上层合伙企业内部再按自然人合伙人均等份额二次分配，最终张某、李某、王某各分得收益2100万元，赵某、钱某、孙某各分得收益900万元。

在申报纳税环节，甲、乙两家合伙企业均按核定的5%应税所得率分别计算各自然人合伙人的应纳税所得额，再适用五级超额累进税率计税。各自然人合伙人的应纳税所得额及实际缴纳税款如下：

可以看到，借助多层嵌套架构叠加核定征收，六名自然人合伙人合计仅缴纳个人所得税约118.95万元，相较于9000万元的减持收入，综合税负率仅约1.32%，节税效果极为显著。然而，这一“精巧”安排背后的税务逻辑是否真的站得住脚？其赖以成立的核定征收资格能否适用于股票减持所得？多层架构的搭建是否具有合理的商业实质？这些问题，正是后续稽查机关穿透核查、依法调整的核心焦点。

02

税务稽查穿透多层合伙架构，否定核定征收追征税款

2025年8月，A合伙企业所在地L市税务局稽查局对A合伙企业股票减持涉税事项启动税务稽查。结合业务实质与现行税收法律法规，稽查部门认定涉案多层嵌套架构存在违规利用核定征收明显避税的意图，并穿透中间合伙层级，直接向六名最终自然人合伙人追征相应税款。

L市稽查局认为，本案多层嵌套架构的核心手法，在于借助在H市设立、登记经营范围为商业贸易的甲、乙两家上层合伙企业，将底层A合伙企业产生的股票减持收入在向上传导过程中进行性质包装、从而适用核定征收，实质是借助跨省征管信息差为该安排创造了可乘之机。稽查局穿透架构后查明，甲、乙两家合伙企业自身并无任何实质性商业贸易业务，账户内流入的收益本质上是底层A合伙企业减持上市公司股票所取得的收入，与商业贸易的经营性质毫无关联。涉案主体借助异地分层架构、利用跨省征管信息差，将股票减持所得伪装为商业经营收入，所依据的业务性质与实际收入来源不符，套用核定征收政策大幅压低税负，明显具有违规避税意图，应当予以穿透至六名最终自然人合伙人计税。

据此，稽查局依据《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税〔2000〕91号）规定，以每一个合伙人为纳税义务人，按照合伙企业的全部生产经营所得及合伙协议约定的分配比例，确定各合伙人的应纳税所得额，适用5%至35%的五级超额累进税率计征个人所得税。

按照据实查账规则，本次股票减持产生的整体经营所得，为减持收入9000万元扣除原始投资成本3000万元后的余额，应纳税所得额合计6000万元。税务机关按六名自然人的穿透持有份额比例进行拆分，张某、李某、王某三人受益比例均为23.33%，单人应纳税所得额为6000万元×23.33%=1399.8万元；赵某、钱某、孙某三人受益比例均为10%，单人应纳税所得额为6000万元×10%=600万元。全部所得统一适用经营所得五级超额累进税率计税，最终追征税款的结果如下：

对比前后计税结果，纳税调整带来的税负落差极为悬殊。张某、李某、王某原核定征收已缴税额为30.20万元，据实查账应征税额为483.38万元，每人需补缴税额453.18万元；赵某、钱某、孙某原核定征收已缴税额为9.45万元，据实查账应征税额为203.45万元，每人需补缴税额194万元。六名自然人原本合计缴税仅118.95万元，经穿透调整后合计应纳税额增至2060.49万元，税款差额高达1941.54万元。

税务机关在本案处理中，直接否定了中间合伙层级的独立纳税地位及核定征收资格，以自然人穿透后的受益比例作为计税依据。那么，这一案例折射出多层嵌套合伙企业架构究竟存在哪些涉税风险？下文将进一步展开分析。

03

多层嵌套合伙企业架构的涉税风险分析

结合本案穿透调整的全过程可以清晰看到，依靠多层嵌套、核定征收压低股权减持税负的筹划路径，在当前监管环境下已难以为继。税务征管坚守实质重于形式原则，逐层穿透架构核查交易本质、商业目的与实际受益人，本案所暴露的涉税风险，对同类架构具有普遍的警示意义。

其一，无合理商业目的的空壳嵌套将面临纳税调整。《个人所得税法》第八条明确规定，个人实施不具有合理商业目的的安排而获取不当税收利益的，税务机关有权按照合理方法进行纳税调整，需要补征税款的，应当补征税款并依法加收利息。合理商业目的的判断，是税务机关介入纳税调整的核心依据。2026年2月，国家税务总局在《小微企业套享税收优惠政策问题即问即答》中明确了“合理商业目的”三个方面的判断标准，分别是动机是否合理、业务是否真实、交易是否公允，并发布了“合理商业目的”税收判定标准的正负面清单。结合该判断标准及清单来分析，多层合伙企业架构安排应能带来管理效率提升、市场竞争力增强等实际效益，而非以减少或推迟缴纳税款为唯一或主要目的；嵌套后的主体应具备独立的生产经营能力和完整的业务流程，不存在人员混同、资产共用、决策集中控制等情况；主体间交易须遵循独立交易原则，与市场同类交易保持一致，能够提供可查验的证明材料。

