关于梅毒的起源,科学界和历史学界争论了数百年,其中最著名的争议莫过于“哥伦布假说”——即梅毒是否是由哥伦布船队从美洲带回欧洲的。尽管在美洲发现了大量疑似感染该病的古病理学骨骼证据,但缺乏确凿的古DNA数据来填补骨骼病变与分子记录之间长达数千年的空白。
1月22日,发表在《科学》期刊上的一项突破性的研究通过对哥伦比亚波哥大萨瓦纳(Sabana de Bogotá)地区一具约5500年前的古人类遗骸进行深入分析,成功提取并重建了迄今为止最古老的梅毒螺旋体(Treponema pallidum)基因组,将该病原体在美洲的基因组记录向前推进了3000多年,为理解这种困扰人类千年的疾病的演化历史提供了全新的视角。
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故事发生在地处南美洲哥伦比亚的Tequendama I岩厦遗址,这里曾是中全新世(Middle Holocene)狩猎采集者的居住地。研究人员对第3号墓葬中出土的一具成年男性遗骸(编号TE1-3)进行了分析,碳十四测年显示其生活在距今约5464至5309年前。
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虽然这具遗骸的骨骼表面并没有表现出明显的梅毒病变,但研究团队利用宏基因组筛查技术,意外地在其胫骨样本中发现了梅毒螺旋体的DNA。通过高深度的测序,研究人员以约1.7倍的覆盖度成功重建了这个古老病原体的基因组,并将其命名为TE1-3。这一发现证明,早在欧洲人到达美洲之前数千年,梅毒螺旋体就已经在南美洲的人群中传播。
为了搞清楚TE1-3究竟属于哪一种梅毒螺旋体(是引起梅毒的TPA,引起雅司病的TPE,还是引起地方性梅毒的TEN),研究人员进行了精细的系统发育分析。分析结果震惊:TE1-3并不属于现存的任何一个已知亚种,而是位于进化树的根部,构成了一个此前未知的、早于所有现代梅毒螺旋体亚种分化的“姐妹支系” 。
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这意味着TE1-3代表了一种极为古老的原始谱系。通过贝叶斯分子钟分析,科学家推算出TE1-3与现代梅毒螺旋体支系的分化时间大约发生在13,700年前(范围约6768至20,592年前)。这一时间点恰好与人类迁徙至美洲的早期阶段以及晚更新世至早全新世的生态变迁相吻合,暗示了梅毒螺旋体在美洲的演化历史可能伴随着人类的迁徙早在万年前就已经开始。
尽管TE1-3在进化树上位置古老,且宿主骨骼看似健康,但基因组分析却揭示了它隐藏的危险性。研究人员检测了59个与现代梅毒螺旋体致病性相关的基因,发现TE1-3几乎拥有所有关键的致病因子。这包括了用于免疫逃逸和组织亲和性的 tpr 基因家族,表明这种古老的病原体早在5500年前就已经具备了感染人类并适应宿主免疫系统的能力。这也解释了为何有些感染者(如TE1-3的宿主)可能处于感染的潜伏期或早期,或者这种古老菌株引起的是一种类似斑点病(Pinta,一种只侵犯皮肤不侵犯骨骼的密螺旋体病)的感染,因此在骨骼上没有留下明显的病理痕迹。
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这项研究不仅填补了古病理学证据与基因组数据之间的巨大时间鸿沟,也为“单一假说”和“进化假说”提供了关键的校准点。TE1-3的存在表明,密螺旋体病原体在美洲的遗传多样性远超预期,且这种多样性的形成早于梅毒、雅司病和贝杰尔病(地方性梅毒)的分化。研究还通过对比TE1-3与感染兔子的近亲病原体(T. paraluisleporidarum),发现TE1-3在致病基因上更接近人类梅毒螺旋体,暗示了从动物到人类的跨物种传播(人畜共患病)或适应过程可能发生在更早的时期。
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总而言之,这具来自5500年前的哥伦比亚古尸,用其携带的微观基因密码,向我们展示了梅毒螺旋体与人类宿主之间漫长而复杂的共同演化史,证明了这种病原体早在殖民时代之前就已深深植根于美洲大陆。
参考文献:Davide Bozzi et al. ,A 5500-year-old Treponema pallidum genome from Sabana de Bogotá, Colombia.Science391,eadw3020(2026).DOI:10.1126/science.adw3020
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