GEPIA3重磅升级！张泽民团队开发的肿瘤在线分析工具，出图美观，操作简单！

在线分析工具是创作团队利用算法对现有公共数据的二次分析，完全符合数据分析的规则—— 用别人的数据，发自己的文章！即使熟练掌握代码操作，在线平台也具有操作简便、用时较少的优点！生信+湿实验是大数据驱动下现代科研模式的必然！作为现时代科研人，生信分析是绝对绕不开的。

得益于TCGA等肿瘤组学测序数据资源和丰富强大的肿瘤细胞系体系，肿瘤领域的生信分析一直是非肿瘤疾病无法比拟的。多年前，我们就围绕肿瘤免疫这个主题，并按照科研逻辑（表达有差异，差异影响表型），制作了纯生信21天教程。

在肿瘤免疫研究日新月异的今天，如何高效利用海量组学数据成为每个科研人员的挑战。2017年，GEPIA第一版横空出世，如今这个备受瞩目的生信分析平台已升级到GEPIA3。这个由北京大学张泽民院士团队开发的在线工具，已成为肿瘤生信分析不可或缺的利器。

GEPIA网址：http://gepia.cancer-pku.cn/

GEPIA的全称是Gene Expression Profiling Interactive Analysis，翻译成中文是基因表达谱交互分析，这就决定了其功能属性。初版GEPIA是一种交互式网站，使用标准流程分析来自TCGA和GTEx项目的9736个肿瘤和8587个正常样本的RNA 测序表达数据。

在内卷平常化的今天，生信分析和数据挖掘仍是大势所趋。GEPIA也已经从初级版升级到GEPIA2.0，到GEPIA2021，再到2025年更新的GEPIA3.0。尽管有BEST和TCGAPlot登等算法或平台，个人认为，GEPIA仍然是综合分析TCGA和GTEx数据最好的平台。此外，GEPIA还推出了单细胞分析平台OmniBrower。

除了用于单细胞分析的OmniBrower平台，GEPIA不需要邮箱注册，登录即用，门槛相当低，而且免费；操作也非常简单，通过点点点就可以进行综合全面的分析；非常适合生信分析入门。我们注意到，GEPIA最初两个版本GEPIA和GEPIA2有张泽民院士参与开发；其后的GEPIA2021和GEPIA3，张泽民院士没再参与，主要是Fenglin Liu教授在推进。

全面升级的GEPIA3：不止于表达分析。除了原本的差异分析、生存分析和互作分析外，GEPIA3在原有基础上进行了大规模功能扩展，聚焦药物敏感性分析、基因互作网络解析及RNA变异探索三大前沿方向。该平台整合TCGA、GTEx、PCAWG、ICGC等泛癌数据库和GDSC、CTRP等药敏数据库，数据类型涵盖基因表达、突变、拷贝数变异、药物反应、CRISPR筛选等。从TCGA到CRISPR筛选，这个免费工具一网打尽，全都能做！

GEPIA3，五大核心模块，满足全方位分析需求

一、表达分析：从单基因到多基因Signature！表达分析模块在保留原基础功能的同时，新增多项关键能力。

①差异化分析方法优化，新增DESeq2作为可选差异表达分析方法，提升结果准确性；

②支持基因Signature分析。支持多基因输入，通过PCA计算“基因签名得分”，满足通路分析需求。③结合基因突变的表达分析，整合TCGA中的SNVs数据，揭示突变对表达的调控影响。④样本量扩大：从18005例扩充至20594例，覆盖更多癌症类型与正常组织。

二、生存分析：多基因联合评估预后。针对多基因联合表达对预后的影响，该模块实现重要突破。①单变量、多变量生存分析。可同时评估多个基因对患者预后的联合影响，突破单基因局限；②多参数分析指标。生成KM生存曲线、计算置信区间、执行log-rank检验，支持Cox回归分析；③药物治疗分层分析。结合患者药物治疗状态，分析基因表达与生存结局的关系。

三、药物敏感性分析，连接基因与药物的桥梁。作为GEPIA3的核心新增模块，该功能直接连接基因表达与药物反应。真实世界患者数据关联，分析基因表达差异与治疗结局的关联，挖掘药物疗效预测标志物；细胞系药物筛选数据整合，整合多个细胞系数据库，计算基因表达与药物敏感性的相关性；CRISPR筛选数据支持，揭示基因-药物互作关系，如发现BRAF抑制剂耐药相关基因。通过箱线图、密度图、相关性热力图直观呈现结果。

四、网络分析：揭示分子调控网络。聚焦基因/蛋白互作的多尺度解析。多类型网络构建：包括表达网络、蛋白互作网络、变异共现/互斥网络；合成致死网络：筛选双基因扰动致死、单基因扰动存活的合成致死对。核心基因识别：通过“度中心性”算法识别网络中关键节点基因。交互式可视化：直观呈现网络调控关系。

五、RNA变异分析：超越表达量的深度探索。突破仅关注基因表达量的局限：①等位基因特异性表达分析：解析顺式调控元件对基因表达的影响。②可变启动子分析：揭示启动子选择异常对基因表达的调控作用；③基因融合分析：为融合驱动型癌症的研究提供支持。

GEPIA3的最大优势在于将复杂的生物信息学分析流程封装成简单的Web操作。研究人员无需编程，即可完成从数据获取到结果可视化的全过程。无论是寻找潜在的生物标志物、探索药物作用机制，还是解析肿瘤发生发展分子网络，GEPIA3提供了一站式解决方案。

GEPIA3的发布标志着肿瘤生信分析工具进入了新阶段。五大核心模块的协同工作，让研究人员能够从多个维度深入探索肿瘤生物学问题，大大加速了癌症研究进程。对于从事肿瘤研究的科研人来说，掌握GEPIA3这一利器，无疑将在课题设计和数据挖掘中占据先机。

立即访问：https://gepia3.bioinfoliu.com/，体验全新的肿瘤多组学分析之旅！