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立足原始创新,普译生物推出PolyseqOne纳米孔基因测序系统

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测序技术的发展使快速鉴定病原体以及确定疾病相关的基因组改变成为可能。日前,国产化测序仪家族又增添了新成员。

2024年1月16日上午,北京普译生物科技有限公司(以下简称普译生物)在中关村科学城东升科技园会议中心举行了2024年一季度产品发布会,推出了普译生物首款中通量纳米孔测序仪PolyseqOne、配套芯片PolyseqCell以及两款配套DNA测序试剂盒。这标志着普译生物这家仅成立两年两个月的纳米孔测序企业拥有了纳米孔基因测序装备及配套芯片和试剂的全链条生产能力,是公司从源头推动我国纳米孔测序商业化的重要里程碑。

普译生物正式发布PolyseqOne纳米孔测序系统

PolyseqOne纳米孔测序仪和PolyseqCell纳米孔测序芯片

普译生物总经理王大千博士介绍PolyseqOne测序系统

在发布会上,普译生物总经理王大千博士详细介绍了PolyseqOne测序系统的形态和性能。

PolyseqOne机身采用一体成型的全铝合金,有很好的电磁兼容性。主机配备高精度恒温控制系统,温控精度+/-0.1摄氏度,保证测序生化的反应条件一致;USB3.0的数据接口和5V 3A的直流电源供电,可以很方便把测序仪当作移动设备使用。测序系统配套的测序工作站配备Linux系统与CPU+GPU的异构计算能力。PolyseqOne测序仪尺寸为18 cm X 13 cm X 9 cm,重量为1.5kg,具有纳米孔测序一贯的轻巧便携、环境适应性强的特性。

PolyseqOne适配一张中通量纳米孔测序芯片PolyseqCell。PolyseqCell是基于硅基集成电路的测序芯片,发挥了纳米孔测序高集成度、高通量的优势。PolyseqCell核心的集成电路芯片生产自成熟制程的8英寸半导体晶圆,受益于半导体集成电路产业链的赋能,使测序芯片具有较低成本且能快速生产。单张芯片上拥有2560个测序单元(即2560个纳米孔),在48小时的测序时长下,能够获得15-20Gb的设计测序通量。

普译生物已经研发成型两种试剂盒产品。其中通用型DNA建库试剂盒可进行DNA样本以及PCR扩增产物的单样本建库测序。而快速DNA建库试剂盒 (PY-DNA201)利用自主开发的转座酶系统&优化的缓冲体系,仅需15分钟即可完成DNA片段化和测序接头连接过程,显著缩短建库时间,并可获得良好的测序质量。配合快速建库试剂盒,15分钟完成样品核酸提取、15分钟进行快速建库、30分钟进行测序,总计1个小时可以完成数据下机。基于试剂盒良好的性能,普译生物已经实现DNA测序最大读长超过200 kb

王大千博士在发布会上展示了使用PolyseqOne系统对四种细菌的实测数据,读长分布峰值在20 kb左右,而单次过孔原始测序准确度在97%左右,50X测序深度下一致性序列分析准确率达到Q37左右。

普译生物早期使用者,中国科学院生物物理所王祥喜研究员介绍使用PolyseqOne分析呼吸道合胞病毒的研究结果,发现与NGS测序相比,PolyseqOne由于能够获得长片段数据可以更好地确认毒株存在与否,并可以仅通过一条片段就确定病毒的亚型。由于具有更好的测序精度,PolyseqOne系统将能够为疫苗研发提供重要帮助。

王祥喜研究员介绍使用PolyseqOne测序系统的研究结果

王大千总经理表示,普译生物将在今年第三季度推出能够同时使用6个PolyseqCell芯片的测序仪系统,届时也将发布升级的测序化学复合体系和RNA直接测序试剂盒。

在发布会上,普译生物布置了两台PolyseqOne测序仪,其中一台用于测序展示,另一台供与会者近距离观看与操作。

PolyseqOne现场测序展示

普译生物 源自中国科学院生物物理研究所科研成果的转化,公司创始人黄亿华博士是中国科学院生物物理所研究员,也是国家杰出青年基金获得者。早在2014年,黄亿华研究员就率先解析并鉴定了CsgG纳米孔蛋白原子水平的三维结构,发现CsgG蛋白的限制区厚度能够容纳5-6个氨基酸,非常适合纳米孔测序;而2020年,黄亿华博士进一步解析了CsgG-CsgF复合物的三维结构,发现其具有两个限制区,能够更好地分辨均聚物序列。而CsgG纳米孔成为了在纳米孔测序领域被国外厂家商业化很好的一款纳米孔蛋白。

普译生物目前使用的是黄亿华博士所发现的性能更好的纳米孔蛋白。一系列不同性质的纳米孔蛋白,以及多种能够控制核酸穿过纳米孔的控速蛋白,使普译生物能够优中选优。这些核心蛋白经过数百次蛋白质工程改造,可以达到更好的碱基分辨率、测序稳定性和更佳的匹配状态。

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