值得学习！看这位农大博士如何把群体研究发到顶刊上

纵观顶刊上的群体文章，动辄测大几百份甚至上千份的样品。即便是大牛实验室也在考虑如何用同样的经费去测更多的样品呢？

群体研究的基础在于样品选择，尽量全面的选择群体样品是发顶刊的必要条件。当然了多选样品意味着更多的经费投入，如果你能自己掌握分析技能，那就可以节约50%以上的费用！同时你对数据的理解也更加深刻，写起文章来更加得心应手，加快科研产出速度！

跟着组学大讲堂，通过科学、系统的学习，你也可以掌握群体测序数据的自主分析！暑期组学大讲堂将举办《群体重测序遗传进化+GWAS分析实操》（杭州站）线下培训（7月31日-8月2日），软件、代码、资料永久免费，手把手教你群体研究数据分析，攻克核心分析技术，助力你高效发文章！

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课程优势及内容

组学大讲堂是国内领先的生物信息培训机构，已培训学员近100000人。本课程有如下优势：

优势1：内容全面：涵盖一区、二区文章常用分析条目，一课掌握核心技能

优势2：零基础友好：针对初学者设计，数据整理完善后，复制粘贴即可分析

优势3：分析不挑设备：采用docker虚拟机教学（国内首创），无需安装软件，好学好用

优势4：电脑要求低：云服务器教学，指令发送由服务器处理，个人电脑可正常办公

优势5：售后无忧：2年超长时间售后答疑，学习全程无忧

优势6：图表颜值高：紧跟文献最新趋势，使用最新R包绘图，生成高颜值、信息量丰富的图表，直接用于文章撰写

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课程内容详解

内容可向下滑动

第一节：群体研究分析文献解读

1. 最新重测序、群体遗传进化、GWAS文章分析思路解析

2. 主要研究结果解读

3. 可视化结果解析（常见的图表类型，如PCA图、系统发育树、曼哈顿图等解读）

第二节：linux系统操作基础+docker工具介绍与使用

1. Linux系统简介

2. 目录结构与基础命令（cd, ls, mkdir, rm, chmod）

3. 文件操作与文本处理（grep, awk, sed, less, vim）

4. 掌握脚本(R/perl/python)，各种命令行工具使用以及任务管理

5. 认识docker，了解镜像、容器等概念

6. 熟悉docker镜像的使用及容器管理

7. 分析环境搭建

第三节：重测序基础分析讲解

1. 重测序数据质控（fastqc质控、fastp对原始序列进行去接头，删除低质量的reads等）

2. 参考基因组比对（bwa、samtools等工具的使用）

3. 使用picard工具对bam文件排序，去重

4. 比对结果质控（包括比对率分析，插入片段检验，测序深度与覆盖度统计）

5. 使用GATK进行变异（SNP/INDEL）检测（包含两种方法：针对少量样本直接生成vcf文件；多样本先生成GVCF，再合并）

6. 变异结果质控过滤，去掉低质量变异结果（包括GATK hard-filtering；vcfutils过滤INDEL附近SNP位点；vcftools过滤MAF值、缺失率、位点测序深度、质量值等）

7. ANNOVAR变异结果注释

8. 变异结果统计与绘图展示（包括样本中各类型SNP/INDEL数量，及统计SNP/INDEL在染色体上的密度分布）

第四节：群体遗传进化分析讲解

1. 群体结构分析-进化树分析（FastTree、iqtree2、RAxML等多种工具构建进化树）

2. 群体结构分析-主成分分析（plink分析PCA）

3. 群体结构分析-STRUCTURE分析（admixture分析群体结构）

4. 连锁不平衡分析（LDdecay）

5. 群体选择消除分析（基于多样性降低方法：FST、PI、ROD；基于频谱差异方法：XP-CLR、tajima'D，及多种结果可视化效果：曼哈顿图、散点图、竖线图）

6. 筛选受选择区域基因

7. 种群历史动态分析（PSMC）及结果可视化

第五节：GWAS关联分析讲解

1. 性状数据分析（包括性状数据格式整理、多年多点数据BLUP计算、去除性状数据中的离群值）

2. 基因型填充（针对测序深度较低，缺失率较高的数据）

3. GWAS关联分析的模型简介（BLINK、FarmCPU、MLMM、SUPER、ECMLM、CMLM、MLM、GLM等）

4. 用不同的软件、模型进行GWAS关联分析（tassel、gapit、emmax、gemma等）

5. GWAS关联分析结果的manhattan、QQ图绘制

6. GWAS显著性位点筛选（根据Bonferroni方法确定p-value校正阈值）

7. GWAS关联区域获取（显著性位点上下游区域获取）

8. 筛选关联区域内基因

9. GWAS关联区域LD连锁热图绘制、解读

10. GWAS关联结果较少的原因分析

本期课表：

更多详情微信联系532812110咨询！

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培训时间、地点及费用

举办时间：2025年7月31日-8月2日（3天）

举办地点：杭州线下

培训费用：4380元/人，限时优惠3880元/人

优惠信息：

① 团报优惠：2人及以上同时报名，额外优惠200元/人

②赠送价值700元组学大讲堂云服务器3个月使用权

③ 已购买过组学大讲堂对应录播课程的学员，可以按实际购买价折现予以优惠

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报名方式

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更多培训安排

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测序、数据分析、课程培训等事宜请联系邮箱：Tech@biomics.com.cn

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