Nature Microbiology｜香港大学研究团队揭示识别驱动禽流感在哺乳动物中持续传播的基因标记

2026年1月27日，香港大学Tommy Tsan-Yuk Lam、管轶共同通讯在《Nature Microbiology》（IF=19.4）在线发表题为“Genomic features associated with sustained mammalian transmission of avian influenza A viruses”的研究论文。该研究鉴定了与甲型禽流感病毒持续哺乳动物传播相关的基因组特征。

该研究检测了115，520个IAVs全基因组的GC含量和GC二核苷酸频率，包括仅在鸟类中发现的病毒，与偶发性哺乳动物感染相关的病毒，以及与持续的哺乳动物间传播相关的病毒。使用这种基因组信息的支持向量机(SVM)模型被开发用于以高准确度区分持续存在的哺乳动物IAVs和其他IAVs。

偶尔发生的严重流行病和年度流行病使甲型流感病毒(IAVs)成为一个持续和突出的公共卫生问题。尽管人们认为IAVs在人类中无处不在，但实际上很少有病毒亚型和谱系能够在人类或其他哺乳动物中持续传播多个季节。所有这些谱系最终都起源于在水生鸟类中传播的病毒，水生鸟类是IAVs的天然宿主。

目前，持续存在的哺乳动物谱系是季节性人类pdm09源H1N1和H3N2、马H3N8、犬H3N2和猪欧亚禽样H1N1 IAVs2。另外四个H1和H3血统现在或曾经在猪宿主中被发现。此外，一种马H7N7、一种马源性犬H3N8和完全或部分禽源性人H1N1和H2N2 IAVs以前曾传播过。这些在鸟类中大量传播的IAVs是如何能够在哺乳动物中持续存在的还不清楚。

IAVs宿主特定谱系的分配

从鸟类到哺乳动物的偶发性禽流感病毒传播更加频繁，并持续观察到。这些病毒似乎无法在其新宿主中引起有效的持续传播，但只会导致持续数周至数月的动物流行病。然而，当这些病毒偶尔感染人类时，不可避免地存在一种可感知的风险，即它们可能发展成持续的人际传播并引发大流行，特别是如果意想不到的哺乳动物宿主，如水貂、狐狸、鳍足类动物和牛也参与其中。当出现大量人感染禽流感病毒的零星病例时，这种持续人际传播的威胁尤其明显，如H5N1、H5N6、H7N9和H9N2亚型。

在这里，研究人员使用生物信息学分析方法测量了115，520个IAVs全基因组中GC含量和GC二核苷酸的频率。研究发现，持续存在的哺乳动物谱系显示出GC相关含量下降的趋势，并且可以可靠地从仅在鸟类和零星感染哺乳动物的IAVs中分离出来。类似地，持续存在的哺乳动物谱系的最早病毒显示出GC相关含量减少，这表明这一特性可能在一定程度上有助于它们最终的持续存在。最近在貂、狐狸和人类中传播的高致病性2.3.4.4b H5病毒也具有GC相关含量降低的特征。尽管还不充分，但降低GC相关含量可能是持续哺乳动物传播的必要条件，应该包括在疫情流感的风险评估工具中。

文章来源：iNature

文章链接：https://www.nature.com/articles/s41564-025-02257-4