北京政府陆军部于1912年4月29日成立，是管理全国陆军行政事务的最高军事机关。初建时，该部设总长、次长各1人，秘书3人，编纂3人，司务5人，主任1人。部内设6司：
军衡司：下设任官、赏赉2科。
军务司：下设军事、步兵、骑兵、炮兵、工兵5科。
军械司：下设枪炮、材具2科。
军需司：下设会计、粮股2科。
军医司：下设卫生、医务2科。
军学司：下设教育、步兵、骑兵、炮兵、工兵、辎重6科。
每司设司长1人，各科设科长1人及科员若干人。
北京政府于1912年9月1日公布了《陆军部官制》，规定陆军部其任务是管理陆军军政，统辖陆军军人、军属，监督所辖各官署。
陆军部设总长1人，次长1人。部内机构设1处1厅8司，即：参事处、总务厅及军衡、军务、军械、军学、军需、军医、军法、军马8司。各处、厅、司的职掌与编制如下：
参事处：设参事4人，承长官之命，掌拟订及审议法律命令案事务。
总务厅：下置机要、统计、庶务3科，分别掌理机密及陆军文库；典守印信；征发物件表报告及统计；各项公文函件之纂辑、保存及收发；部内文官任用；部内风纪，其他不属于各司的事项。
总务厅设秘书长1人，秘书3人，副官14人。各科设委员长、委员若干人，分掌各科事务。
军衡司：下置任官及赏赉2科，分别掌理陆军军官、军佐及军用文官的任免、转补；调查各兵科人员；考绩表、兵籍战时名簿及军用文收名簿；保管军官、军佐、军用文官及战时职员表；编纂年格、名簿；赏赉、叙勋、记章、褒章及赏给 ; 休假；废兵处置；陆军军人结婚；养赡等事项。
军务司：下置军事、步兵、骑兵、炮兵、工兵5科，分别掌理陆军建制及编制；整旅计划之准备执行；戒严及征发；军队配置；战时各项规则；各军队之军纪、风纪；陆军军旗；陆军礼节、服制、徽章；各兵科及军乐队；各兵科军官、军士以下人员之调用及其补充；征募、召集及解兵、退伍，军队内务、卫戍、勤务及宪兵服务；练兵场及射击场；要塞兵备；重炮兵之设置及分配；运输、通信、电气、电灯、轻气球、飞行器；水陆交通；要塞建筑及其用地并要塞地带；要塞司令处、陆地测量部及交通各队等事项。
军械司：下置兵器、保管2科，分别掌理军用枪炮、弹药之制式、筹划、支给、交换及检查；要塞备炮；技术审检院、兵工厂、军械局；军用器具材料之制式、筹划、支给、交换；攻城、守城、交通所用兵器、器具、材料之备办；各项器具材料之经理及检查，军火各禁令等事项。
军需司：下置会计、粮服、建筑3科，分别掌理军服之经理及检查；军服、粮秣及马匹等给与之规定；平时，战时粮秣之给与及准备；战时炊具及洗马器具；军服、粮秣之制造、购置；军队用具消耗品及埋葬用物料等之准备；军人祠宇及军用坟地；军需运用；各军需官勤务；各军需处人员之教育、考绩及其补充；经费出纳并预算、决算；编制整旅之预算；会计稽核；各军需处；规定俸给及旅费；各种给与及军需规定之审查；出纳之官吏；与财政官署有关系事项；陆军用地及建筑；陆军所属官产；规定军用金钱箱柜及行李等事项。
军医司：下置卫生、医务、兽医3科，分别掌理军医、兽医各种诊疗机关；体格检查；伤病等差之诊断；防疫及卫生试验；卫生材料及蹄铁；战时卫生、勤务各种规则；军医、司药、兽医所属各项人员之勤务、教育、考绩及其补充；卫生报告、统计及调查；红十字会及恤兵团体等事项。
军法司：掌理陆军军法；陆军司法官及监狱职员之考绩及其补充；陆军监狱；赦免及罪人之处置；高等军法会审等事项。
军马司：掌理军马监及牧场之管理；军马之供给、喂养、保存及征发；改良马种及购买军马；蹄铁术之教育；军牧人员之教育、考绩及其补充等事项。
各司设司长1人，承总长之命、总理一司事务；设司副官8人；技正4人，技士8人；科长及一等军法官至多不得超过50人；科员及二、三等军法官不得超过200人。
1914年5月，陆军部因“部务繁忙”，增设次长1人。7月10日陆军部修正官制，该部隶于大总统，设次长2人；总务厅增设秘书1人，共4人、纂译官4人、副官由原来的8人减为6人。军马司改称军牧司。
1915年7月陆军部军学司并入陆军训练总监。
1916年袁世凯死后，陆军部恢复元年官制。
