山东
农用微生物菌剂的范围非常广泛，包含微生物肥料菌剂、饲料添加菌剂、饲养场清洁菌剂、养殖塘水质净化剂、土壤改良菌剂等。狭义的农用微生物菌剂是指GB20287中所列的菌剂种类。
选用原则是：
（1）不能使用含有对植物、畜禽、养殖人员和栽培人员有害的菌剂，也不宜使用对人畜禽类的条件致病菌。总之，只能使用非病原菌。
（2）在非病原菌中少使用厌氧菌类，厌氧环境往往与腐生相联系并导致烂根。厌氧发酵的沼气池产生的沼渣和沼液中大病原菌已被杀死，而沼渣沼液中的微生物是严格厌氧的，施于农田，遇到氧气就会死亡。
（3）与病原菌亲缘关系很近的菌宜少用。
（4）应注意在一个混合菌剂中，避免相互有拮抗效应的菌的同时使用。
一、不同条件农用微生物菌剂应用要求
各种农用微生物菌剂有不同的要求，在此仅对微生物肥料菌剂的农业应用作一点说明。微生物肥料菌剂要求生态适应性强的菌剂，在恶劣环境中生存力强，繁殖力旺，最好还能有促进植物生长功能和抑制病原菌功能。
例如枯草芽孢杆菌常常被选为主体菌株秸秆还田地块宜选纤维素酶和木质素酶活力高的菌株微生物菌剂的选用原则还需结合土壤环境、气候变化、作物品种、植被、秸秆抗性以及耕作方式。
结合土种特征，了解当地土壤的实际情况。主要观察土壤持水保肥能力，有机质含量，酸碱性，如能测定土壤N、P、K含量,则更有针对性。
贫瘠的土壤应同时使用有机肥和微生物菌剂，特别是沙化或板结的土壤。这类土壤在有机肥供应足量的情况下，施用质量保证的任何一种微生物制剂都有良好的效果。
盐碱土上使用微生物菌剂同样要与大量的有机物如秸秆同时施用，以耐盐碱能力强的芽孢杆菌菌剂为好。
有机质含量高的如长期不见阳光的大棚，应加大微生物菌剂的用量，可视情况(如上茬遗留大量根茎叶已翻入土中)不必配施有机肥。大量使用有一定抗性的微生物菌剂如芽孢杆菌、放线菌还可抑制土传病害。
不施用化肥的林木、牧草生产地区，使用根瘤菌剂效果显著。
大量秸秆一次性原位还田的，除了同时配施少量氮肥调节碳氮比外，应选用纤维素降解能力强的微生物菌剂，如含真菌类与芽孢杆菌的复合菌剂，加速上茬根茎叶分解。
高纬度的低温地区应在收割后抓紧施用耐低温的秸秆腐熟菌，开春后可随春播一同施降解纤维素、促生长的芽孢类微生物制剂对于土壤沙化严重的并以秸秆原位还田的地区很有必要。
春季阴雨连绵，光照不足的南方多雨地区，结合腐熟有机肥施用多功能的复合菌剂，可以减少因光照不足引起的缺碳型黄化。
保花保果类作物应配施含有荚膜多糖，并能合成植物激素的胶质类芽孢杆菌类微生物制剂。
二、微生物菌剂应用注意事项
微生物菌剂的使用必须注意土壤水分的供应和温度的保持，即使应用低温菌种，在土壤温度低于10℃时，也难有显著效果。
使用多功能菌种是一种有效的选择，如有些硅酸盐菌剂既有固氮功能，又可溶磷解钾，还能合成有益的植物激素。
南方红黄壤缺可溶性磷钾，就可以选用溶磷和解钾保钾效果好的磷细菌、胶质类芽孢杆菌。北方盐碱土多，就可选枯草芽孢杆菌类的菌剂。牧草种植区很少施肥，就可施用固氮能力强的根瘤菌剂，非常有效。
在长期施用化肥，造成土壤板结或沙化的地区，宜同时施用有机肥，使得施人田中的菌肥有充足的能量，用于增殖和代谢。增强微生物改土功能的地区，不适合用无机石粉作为载体的微生物肥料。
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