从实践来看，员工持股平台、风险投资与私募基金、家族财富管理等架构，因服务于真实经营、资产管理或内部治理需求，通常被认定为具备合理商业目的；而以减少税款为唯一目的、拆分前后业务结构无实质变化、主体无实际经营人员与业务痕迹的空壳嵌套，则属于典型的负面情形。反观本案，甲、乙两家上层合伙企业虽登记为商业贸易经营范围，但实际仅作为收益传导通道存在，跨省搭建架构围绕减持节税展开，难以通过合理商业目的的检验，税务机关据此实施穿透调整具有法律依据。

其二，在以数治税、多部门联合治税背景下，过去部分主体利用跨区域征管差异和地方性核定政策，搭配多层架构在短期内割裂监管链条的做法，已难再奏效。如今，在全国税收大数据平台与跨省协查体系下，税务部门能够对多层持股、跨省架构、大额股票减持等特征组合自动标记识别为高风险，并优先开展专项扫描核查。需要强调的是，架构层级不能隔离税务责任，注销亦不等于了结，即便合伙企业办理了工商注销，只要存在未结清的税款，税务机关依旧可以穿透架构，向最终自然人受益人追缴。

其三，《关于权益性投资经营所得个人所得税征收管理的公告》（财政部 税务总局公告2021年第41号）明确规定，以股权、权益性投资为核心业务的合伙企业，一律实行查账征收，彻底封堵了此类架构套用核定征收的政策空间。41号公告施行之后，类似安排连形式合规的余地也已不复存在。同时需注意，股票减持属于金融商品转让，合伙企业层面依法存在6%的增值税申报义务。多层嵌套架构下，各层级收益传导与申报环节的关系较为复杂，容易同步引发增值税漏报、少报的附加风险，进一步叠加整体税务处理的合规压力，对此亦应予以充分关注。

04

多层嵌套合伙企业架构的税务合规建议

在此背景下，如何构建合规的多层合伙架构，切实规避穿透调整风险，已成为股权投资参与者需要重点关注的问题，就此提出以下几点税务合规建议。

一是搭建架构阶段，应确保具备合理商业目的。在设立任何层级的合伙结构之前，有必要对照税务总局公布的正负面清单评估架构的实质必要性。例如，服务于员工激励、风险隔离、区域运营或家族财富传承的嵌套，通常具备实质合规依据；而单纯以降低减持税负、套用地方性核定政策为目的设立的空壳主体，则属于典型的负面情形。架构落地后，还应注意每一层合伙企业在人员、资产、业务、财务上相互独立，主体间交易定价遵循独立公允原则，并留存合伙协议、业务合同、场地租赁凭证等完整经营佐证材料，以备稽查核验。

二是在税目与征收方式的适用上，应严格落实《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》《关于权益性投资经营所得个人所得税征收管理的公告》等规定的要求。以股权、股票减持等权益性收益为来源的合伙企业，一律实行查账征收。在所得性质的界定方面，单层合伙企业对外取得的分红股息，可按20%的利息股息红利所得税率计税；而在多层嵌套链条中，底层股票减持所得须逐层并入经营所得，适用5%至35%的五级超额累进税率，不同层级之间不得错套低税率。

三是重大事项发生前，应主动与主管税务机关沟通确认。在大额减持、年度收益分配、架构变更、跨区迁移等重大事项发生之前，建议主动与主管税务机关就计税方式、报送资料清单、分配所得认定标准等逐项沟通确认，并留存书面记录备案。各地税务机关在实操层面存在细微差异，事前对接有助于消除政策理解偏差，也可在后续稽查中作为合规善意的佐证材料。

四是存量业务同样需要系统梳理。近年来的股权交易、股票减持、收益分配与架构重组事项，应逐项自查是否存在违规适用核定征收、税目错配或所得未足额申报等问题，发现问题应及早主动补报。若涉及合伙企业注销，应先行完成税务清算，结清全部税款与滞纳金后再办理工商注销，避免遗留长期追缴风险。建议涉及股权投资、多层架构的合伙企业及合伙人，对现有架构及历史项目开展系统性税务合规自查，重点关注历史所得是否足额申报、证据链条是否清晰完整、注销前税务清算是否履行到位，力争将合规风险消化于稽查启动之前。