1917年8月6日陆军训练总监撤销，应办事宜交陆军部，该部逐恢复军学司，其职能与编制未变。
1927年7月北京军政府成立，陆军部并入军事部，改设陆军署。
一览北洋时期历任陆军部主官：
1912年
1、总长 段祺瑞（3月3日任），1865年生，原名启瑞，字芝泉，安徽人。北洋三杰之一，袁世凯重要军事助手，辛亥革命期间任第一军统领兼湖广总督，联名46名将领，致电清廷内阁、军咨府、陆军部，逼迫清帝退位。
2、次长 蒋作宾（4月4日任），1884年生，字雨岩，湖北人。同盟会成员，原清廷陆军部军衡司司长，其在清廷内部暗中运作，淘汰守旧势力，为革命胜利奠定良好基础。
1913年
1-1、总长 段祺瑞（12月10日暂代鄂督，以架空黎元洪）
1-2、总长 周自齐（12月19日暂兼），1869年生 ，字子廙，山东人。北洋政府重臣，在理财等方面有着丰富的经验。
2、次长 蒋作宾
1914年
1、总长 段祺瑞（2月13日暂代豫督，以镇压白朗起义）
2、次长 蒋作宾
3、次长 徐树铮（5月14日任），1880年生，字又铮，号铁珊，又号则林，江苏（今属安徽）人。段祺瑞麾下四大金刚之一及心腹谋士，北洋军阀中少有的文武全才。
1915年
1-1、总长 段祺瑞（5月31日假，8月29日辞），受袁世凯猜忌，去职
1-2、总长 王士珍（5月31日署，8月29日任），1861年生，字聘卿，号冠儒，直隶（今河北）人。北洋三杰之首，以过人才智和卓越政绩得到袁世凯的青睐。溥仪退位后他为表示忠于清廷，辞官隐退，后受到袁的再三邀请复出军政界。
2、次长 蒋作宾
3-1、次长 徐树铮（6月26日免），以段祺瑞派骨干身份受袁世凯猜忌，去职。
3-2、次长 田中玉（6月26日任），1869年生，字蕴山，直隶临榆（今河北）人。北洋系将领，支持袁世凯复辟帝制。
1916年
1-1、总长 王士珍（4月23日调），洪宪帝制失败，袁世凯被迫向北洋其他实力派妥协。
1-2、总长 段祺瑞（4月23日以国务总理兼）
2-1、次长 蒋作宾（5月6日调）
2-2、次长 傅良佐（5月6日任），1873年生，字清节，湖南人。段祺瑞麾下四大金刚之一。
3-1、次长 田中玉（6月9日调）
3-2、次长 张士钰（6月15日任），字宝斋，直隶（今属天津）人。段芝贵亲信。
1917年
1-1、总长 段祺瑞（5月23日免，由张士钰5月23日代），与黎元洪第一次府院之争，去职。
1-2、总长 王士珍（6月24日任，7月19日辞）
1-3、总长 段祺瑞（7月17日代，11月19日辞），与冯国璋第二次府院之争，去职。
1-4、总长 王士珍（11月19日任，12月18日免）
1-5、总长 段芝贵（12月18日任），1869年生，字香岩，安徽人。原为袁世凯心腹，原死后依附于段祺瑞。
2-1、次长 傅良佐（8月6日免），升任湘督，指挥对南作战。
2-2、次长 徐树铮（8月8日任，11月19日免）
3、次长 张士钰
1918年
1、总长 段芝贵（3月29日免，同日任）
2、次长 张士钰
1919年
1-1、总长 段芝贵（1月11日免）
1-2、总长 靳云鹏（1月11日任，12月3日免，同日兼任），1877年生，字翼青，山东人。段祺瑞麾下四大金刚之首，资历颇高，并与皖、直、奉等派系要人都有较深刻的关系。
2、次长 罗开榜（1月16日任），1872年生，谱名法榜，字仲芳，安徽人。皖系军阀将领。
3-1、次长 张士钰（1月11日免）
3-2、次长 张志潭（1月16日署），1884年生，字远伯，直隶（今河北）人。安徽芜湖道尹张佩绪之子，清流派骨干张佩纶侄子。
1920年
1、总长 靳云鹏（5月14日辞，罗开榜5月14日暂代，8月11日兼署），因受段祺瑞猜忌及安福系打击而被迫去职，直皖战争后在曹锟和张作霖的支持下再度受命组阁。
2-1、次长 罗开榜
2-2、次长 金绍曾（8月21日任），字益庭，直隶（今天津）人。
3-1、次长 张志潭
3-2、次长 何恩溥（11月12日任），字春霖，直隶（今天津）人。
1921年
