机关中的专业技术类公务员，是指专门从事专业技术工作，具有专业知识、专业技能，为机关履行职责提供技术支持和保障的公务员，其职责具有强技术性、低替代性。事业单位的专业技术职务，是事业单位专业技术岗位专业技术人员，取得相应的专业技术任职资格，被事业单位聘任的专业技术职务。
机关中的专业技术类公务员和事业单位的专业技术职务的主要区别为：
第一，机关中的专业技术类公务员和事业单位中的专业技术人员，是两种不同性质的单位和职业。
机关中的专业技术类公务员，属于机关工作人员，使用的是行政编制，是国家公务员的一个类别，享受的是公务员的工资、福利待遇。是按照公务员法和职务职级并行规定、专业技术类公务员管理规定进行管理；专业技术类的公务员必须要参加公务员考试，进行专业技术能力测试，按照公务员的法的规定进行录用。
事业单位中的专业技术人员，属于事业单位的工作人员，使用的是事业编制，是事业单位岗位设置的一个类别，享受的是事业单位的工资福利待遇；是按照事业单位人事管理条例、事业单位岗位设置实行办法进行管理；事业单位专业技术人员，要参加事业单位招录考试，按照事业单位人事管理制度的规定进行聘用。
第二，机关专业技术类公务员职务职级设置和事业单位专业技术岗位设置办法不同。
机关中的技术类公务员，是根据公务员法的规定，实行职务、职级并行的管理制度，专术类的公务员，除了按照规定可以晋升领导职务以外，还可以并行职级。由于专业技术类的公务员，具有比较强的专业知识，替代性比较低，按照公务员法和《专业技术类公务员管理规定》，设置了是十一个职级层次。
通用职级名称由高至低依次为：一级总监、二级总监、一级高级主管、二级高级主管、三级高级主管、四级高级主管、一级主管、二级主管、三级主管、四级主管、专业技术员。其中一级技术总监相当于综合类公务员的一级巡视员；专业技术员相当综合类公务员的一级科员。
事业单位中的专业技术人员，是事业单位的岗位设置。事业单位的专业技术岗位分为十三个等级，一到七级为高级岗位。高级专业技术职务正高级的岗位包括一至四级，副高级的岗位包括五至七级；中级岗位分三个等级，即八至十级；初级岗位分三个等级，即十一至十三级，其中十三级是员级岗位。
三是专业技术类公务员和事业单位专业技术岗位的任职资格不同。
专业技术类公务员任职，应当具备相应的专业技术任职资格，在规定的职位设置范围和职数内进行。担任专业技术类公务员厅局级副职以上领导职务或者一级、二级总监和一级高级主管，应当具备正高级专业技术任职资格。
担任专业技术类公务员县处级领导职务或者二级、三级、四级高级主管，应当具备副高级以上专业技术任职资格；担任专业技术类公务员乡科级正职领导职务或者一级、二级主管，应当具备中级以上专业技术任职资格；担任专业技术类公务员乡科级副职领导职务或者三级、四级主管和专业技术员，应当具备初级以上专业技术任职资格。
事业单位专业技术人员取得相应的专业技术任职资格以后，所聘任的是专业技术职务，专业技术职务是一种职务而不是职级。担任高级专业技术职务的专业技术人员，必须要取得相应的专业技术任职资格。比如担任高级专业技术职务的人员，必须要取得高级专业技术职称的任职资格；担任中级专业技术职务的人，必须要取得中级专业技术职称任职资格等。
综上所述，专业技术类公务员，其编制是行政编制，是按照职务、职级并行规定进行管理，是吃技术饭的公务员；事业单位的专业技术人员，是吃技术饭的事业编制工作人员。虽然任职资格有相似之处，但进入的方式，录用的办法，享受的待遇等都是完全不同的。
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