专家常常建议，营养防治慢性病尽量不要干扰原治疗计划，也就是不要停药，营养素只作为辅助治疗，然而在临床实践中发现，原治疗用药许多是抗营养物质，甚至药物与营养相互拮抗产生负效应，所以营养防治必须拒绝抗营养药物。感冒药、解热镇痛药大都会降低血液中维生素A的含量。
阿司匹林被称为“维生素的偷窃者” 可使维生素的流失量增加5倍以上，导致叶酸和B族维生素缺乏症，进而使同型半胱氨酸升高，心脏病加重，还有可能引起消化道疾病和贫血。激素类(皮质类固醇) 可使体内多种矿物质化为乌有，几乎所有长时间用过激素的人均有严重缺钙，缺锌的表现特征，甚至罹患某种血液病。
巴比妥类(安眠药)可使钙大量流失。
青霉素、四环素、避孕药等微量元素形成的络合物或难溶性复合物难以吸收。
利尿剂可使钾大量流失导致电解质紊乱。
抗生素类药物由于杀伤了肠道的有益菌群，破坏了体内环境，几乎对多数营养物质进行极强的干扰，而不能有效地吸收利用。
与上述情形相反，有的营养物质也会影响和破坏药物的疗效。
叶酸会降低磺胺类药的效。
大量维生素不仅减弱了药物疗效，甚至增加药物的副作用，如大量维生素会使丙酮苄羟香豆素(一种抗凝剂)起相反作用。
营养防治慢性病，往往是针对多年药物治疗无效的人。所以对待原治疗方案，需要考虑药物与营养拮抗关系的同时，还要看药物治疗是否有效，如果有效尽量不要立即停药，待营养调理有明显效果时，再逐渐减量服药，有显效并稳定后方可全部停药。当然，错误和无效的药物治疗应立即停止。
任何疾病发展到垂危阶段都是不可逆转的，在营养防治中，不要从药物依赖走出来又把营养素当作灵丹妙药，强求立竿见影，药到病除。比如，早期没有并发症的糖尿病，只要正确的营养调理很快就能康复，早期癌症也能逆转，一旦恶化为1级肿瘤并广泛转移，妄想逆转疾病，患者所需要的恐怕就不仅仅是营养了。
人的生命天生有抗御疾病的智慧和能力，就像你手上的伤痕不需要别人告诉你怎样愈合一样，营养防治慢性病也只是给身体提供营养、能源和再创造的材料，营造一个体内外的好环境。一切康复的结果，都是由人体的高智慧自己正确完成的。
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