关于 Dr.X
Dr. X 是由晶泰科技博士团发起的专业知识分享栏目,旨在向生物医药行业传递和分享全球 AI 药物研发的前沿技术与研发动态,促进广大药物研发从业者对 AI 药物研发的认知,推动 AI 等前沿技术在药物研发领域的应用。
自 2001 年第一个激酶抑制剂伊马替尼(imatinib)获 FDA 批准以来,激酶抑制剂(kinase inhibitor)在 20 多年来获得了许多进展。与此同时,研究者也发现存在与激酶结构类似但缺乏催化活性的假激酶(pseudokinases)。假激酶与激酶有什么关联和区别,在正常生理功能维持和疾病中扮演何种角色,具有怎样的成药特性及药物开发前景?本期 Dr.X 就将围绕假激酶的这些问题与大家一起探讨。
激酶与假激酶
众所周知,激酶(kinase)是一类能从高能供体分子(如ATP)转移磷酸基团到特定靶分子(底物)的酶,其中最大的激酶族群是蛋白激酶,它几乎是每个信号通路的组成部分。激酶功能的失调与许多疾病有关,比如癌症、神经系统疾病、免疫疾病和代谢疾病等。
假激酶(pseudokinases)与激酶的关键区别在于催化功能的缺失。假激酶是蛋白激酶超家族的假酶变体,约占人类激酶组的 10.8%。假激酶在结构骨架上与同超家族的传统激酶成员高度相似(见图 1),它们具有与催化活性激酶相同的总体激酶结构域折叠,包括 N-端裂片(N-lobe)、C-端裂片(C-lobe)以及连接它们的柔性铰链区。区别在于,在催化位点上,假激酶缺少一个或多个关键保守催化残基,导致本来执行催化的位点失去了催化功能。
图 1 假激酶的一般结构【1】
但,丧失了催化功能,所以假激酶=死激酶?
的确在最初的假激酶描述中,研究者曾将其称为“dead kinases”【2】,但随后的研究发现,虽然丧失了催化功能,但假激酶可通过非催化机制的信号发挥功能。
假激酶的功能有哪些?
目前假激酶的具体作用机制还不是特别清楚,但已有研究表明它们在免疫反应和新陈代谢中具有一定的作用。目前已发现的假激酶的作用主要有四方面(见图 2):1. 变构调节剂;2.支架功能;3. 信号开关;4.蛋白相互作用域。
图 2 假激酶功能分类【1】
假激酶与疾病的关系
已有不少研究表明,假激酶的作用机制与现阶段的一些疾病(具体类型)存在联系。例如一项研究发现 JAK2 的假激酶结构域(JH2)与 ATP 的结合对 JAK2 激酶的致病激活至关重要【3】,在健康细胞中,JAK2 的假激酶结构域(JH2)变构抑制激酶结构域(JH1),信号分子通过与 JAK2 同源受体结合以减轻这种抑制,允许 STAT 信号传导的激酶结构域的磷酸化和激活;而假激酶发生突变后,即使没有信号分子,也能激活 STAT 信号传导的激酶结构域【1】,过度的激活可能导致肿瘤的发生(见图 3)。另一项研究将假激酶 TRIB3 鉴定为淋巴瘤治疗新靶标【4】
图 3 JAK JH2 突变致病机制【1】
左右滑动查看图片
图 4 不同假激酶其突变位点及与疾病的关联【5】
假激酶靶点及其抑制剂
图 4 列举了许多假激酶及与之相关的疾病,现阶段已初步进入药物开发的假激酶靶点仍相对有限,主要包括 HER3、TYK2、KSRs 等。下面 Dr.X 将就其中 2 个较为著名的靶点展开分享。
TYK2 抑制剂
TYK2 是 JAK 激酶家族的成员,该家族还包括 JAK1、JAK2 和 JAK3。JAKs具有假激酶结构域(Janushomology2, JH2),研究表明,TYK2 抑制剂能够结合 JH2 结构域并稳定其 JH1 抑制性构象,进而达到抑制 TYK2 活性。
BMS-986165 是目前开发进度最快的假激酶类药物,具有选择性结合 TYK2 的假激酶 (JH2) 结构域并通过变构机制抑制其功能的独特能力。2018 年百时美施贵宝宣布 TYK2 抑制剂 BMS-986165 治疗中重度斑块型银屑病II期临床达主要终点,目前该适应症的III期临床项目正在进行中,此外其他II期临床试验正在进行中,用于治疗系统性红斑狼疮、严重溃疡性结肠炎、克罗恩病等。
图 5 JAK 抑制剂及 BMS-986165 结构【6】
HER3/ ErbB3 抑制剂
在健康细胞中,HER3 发生异源二聚化,以配体依赖的方式激活其他 HER 激酶(如 HER2);在病变细胞中,HER3 的过度表达或者突变导致不依赖配体的异源二聚化,导致信号通路的过度激活,进而导致癌变。2014 年,Gray 等报道了 HER3 降解剂 TX-2-121-1,可诱导 HER3 的部分降解,抑制 HER3-HER2 和 HER3-cMet 的异源二聚化【7】。
假激酶抑制剂开发策略
