Sci Adv | 余俊等揭示人源分离酶的底物识别机制

细胞分裂是生命活动的基础生理过程，其核心任务是将 复制后的遗传物质准确分配给子代细胞。姐妹染色单体粘连（s i ster chromatid cohesion）由粘连蛋白（cohesin）复合物介导，是染色体准确分离的重要基础 。粘连的 建立 、 维持和及时移除过程 若 异常 ，将 会导致基因组不稳定性， 并 与癌症、生殖障碍等疾病的发生发展密切相关。在细胞分裂 的 S期，染色体粘连在DNA复制过程中建立；在分裂前期，染色体臂端粘连被Pds5-Wapl复合物移除。 进入 分裂后期 时 ， 被 激活的分离酶 （separase ，一种半 胱氨酸蛋白酶）通过特异性切割cohesin的SCC1/RAD21亚基触发染色体的分离。由于分离酶 是启动 染色体分离 的唯一蛋白酶 ，其活性受到 多层次 严格调控。 主要包括三个层面：1）在 细胞 分裂后期之前，分离酶活性被抑制因子securin和CDK1-cyclin B 激酶 的 抑制（详见 报道： ）；2）在向分裂后期过渡时，抑制因子被 APC/C (Anaphase-promoting complex/cyclo some) 介导的泛素化途径降解，从而激活分离酶；3）在底物层面，染色体DNA或底物磷酸化修饰等调控分离酶对底物的切割效率。

分离酶对底物切割发生在保守的 ExxR基序 中精氨酸（ R）残基 之后。 嗜热性杆菌分离酶蛋白酶结构域 （ SPD ） 结合S cc 1多肽（包含ExxR基序）的晶体结构首次揭示该酶识别切割位点的分子机制。长期以来，研究认为人源SCC1 蛋白存在 两个切割位点， 即 R172 （位点1） 和R450 （位点2） 。 尽管 SCC1 乃至 整个蛋白组中存在 许 多 ExxR基序， 但其中绝大多数并不能被分离酶切割 ，这表明需要额外的序列 或结构特征 介导底物 的 特异性识别 与 切割。

此外 ，底物的磷酸化对分离酶的切割活性具有重要调控作用：不仅能显著增强切割效率，甚至是切割发生的决定性因素。 在SCC1中， 多位点磷酸化 可显著提高 位点1的切割效率， 也直接 决定位点 2 是否被 有效切 割。其他底物如 Rec8 ， Meikin 和PCNT的切割 同样 依赖于多位点磷酸化 修饰 。然而， 分离酶如何特异性识别这些磷酸化位点的分子机制，目前尚不清楚。

Cohesin 由四个核心亚基（ SMC1、SMC3、SCC1 和SA1/SA2 ） 组成 ，形成一个环形蛋白复合物。 对于分离酶如何特异性识别整个 cohesin 复合物 这一关键问题，目前尚无明确线索 ；此外， 除SCC1之外的其他亚基是否 以及 如何调控分离酶的切割 活性 特异性 ， 亦有待进一步阐明。

近日 ，来自瑞士日内瓦大学 的余俊博士 （ Andreas Boland 团队 ）在ScienceAdvances发表题为Substrate recognition by human separase的 研究论文。 该研究 通过结合生物化学、结构生物学与交联质谱技术（ cross-linking mass spectrometry ），系统揭示人源分离酶特异性识别和切割粘连蛋白及其自切割位点的分子机制。

研究团队首先通过底物切割实验确认了SCC 1 的两个切割位点：位点1为R 172 ，而位点2实为R4 27 ，并非之前报道的R450。为了揭示分离酶识别底物的分子机制，研究人员系统解析了分离酶在 apo 状态（捕捉自切割状态）及底物结合状态下（包括切割位点1 和2）的冷冻电镜结构。针对分离酶与底物低亲和力或瞬时相互作用难题，研究人员对分离酶进行蛋白质工程改造：1）将分离酶活性中心 Cys2029 突变为 Ser ，防止底物被切割；2）将包含切割位点1或2的SCC 1 片段融合到分离酶的 Insert 2 区域（一段柔性 loop ），并移除自切割位点；3）移除自抑制环 loop 1 (AIL1 )，防止竞争性结合；4）用PLK 1 磷酸化融合蛋白，进一步增强分离酶与SCC 1 的亲和力。结构分析和生化实验表明，包括分离酶自切割位点和SCC 1 在内的底物，通过多个保守基序（ [S/D/E] F ExxR ， Lxx[S/D/E] 和 FF motifs ）与分离酶相互作用。分离酶表面至少存在5个磷酸基团结合位点 （P-sites），作为对接位点特异性识别磷酸化底物。这一发现为深入理解磷酸化修饰调控分离酶切割活性的机制提供了重要结构基础。

图1 : 人源分离酶 apo 状态及底物结合状态的冷冻电镜结构。

更有趣是，研究人员发现 cohesin 亚基 SA1/SA2 可特异性调控分离酶对SCC 1 位点2 的切割。为了探究背后的分子机理，研究者解析了分离酶结合S CC1-SA2 亚复合物的高分辨率结构，揭示了分离酶、SCC 1 和SA2之间从未被发现的相互作用界面。具体而言，分离酶的蛋白酶结构域（ SPD ）、SCC 1 位点2附近的一段 短α螺旋 及SA2（C端）的 多个α螺旋共同形成了一个“三明治夹层”结构 。该结构通过介导多重疏水与静电相互作用，稳定了SCC1位点2在活性中心的结合构象，从而有效促进该位点的切割反应。

图2 : 人源分离酶特异性识别和切割 cohesin 的分子模型。

最后，研究人员结合交联质谱和冷冻电镜技术 ， 进一步解析cohesin的SMC1/3亚基与分离酶N端结构域相互作用，为 理解 分离酶 如何 特异性识别整个cohesin复合物提供了重要线索。

总之，本研究系统解析了分离酶在apo及底物结合状态下的高分辨率结构，结合生化分析结果，确定并修正了长期沿用的SCC1切割位点，并深入揭示了远离切割位点的底物基序及磷酸化位点的识别机制。此外 ， 研究阐明了 cohesin 亚基 SA1/SA2 与分离酶的相互作用， 以及其调控分离酶特异性切割 SCC1 位点 2 的 机理。基于 交联质谱与冷冻电镜 结构分析 ， 研究者 提出了分离酶 靶向识别整个 cohesin 的 分子模型。该研究将我们对分离酶底物识别机制的理解提升到新的高度。

瑞士日内瓦大学余俊博士和S ophia S chmidt 为 该论文的共同第一作者，余俊博士和 Andreas Boland 教授为共同通讯作者。ScienceAdvances杂志同期发表了 Francis Crick 研究所F rank U hlmann 研究员等的点评文章Why is your separase such a big protease?

https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.ady9807

https://www.science.org/doi/epdf/10.1126/sciadv.aec7431

制版人： 十一

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