2021年12月31日，国税总局发布《关于权益性投资经营所得个人所得税征收管理的公告》（财政部 税务总局公告2021年第41号，以下简称41号文，全文附后），要求对持有股权的合伙企业、个人独资企业，一律实行查账征收，不得核定征收。已持有股权的合伙企业、个人独资企业，应当在2022年1月30日前向税务机关报送持有权益性投资的情况，调整为查账征收！
41号文的出台，对个人独资企业、合伙企业的税收征管方式作出重大调整。截至目前，在一些税收洼地，个人独资企业、合伙企业通过核定征收的方式，获得大幅税收优惠。比如上海市某区的经济园区，通过审批的个人独资企业，合伙企业，可以享受核定征收税收优惠，即只需按收入定率缴纳个人所得税，无需成本费用等支出发票（报销发票）。比如，农林渔业，核定应税所得率为3-10%；制造业，核定应税所得率为5-15%；批发和零售贸易业，4-15%；交通运输业，7-15%；建筑业，8-20%；饮食业，8-25%；娱乐业，15-30%；其他行业，核定应税所得率为10-30%。
对于持有股权的合伙企业、个人独资企业，早在2012年就有类似不得核定征收的规定，但适用范围明显小于41号文所规定的范围。国家税务总局《关于企业所得税核定征收有关问题的公告》（国家税务总局公告2012年第27号）第一条规定，专门从事股权（股票）投资业务的企业，不得核定征收企业所得税。该规定明确不适用核定征收的企业为“专门从事投资业务的”，小于41号文所规定的“持有股权、股票、合伙企业财产份额等权益性投资的”范围。对于专门从事股权/股票投资业务的私募基金来说，自2012年起就很难通过核定征收审批。
2008年3月6日，《企业所得税核定征收办法（试行）》出台，根据该规定，纳税人具有下列情形之一的，核定征收企业所得税：
依照法律、行政法规的规定可以不设置账簿的；
依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账薄的；
擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；
虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以查账的；
发生纳税义务，未按照规定的期限办理纳税申报，经税务机关责令限期申报，逾期仍不申报的
申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
从设立初衷上看，核定征收原本是一种惩罚性措施，但在实务中，却逐渐成为了一种“税收优惠”，比如，核定征收企业发生大额股权转让或财产转让，无论产生多少所得，都是按照该行业的应税所得率进行征收；核定征收没有支出发票也不影响所得税的计算，只按收入定率征收或定额征收。从41号文的发布来看，我国逐步取消核定征收的趋势明显。
财政部 税务总局
关于权益性投资经营所得个人所得税
征收管理的公告
财政部 税务总局公告2021年第41号
为贯彻落实中央办公厅、国务院办公厅《关于进一步深化税收征管改革的意见》有关要求，深化“放管服”改革，现就权益性投资经营所得个人所得税征收管理有关问题公告如下：
一、持有股权、股票、合伙企业财产份额等权益性投资的个人独资企业、合伙企业（以下简称独资合伙企业），一律适用查账征收方式计征个人所得税。
二、独资合伙企业应自持有上述权益性投资之日起30日内，主动向税务机关报送持有权益性投资的情况；公告实施前独资合伙企业已持有权益性投资的，应当在2022年1月30日前向税务机关报送持有权益性投资的情况。税务机关接到核定征收独资合伙企业报送持有权益性投资情况的，调整其征收方式为查账征收。
三、各级财政、税务部门应做好服务辅导工作，积极引导独资合伙企业建立健全账簿、完善会计核算和财务管理制度、如实申报纳税。独资合伙企业未如实报送持有权益性投资情况的，依据税收征收管理法相关规定处理。
四、本公告自2022年1月1日起施行。
特此公告。
财政部 税务总局
2021年12月30日
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