目前假激酶抑制剂的开发主要基于两种策略。
一是参考激酶抑制剂的开发,对于那些具有可进入 ATP 结合口袋的假激酶靶标,筛选与 ATP 竞争的小分子,从而诱导构象变化,产生干预信号,前面提到的 HER3 降解剂 TX-2-121-1 就是采用该种方式。在一项针对 JAK2 假激酶配体的研究中,研究者比较了化合物与 JAK2 JH1 和 JH2 在 ATP 结合位点的结合常数,发现了可与 JH2 ATP 结合位点结合最强的分子,从而初步确定了先导化合物【8】。
图 6 化合物与 JAK2 JH2(左)
和 JH1(右)的在 ATP 结合位点结合 【8】
二是对于那些不适合以 ATP 结合口袋进行开发的假激酶,通过识别口袋之外的变构位点进行开发。该方式的优势是,由于假活性位点结构的独特性,假激酶药物设计的化学空间可能比活性激酶大得多,但同时目前对假激酶的整体了解仍不充足,该设计方式仍存在巨大挑战。
此外,也有研究围绕 PROTACs 降解剂、PPI 阻断剂等调节剂对激酶非催化功能的报道,相信随着对假激酶结构、作用机制的不断深入研究,以及前沿技术的快速发展,假激酶相关药物的开发将迎接更多可能。
参考文献:
1. Nayana Devang, et al. Advances in Protein Chemistry and Structural Biology, Volume 124, 2021,https://doi.org/10.1016/bs.apcsb.2020.09.004.
2. Manning et al., 2002. Science (New York, N.Y.), 298(5600), 1912–1934. https://doi.org/10.1126/science.1075762.
3. Hammarén, et al. Proc. Natl. Acad. Sci.U.S.A. 2015, 112(15): 4642-4647. DOI:10.1073/pnas.1423201112
4. Li, K., et al. Nat Commun 11, 6316 (2020). https://doi.org/10.1038/s41467-020-20107-1
5. Kung, J.E., Jura, N. Nat Rev Drug Discov 18, 501–526 (2019). https://doi.org/10.1038/s41573-019-0018-3
6. Wrobleski ST,. et al. J Med Chem. 2019 Oct 24;62(20):8973-8995. doi: 10.1021/acs.jmedchem.9b00444.
7. Xie, T., et al. Nat Chem Biol 10, 1006–1012 (2014). https://doi.org/10.1038/nchembio.1658
8. Maria-Elena,.et al. .Journal of medicinal chemistry,2020,63(10):5324-5340.DOI:10.1021/acs.jmedchem.0c00192.
本文仅供学术交流,图源网络,侵删
关于晶泰科技:
晶泰科技是一家量子物理与人工智能赋能的药物研发公司,通过提高药物研发的速度、规模、创新性和成功率,致力于实现药物研发的行业革新。作为一家立足中美、服务全球的企业,晶泰科技始终坚持探索最优解决方案,以充分利用前沿的研发与计算资源,最大化满足客户与合作方的需求。
晶泰科技的智能药物研发平台将基于云端超算数字化研发工具与先进的实验能力进行整合,形成高精度预测与针对性实验相互印证、相互指导的研发系统。作为全球先锋人工智能药物研发公司之一,晶泰科技已建立起一整套量子物理干实验室与先进湿实验室紧密结合的研发迭代流程,挑战传统研发的效率瓶颈,赋能新药研发实现创新速度与规模的突破。
业务/活动咨询请联系:bd@xtalpi.com
特别声明:以上内容(如有图片或视频亦包括在内)为自媒体平台“网易号”用户上传并发布,本平台仅提供信息存储服务。
Notice: The content above (including the pictures and videos if any) is uploaded and posted by a user of NetEase Hao, which is a social media platform and only provides information storage services.