1971年的“913事件”后，黄、吴、李、邱四位开国将军被隔离审查。1981年特别法庭正式宣判：黄永胜获刑18年，李作鹏和吴法宪都是17年，邱会作量刑最轻，被判处16年有期徒刑，剥夺政治权利5年。事实上从1971年到1981年的10年间，这四个人都处在隔离状态之下，也就是说已经坐了10年牢，同时写材料交代自己的严重问题。
在1981年审判结果出来之后，虽然几人的刑期有所区别，但他们都已经不需要承受牢狱之灾了：黄永胜被安排到山东青岛保外就医，吴法宪去了济南，李作鹏被送到山西太原，而邱会作则在陕西西安度过余生。话说回来，为什么邱会作的量刑比其他3个人要轻一些呢？
邱会作在建国后的经历极为矛盾。一方面在60年代他自己曾被揪斗和迫害过，身体多处受伤，连肋骨都断了，几次晕厥险些丧命。绝望之下，他利用一个烟盒送出了信息，上面是跟毛主席、林总求救的内容，表示自己有生命危险。邱会作在战争年代是林总的麾下爱将，林帅闻讯非常生气，写条子批示了一句话：立即释放邱会作。
这样7个字的短促命令，无疑压迫力是极强的。相关部门和人员看了条子后知道轻重，因此邱会作不光当即恢复了自由，并且平步青云，后来成了副国级的中央政治局委员（1969年当选）。不过他也慢慢走上了歧途，开始做一些不该做的事并且越演越烈，用他以为对的方式去“报答”栽培、搭救过自己的老上司。
此后数年时间里，邱会作在总后勤部兴风作浪，无端关押、审讯并且迫害了不少军内将领。他担任总后勤部部长期间，甚至非法在部门内私设秘密监狱，汤平、周长庚、张树森等干部都被迫害致死，就连他的搭档、德高望重的总后勤部政委李聚奎上将也遭到过监禁和侮辱，戴上了手铐脚镣，处境非常不利，好在最终保住了性命。邱会作本人曾险些被折磨致死，“翻身”后却又忍心下手迫害别人，这件事情确实令人感到不可思议。
而更让人难以理解的是，1981年的最高人民法院特别法庭上，有被邱会作迫害致死的干部（汤平中将）家属当庭指证邱会作所犯罪行，邱会作完全没有要反驳的意思，听着对方的控诉竟然泪流满面。他当着审判员和群众的面，直接在被告席里面跪了下来，向对方家属认错，希望能够获得谅解。这一幕是十分罕见的，尤其是在建国后的解放军高级将领之中。
实事求是地说，在黄、吴、李、邱四人之中，邱会作的认罪态度、认罪表现是最好的一个。隔离审查期间他就认真撰写了大量材料，有戴罪立功的特征，其他三人则经常报以沉默或是不完全交代的态度，总体表现不如邱会作。他确实有一定的悔改表现，而且曾经也有工作成绩，后勤保障和组织才能非常出众，周总理曾经评价邱会作为我军“最好的后勤部长”。当然，这句话是在邱会作犯大错之前，工作尽心尽力时讲的。
也正是基于这些主客观因素，他的刑期被定为16年，少于黄永胜，吴法宪和李作鹏，随后这几人都被安排保外就医。在邱会作晚年，中央特意提高了他的生活标准，每月补贴1500元人民币，并且配了汽车和司机方便他出行。邱会作比较长寿，2002年因病去世时，已经是88岁高龄了。而黄、吴、李、邱之中，只有黄永胜的去世时间（1983年）比较早。吴法宪在2004年去世，李作鹏于2009年去世。
虽然军政生涯中有过高低起伏，犯过不应有的错误，但邱会作参加革命多年，客观而言早年功劳还是有的，尤其在四野之中口碑不错，下属较多。他去世时有1300多人参加了遗体告别仪式，在开国将领当中并不算少，没有因为建国后的不光彩经历而受到太大影响。
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