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作者：Lily
导读：目前，针对S. Typhi耐药性菌株的产生及传播的研究相对有限。近日，来自美国斯坦福大学的一项研究为我们展示了S. Typhi耐药性在时间与空间上的变迁。
狡猾的伤寒沙门氏菌（S. typhi）
01
伤寒是一种可能致命的胃肠道感染，由伤寒沙门氏菌（Salmonella enterica serovar typhi，简称S. Typhi）引起，通常通过受污染的食物或水进行传播。根据世界卫生组织统计，每年约有1100万至2000万人患伤寒，导致每年约10多万人死亡，占全球疾病负担的70%，是全球主要公共卫生问题之一。
S. Typhi十分狡猾，已经表现出多种耐多药菌株，致使抗生素耐药性问题日益严重。一项于2015年发表在《自然遗传学》（Nature genetics）上的基因组研究显示，在过去30年间，H58单体型（一种S. Typhi的多重耐药病原体）已逐渐取代其他菌株，完全改变了伤寒疾病的遗传结构。另一项于2018年发表于MBio期刊的研究则报告了两种高度耐药型菌株，它们对一线抗生素氟喹诺酮类药物及头孢曲松（第三代头孢菌素，最常见的伤寒处方治疗药物）具有高度耐药性。
目前，针对S. Typhi耐药性菌株的产生及传播的研究相对有限，且均是基于小样本的研究。近日，来自美国斯坦福大学等机构的研究者在The Lancet Microbe期刊发表了相关研究，对过往30年间S. Typhi耐药性菌株的出现和地理传播做了时间和地理系统分析，强调了伤寒控制及S. Typhi抗生素耐药性问题作为全球性问题的重要性。
https://www.thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(22)00093-3/fulltext#seccestitle170
研究简述
02
研究样本及方法：
2014年至2019年间，在四个伤寒负担最高的国家（孟加拉国、印度、尼泊尔和巴基斯坦）的确诊伤寒病例血液样本中，提取了3489个S. Typhi分离株，并对其进行全基因组测序。同时，研究也调取了1905年至2018年间70多个国家分离的4169个S. Typhi样本基因组序列数据。随后，将前者与后者的测序结果相对比，进行单核苷酸多态性（SNP）分析；并结合系统发育分析、时间和地理系统分析，来表征S. Typhi的出现及地理传播。
研究主要发现：
*通过2014年至2019年间来自四国的3489S. Typhi分离株基因型分析，研究确定了29种不同的基因型。其中，大多数分离株（2474 [70·9%]）属于基因型4.3.1（单倍型H58）；确定了多个系统发育相关的H58亚谱系，这些谱系在南亚共享，最常见于孟加拉国、尼泊尔和印度。
*在全球收集的7657株分离株中，2047个（26·8%）被鉴定出获得性抗性基因，这些基因有助于多药耐药性表型。（备注：若分离株同时拥有对氨苄青霉素、氯霉素、复方新诺明的抗药性基因，就被研究者定义为多药耐药性分离株。）
*自1990年以来，耐药性S. Typhi在各国之间传播至少197次。这些菌株最常发生在南亚，随后从南亚到东南亚进行传播，后续到达东非和南非；英国、美国和加拿大也报告了这些菌株。
*自2000年以来，多耐药S. typhi在孟加拉国和印度稳步下降，在尼泊尔保持低位（小于伤寒菌株的5%）；而在巴基斯坦却略有增加。同时，这些多耐药S. typhi也正在被其他新的抗生素耐药菌株所取代。
研究的局限：
根据研究者表述，此研究的样本没有覆盖另一些伤寒高负担地区，例如许多撒哈拉以南非洲地区和大洋洲国家。此外，在采样点国家，绝大数样本分离株都来自与少量监测点，因此不具备株群传播的广泛代表性。
图A：7658个 S Typhi分离株样本最大似然树——条状颜色表示谱系（2.3.3 (蓝色), 2.5 ( 绿松石), 3.2.2 (黄色), 3.3 (绿色), 4.3.1 (深红色), 4.3.1.1 (红色), 4.3.1.1.P1 (橙色), 4.3.1.2 (粉色), 4.3.1.3 (浅橙色), and other non-H58 (黑色)）；内环表示样本来源；外环表示分离株样本来源地；标尺表示每个位点的核苷酸替换量。
图B：按地区排序的 S Typhi分离株样本时间分布。
参考资料：
https://www.thelancet.com/journals/lanmic/article/PIIS2666-5247(22)00093-3/fulltext#seccestitle170
https://medicalxpress.com/news/2022-06-typhoid-causing-bacteria-resistant-essential-antibiotics.html
注：本文旨在介绍医学研究进展，不能作为治疗方案参考。如需获得健康指导，请至正规医院就诊。
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