一般连锁店均包括总部——分店两个层次，或总部——地区分部——分店三个层次。
1．连锁总部
连锁总部是为门店提供服务的单位，通过总部的标准化、专业化、集中化管理使门店作业单纯化、高效化。其基本职能主要有：政策制定、店铺开发、商品管理、促销管理、店铺督导等，由不同的职能部门分别负责。
一般说来，连锁总部包括的职能部门主要有：开发部、营业部、商品部、财务部、管理部、营销部等。各部门的职能如下：
(1)开发部的职能。包括：①开设新店或发展加盟店时进行商圈调查；②制定选址标准、设备标准和投资标准；③决定自行建店、买店或租店；④开店流程安排及进度控制；⑤开店工程招标、监督及验收；⑥新开分店的设备采购与各分店设备的维修保养；⑦新开分店的投资效益评估。
(2)营业部(营运部)的职能。包括：①各分店营业目标和总的营业目标的拟定及督促执行；②对分店的经营进行监督和指导；③ 编制营业手册并监督、检查其执行情况；④营业人员调配及工作分派；⑤门店经营情况及合理化建议的反馈与处理。
(3)商品部(采购部)的职能。包括：①商品组合策略的拟订及执行；②商品价格策略的拟订及执行；③商品货源的把握、新产品开发与滞销商品淘汰；④配送中心的经营与管理。
(4)财务部的职能。包括：①融资、用资、资金调度；②编制各种财务会计报表；③审核凭证、账务处理及分析；④每日营业核算；⑤ 发票管理；⑥税金申报、缴纳，年度预决算；⑦会计电算化及网络管理。
(5)管理部(行政部)的职能。包括：①企业组织制度的确定；② 人事制度的制定及执行；③员工福利制度的制定与执行；④人力资源规划，人员招聘、培训；⑤奖惩办法的拟定及执行；⑥企业合同管理及公司权益的维护；⑦其他有关业务的组织与安排，也可与财务部合并。
(6)营销部的职能。包括：①分店商品配置、陈列设计及改进； ②促销策略的制定与执行；②企业广告、竞争状况调查分析；④企业形象策划及推出；⑤公共关系的建立与维护；⑥新市场开拓方案及计划的拟订，可单设也可并入营运部。
2．地区分部
地区分部又叫区域管理部，即连锁总部为加强对某一区域市场连锁分店的组织管理，在该区域设立的二级组织机构。这样总部的部分职能转移到地区管理部的相应部门中去，总部主要承担对计划的制定、监督执行，协调各区域管理部同一职能活动，指导各区域管理部的对应活动。地区管理部实质上是总部派出的管理机构，不具备法人资格，仅有管理与执行功能，在大多数问题上决策仍由总部作出。
3．门店
门店是总部政策的执行单位，是连锁公司直接向顾客提供商品及服务的单位。其基本职能是：商品销售、进货及存货管理、绩效评估。
商品销售是向顾客展示、供应商品并提供服务的活动，是门店的核心职能。进货是指向总部要货或自行向由总部统一规定的供货商要货的活动，门店的存货包括卖场的存货(即陈列在货架上的商品存量)和内仓的存货。经营绩效评估包括对影响经营业绩的各项因素的观察、调查与分析，也包括对各项经营指标完成情况的评估以及改善业绩的对策。
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