211博士生，发《Cell》子刊！

2025年4月14日，西南大学前沿交叉学科研究院生物学研究中心王翊教授课题组在国际知名期刊《Cell Genomics》发表了题为《Empowering Integrative and Collaborative Exploration of Single-Cell and Spatial Multimodal Data with SGS Genome Browser》的研究论文，正式推出了一款名为SGS（Single-Cell and Spatial Genomics System）的新一代基因组浏览器。该研究以单细胞和空间多模态数据的整合可视化为核心，开发出了一款用户友好、协作性强且功能多样的可视化工具，为生命科学研究提供了强大的技术支持。

单细胞和空间多模态数据的整合分析是当前生命科学研究的前沿领域。随着测序技术的发展，研究人员能够获取大量的单细胞和空间组学数据，但如何高效地整合和可视化这些复杂数据，一直是研究中的难点。王翊教授课题组开发的SGS基因组浏览器，通过创新的设计和强大的功能，解决了这一难题。SGS不仅支持多种数据格式，包括snRNA、Visium、slide-seq、scATAC等多种单细胞和空间组学数据，还能够实现单细胞与空间多模态数据的深度整合。它通过基因组浏览器框架与单细胞可视化面板的巧妙整合，解决了复杂单细胞和空间表观基因组学数据可视化的难题，为研究人员提供了灵活的界面布局和多面板互动体验。

SGS浏览器的强大功能不仅体现在数据整合和可视化上，还在于其丰富的比较可视化能力。通过scCompare、scMultiView和双染色体模式等功能，SGS支持多模态数据跨模态比较、空间多样本以及多marker比较可视化，提供小提琴图、散点图、气泡图、热图等多种绘图样式。这些功能使得研究人员能够轻松对比不同样本、不同条件下的数据，快速发现关键差异和潜在规律。同时，SGS还具备广泛的兼容性，支持多种数据格式，包括AnnData、MuData及多种genome-mapped文件格式（如GFF、VCF、BED等），并提供SgsAnnData R包，兼容Seurat、ArchR、Signac和Giotto等主流分析工具的数据格式。

在应用方面，王翊教授课题组将SGS应用于多个单细胞与空间多组学数据集，包括人类背外侧前额叶皮层和海马体的sn-m3C-seq数据、小鼠大脑10x Genomics Visium数据、人类OneK1K sc-eQTL数据等。这些应用展示了SGS在可视化多模态数据和促进细胞异质性、组织结构和生物学过程系统解释方面的巨大潜力。

本研究不仅为单细胞和空间多模态数据的整合可视化提供了高效的平台支持，也为西南大学的科研水平提升做出了重要贡献。SGS的推出，将助力研究人员更深入地探索组织的空间结构和功能，为疾病诊断、治疗和生物技术开发提供更精准的依据。

西南大学前沿交叉学科研究院生物学研究中心的多位研究人员参与了本研究，博士研究生夏婷婷和孙家贺为论文第一作者，王翊教授为通讯作者。硕士生毛禹狄，郭海龙，数据工程师罗永江以及中国农业大学徐凌教授参与了本项研究，数据工程师鲁方为共同通讯作者。该研究得到了国家自然科学基金和中央高校基本科研业务费专项经费资助。

论文链接：

https://www.cell.com/cell-genomics/fulltext/S2666-979X(25)00104-1

来源：西南大学前沿交叉学科研究院