1-1、总长 靳云鹏（5月14日免），受交通系离间挑拨及张作霖逼迫，去职。
1-2、总长 蔡成勋（5月14日任，12月25日免），1871年生，字虎臣，直隶（今天津）人。直系军阀骨干，后因第一次北伐赣督陈光远势微，而出任为援赣总司令，入赣助战。
1-3、总长 鲍贵卿（12月25日任），1867年生，字廷九（霆九），奉天（今辽宁）人。奉系军阀头目，张作霖亲家。
2、次长 金绍曾
3、次长 何恩溥
1922年
1-1、总长 鲍贵卿（5月9日假，6月11日免），奉系军阀在第一次直奉战争中失败后，鲍以病为由，去职。
1-2、总长 吴佩孚（6月11日署，未就，8月5日免），1874年生，字子玉，山东人。新直系军阀二号人物，洛派首领，实际掌握直系军权。
1-3、总长 张绍曾（8月5日署，9月19日免，同日署，11月29日免，同日署），1879年生，字敬舆，直隶（今河北）人。北洋系新派代表人物，因与吴佩孚、冯玉祥有姻亲关系，转而归附直系。
2、次长 金绍曾
3-1、次长 何恩溥（1月6日免）
3-2、次长 韩麟春（1月6日任，5月2日免），1886年生，别号芳辰，别字芳宸，奉天（今辽宁）人。第一次直奉战争后投身奉系，被张作霖重用，任命为东三省兵工厂总办（督办为杨宇霆），掌握工厂的计划和管理工作大权。
3-3、次长 金永炎（5月2日任），1880年生，字晓峰，又作小峰，湖北人。黎元洪重要幕僚，被段祺瑞派称作“四凶”。
1923年
1、总长 张绍曾（1月4日免，同日署，1月25日兼任）
2、次长 金绍曾
3-1、次长 金永炎（7月6日免）
3-2、次长 王坦（7月6日兼代，10月19日署，11月17日免）
1924年
1-1、总长 张绍曾（1月12日免），与曹、吴主张相悖，去职。
1-2、总长 陆锦（1月12日任，9月14日免，同日任，10月31日免），1879年生，字绣山，一作秀山，直隶（今天津）人。第二次直奉战争中新直系败北，他随之下野。
1-3、总长 李书城（10月31日任），1882年生，湖北人。革命家，吴禄贞盟兄弟及挚友，受冯玉祥邀请任摄政内阁陆军总长。
1-4、总长 吴光新（11月24日任），1875年生，字自堂，一作植堂，安徽人。段祺瑞妻弟，皖系军阀将领。
2-1、次长 金绍曾（11月5日免）
2-2、次长 贾德耀（11月5日任），1880年生，字昆庭，安徽人。皖系军阀骨干，同时与冯玉祥有旧谊之情。
3-1、次长 王坦（6月10日任，11月27日免）
3-2、次长 张厚琬（11月27日任），1886年生，又名厚畹，别字忠荪，湖北人。张之洞嫡孙，1921年受张作霖邀请，加入奉系。
1925年
1-1、总长 吴光新（12月1日免）
1-2、总长 贾德耀（12月1日任，12月31日免，同日任）
2-1、次长 贾德耀（12月1日免），升任总长。
2-2、次长 熊斌（12月5日任），1894年生，字哲明，湖北人。国民一军将领。
3-1、次长 张厚琬（12月4日免）
3-2、次长 齐振林（12月5日任），1872年生，字晓山，直隶（今河北）人。
1926年
1-1、总长 贾德耀（3月4日免，同日兼，4月20日免）
1-2、总长 陆锦（5月13日复职，同日免）
1-3、总长 张景惠（5月13日任，未就），1871年生，字叙五，奉天（今辽宁）人。张作霖盟兄弟，奉系旧派代表人物之一。
1-4、总长 蒋雁行（8月12日署），1875年生，字宾臣，直隶（今天津）人。北洋系新派代表人物。
2-1、次长 熊斌
2-2、次长 金绍曾（6月22日任）
3-1、次长 齐振林
3-2、次长 何恩溥（6月22日任）
1927年
1-1、总长 蒋雁行（1月12日免）
1-2、总长 张景惠（1月12日任）
2-1、次长 金绍曾（1月20日免）
2-2、次长 王树常（1月20日任），1885年生，字庭五，奉天（今辽宁）人。奉系新派代表人物。
3-1、次长 何恩溥
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