国自然申报系列讲座(7)
本期主题:技术路线图绘制及常用软件
本期讲师:青椒医学-徐老师
参与多项国自然面上、青年、地区以及省自然项目标书的撰写,目前国自然成功数量 17 个。有丰富的医学知识背景(有医师资格证)以及科研实验经历,熟悉多项疾病的发病机制,擅长将科研思路与临床问题相结合。
课程要点
1.技术路线图的要求和建议
2.技术路线图的画法以及绘制软件
3.拆解中标题目的技术路线图
课程预约
国自然级别的技术路线图,要根据研究方案的 3-4 个模块,分成 3-4 张子图,一一对应。而每张技术路线图的画法,也有不同类型的区别,主要分为以下四种(其中,第三种更加推荐):
一、以关键技术方法为主线的技术路线图
推荐指数:★★☆☆☆
以实验方法为主线的合理之处在于每种技术所实现的实验目的不同,而且理解了每种技术的原理特点,你会发现实验方法的组合和选择很容易达到。
1. 检测蛋白分子的空间分布和表达丰度的技术:免疫荧光、免疫组化、细胞核-细胞质分离结合 WB、GFP 标签融合蛋白示踪技术、空间蛋白质组学等等;
2. 检测某蛋白分子总的表达量(不含空间信息):ELISA 技术(定量)、western blot 技术(半定量,不准确);
(分子研究方向)
3. 检测某蛋白分子的分子量大小(不含空间信息):分子筛层析法、western blot 技术、双向 2D 电泳、质谱分析等等;
4. 检测某蛋白分子的高级结构信息:蛋白结晶后冷冻电镜解析高级结构、分子对接分析等等;
5. 检测 DNA 拷贝数、突变与否的技术:FISH 原位杂交、qPCR、基因组测序等等;
6. 检测 RNA 分子在组织和细胞空间分布和表达丰度的技术:活细胞动态 RNA 成像技术、单分子 RNA FISH 原位杂交、多分子 RNA Scope 原位杂交技术、细胞核-细胞质分离结合 qPCR、单细胞测序技术、空间转录组技术、Northern blot、dot blot 等等;
7. 分子表达干预技术:分子克隆操纵表达技术、病毒载体过表达或者敲减表达(shRNA、siRNA)、点突变技术、CRISPR 敲除或者敲入技术、CRISPRi 沉默技术、功能区分段(truncate)敲除技术、靶蛋白小分子抑制剂或者单抗抑制剂等等;
8. 体内水平探索分子功能:类器官、PDX 模型、裸鼠皮下成瘤、各种 XXX 疾病动物模型、基因编辑动物、活体成像技术等;
9. 细胞功能探索:细胞增殖、细胞周期检测、细胞衰老、细胞干性、细胞分化、细胞凋亡、细胞焦亡、炎症风暴、迁移、侵袭能力,表面受体表达等等;亚细胞结构的囊泡和细胞器的分离和电镜影像学观察;
10. 分子间互作实验方法:RNA、DNA、蛋白之间的互作分析技术如下图;
11. 新疾病分子、通路的寻找:蛋白质组学、代谢组学、全转录组测序、生物信息学分析等等。
二、以科学问题为主线的技术路线图
推荐指数:★★★★☆
以解决 10-20 个小科学问题为目的的分类方法。优点是把 3-4 个「拟解决的关键科学问题」,解构成 10-20 个小科学问题来逐一解决。但相互之间又形成功能单元模块,共同指向并组成同一个「关键的科学问题」。
三、以研究目标为主线,递进式展开的技术路线图
推荐指数:★★★★★★★★★
四、以年度研究时间轴为主线的技术路线图
推荐指数:★★★☆☆
优点:能让专家清楚地知道整个研究计划的时间线,评估是否有能力按照规定时间完成实验内容。
缺点:可能主次不太分明,研究层次被弱化了。
青椒哥还是比较推荐:以研究目标为主线,递进式展开的技术路线图。
另外值得注意的是,技术路线图中一定要包含有以下辅助信息:
· 实验分组的详情;
· 研究材料来源和名称;
· 已完成部分和未完成部分的标注(用颜色色块区分);
· 关键实验手段的研究对象。
国自然申报系列讲座第七场
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