河南
光绪二十六年（1900）6月，在慈禧太后的支持下，义和团迅速涌入北京，展开了轰轰烈烈的“扶清灭洋”运动。他们不仅大肆屠杀外国传教士，还杀死了许多无辜的中国教民。
慈禧太后
孔祥熙当时就读的潞河学院，正是教会创办的学校。为躲避战乱，传教士根本无法上课，孔祥熙也只得经保定、石家庄、太原回太谷老家。
这时，山西新任巡抚刚好是因教案被撤职的前山东巡抚毓贤。毓贤本就十分痛恨洋人，既然老佛爷也号召与洋人开战，他自然对此事分外上心了。
山西巡抚毓贤
毓贤来到山西后，排外情绪越发激烈。他一方面极力拉拢拳民首领，一方面又指使义和团烧毁教堂、屠杀中西教民。
在孔祥熙途经太原的几天里，毓贤就唆使义和团部分拳民焚烧了寿阳教堂，活活烧死了两名传教士和两名家属。此外，毓贤还将太原城的外籍教士全部诱骗到巡抚衙门大堂，又命清兵化装成拳民将他们全部杀死，这次被杀的有外籍教士85人，华籍教友70人。接着，毓贤派清兵与拳民放火烧了修女院，并将院内200名中西修女全部杀死。
孔祥熙在见证这些之后，心中更是担心家乡的那些传教士们的安危。于是他急忙赶往太谷老家，希望可以拯救对他有治病、栽培之恩的高斯、魏禄义等传教士。
可惜孔祥熙还是晚了一步，太谷的传教士早已被毓贤下令囚禁起来，只等着派人来行刑。孔祥熙急忙向父亲要了一大笔钱，贿赂看守的乡民。在重金诱惑下，看守的乡民最后答应可以放走三四人。传教士再三商量后，决定让其中的3位女性离开，其余的人留下赴死。
孔祥熙
没过几天，留在牢中的6名传教士先后被杀，被捕杀的华人教民则更多。在捕杀教民的名单中，孔祥熙的名字也赫然在列。义和团的拳民不仅四处搜捕他，甚至扬言一旦抓到就立即正法。
好在当时孔祥熙的三叔孔繁杏是榆次知县，知道义和团到孔家拿人，便对外宣称要回老家搬些家具器物。孔繁杏指派着县衙的一群衙役，把孔祥熙装进一个大木柜，在众人眼皮子底下将他偷运出太谷，才解了这次危难。
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