NSR | 乐敏组揭示中国肠炎沙门菌的“生态位替代”

肠炎沙门菌（ Salmonella Enteritidis ）一直被视为典型的 “ 食源性 ” 病原体，其传播链条通常被描述为： 食品动物 →→ 动物源性 食物 →→ 人群 。然而，这一经典叙事可能正在被改写。在中国，这种病原体是否正在发生 “ 人群 ” 适应，甚至具备了更强的人际传播潜力？

2026 年 5 月 12 日在线发表了中国科学院大学杭州高等研究院乐敏课题组 在 National Science Review 以 full article 发表题为One Health Genomics Reveals Niche-Specific Lineage Replacement inSalmonella Enteritidis 的研究论文。该研究构建了中国最大规模的跨界面（人-动物-食品-环境）肠炎沙门菌基因组库，通过宏基因组学与“同一健康”（One Health）视角，揭示了中国肠炎沙门菌流行格局的剧烈震荡：耐药激增驱动了谱系替代，一个名为“Global-c”的新兴谱系正凭借其“耐药+适应”的双重优势，完成对传统谱系的全面碾压。更值得警惕的是，该谱系表现出了显著的人源偏好性传播特征。

研究首次明确了中国肠炎沙门菌的“版图变迁”，研究团队整合了2,415株来自中国四大界面的菌株。时空分析显示，肠炎沙门菌的报告范围已由 2004-2013 年的东部沿海（山东、浙江等），扩展至 2014-2023 年全国绝大多数省份。在群体结构上， ST11 占据了绝对主导（ 98.1% ），但其内部正在发生剧烈的“ 变化 ”——旧有的 GC-b1 和阶段性流行的 GC-b2 正在被 GC-c 迅速取代。

该 研究 还 揭示细菌耐药是 克隆取代的 重要驱动因素，适应突变与演化是人群适应的关键因素。为了解释 Global-c 进化分支具有竞争优势的分子机制。研究从两个方面开展研究： 1 . 证实了其具有更丰富、多样的耐药表型，其耐药基因由可移动元件介导。 Global-c 携带的耐药基因（ ARGs ）负荷最高，且与谱系扩张速度呈显著正相关。它利用移动遗传元件（ MGEs ）疯狂“收集”对抗生素的抵抗能力。 2. 明确了其具有显著抗逆生物表型。 Global-c 在应对氧化压力和高温（如人体发热环境）方面表现出了更强的韧性。这种“全方位适应力”使其不仅能在农场存活，更能适应人体内的严苛环境。

研究再一次明确了 Global-c 进化分支在人群适应性演化现象，具体表现为基因组中关键基因的功能“退化” （ Genome degradation ）。 Global-c 谱系在 shdA （介导肠道持久定植）和 bcsG （纤维素合成）基因上出现了提前终止密码子。这意味着它正在丢弃那些用于在动物环境或外界环境中生存的“ 表面分子重构 ”。这种基因退化是病原体向“宿主特异性”进化的典型策略——就像伤寒沙门菌或非洲的 ST313 一样，它正在变成一个更纯粹的、针对人类的“适应性”菌型。 研究再次更新、重构了肠炎沙门菌在中国的传播网络。基于 ≤ 4 SNP 阈值的传播聚类分析，直接可视化了传播网络的“宿主限制性”。那些几乎纯由人源病例构成的传播簇（如 Cluster-90 等），强烈暗示了该菌 型 在中国已经具备了持续的人际传播能力，或者至少是高度特异的人源适应性。

这 个研究 的价值远不止于 流行规律和机制发现 。它提醒临床医生：经验性用药面临巨大挑战， Global-c 谱系对β - 内酰胺类、氨基糖苷类药物的耐药性极高。 此外，从 疾控部门 角度 ：不能再简单地将所有肠炎沙门菌暴发视为“食物中毒”。 对于特定的高耐药、高适应性克隆（如 Global-c ），必须 更新或 启动类似传染病的“人传人”防控 模式 。

该 研究得到 国家自然科学基金等 项目 资助。此外，赵国屏院士，浙江大学李艳教授，摩洛哥 Abdelaziz Ed-Dra 教授 （ University Sultan Moulay Slimane ）对本项目也给予大力支持。周海洋与黄琳琳为共同第一作者。

原文链接：https://academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwag275/8676381

制版人： 十一

参考文献

1. Zhou H , et al.,NatureMedicine2025 Jul;31(7):2325-2334. doi: 10.1038/s41591-025-03644-4 .

2. Zhou H, et al.,NationalScienceReview2026 May 12; nwag275 . doi: 10.1093/nsr/nwag275 .

3. Jia C, et al.,NatureCommunications2026 Mar 9;17(1):3693. doi: 10.1038/s41467-026-70196-7.

4. Lu X, et al.,NatureCommunications2024 Nov 26;15(1):10238. doi: 10.1038/s41467-024-54405-9.

5. Zhou H, et al.,Journal ofGlobalHealth2026 Jan 12;16:04008. doi: 10.7189/jogh.16.04008.

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