科学发现是将事物认识的不确定性变为确定性的过程，从不确定的事物认识到确定的事物认识或从确定的事物认识到不确定事物认识的变化符合科学哲学的转换原理。以科学哲学的悖论原理为依据，可以把事物分为两种，一种是确定的事物存在和性质，一种是不确定的事物存在和性质。可以把人们对事物的认识分为两种，一种是对事物已知的认识，一种是对事物未知的认识。从对事物已知的认识到对事物未知的认识或从对事物未知的认识到对事物已知认识的变化符合科学哲学的转换原理。哲学家通常把未知的事物定义为自在事物，所有自在事物组成自在的世界，把已知的事物定义为自为事物，所有自为事物组成自为的世界。
事物的概念取决于事物的定义，事物的定义取决于事物的概念，概念和定义的相互决定符合逻辑哲学双向论的等效原理。可以把科学哲学定义为一门以科学方式解释哲学和以哲学方式解释科学的学科，根据不同学科之间概念和定义对应性的等效关系或等效性的对应关系，相应地可以把艺术哲学和美学定义为以艺术和美的方式解释哲学和以哲学方式解释艺术和美的学科；可以把经济哲学和文化哲学解释为以经济和文化方式解释哲学和以哲学方式解释经济和文化的学科。
科学哲学只是专门哲学的一个分支，一般说来，有多少门专门学科，就有多少门科学哲学，比如：教育学和心理学对应教育哲学和心理哲学，生物哲学和生命哲学、历史哲学和军事哲学、体育哲学和旅游哲学等都有各自对应的学科。哲学在人类知识进化史上曾经是“学科中的学科”或“科学中的科学”，但有科学技术是第一生产力的说法，没有科学哲学是“第一学科”的提法，科学从工业革命以来逐渐上升为“第一知识体系”，哲学的价值越来越多地体现在它的思维性和认识性，现代哲学是一门思维、认识和分析事物的科学，而科学哲学是一门以哲学的思维方式去认识和分析科学事物的学科。
科学哲学的不确定原理或认不准原理有三个来源或三个应用场景：一，暗物质的不确定性、测不准性和认不准性，既可以从暗物质的存在和性质去解释暗物质现象，也可以从非暗物质的存在和性质进行解释，从前者的解释中产生了真暗物质概念，从后者的解释中产生了假暗物质概念。绝大多数科学家已认可了真暗物质的存在和性质。二，暗能量的不确定性、测不准性和认不准性，既可以从暗能量的存在和性质去解释暗能量现象，也可以从非暗能量的存在和性质进行解释，从前者的解释中产生了真暗能量的概念，从后者的解释中产生了假暗能量的概念，绝大多数科学家认可了真暗能量的存在和特性。
三，反物质引力的不确定性或测不准性和认不准性，反物质的引力既可能表现为吸引力，也可能表现为排斥力，科学家对反物质引力属性的认识有难以调合的悖论性，根据粒子物理学的标准模型，他们预测了反物质引力的吸引力性质，但在一些科学家构想的反物质天体和反物质宇宙或“镜像宇宙”中，反物质粒子聚集成团块，似乎表现了反物质相互吸引的性质。反物质斥力的可能性小，反物质引力的可能性大，但唯有科学家的实验证据是回答反物质引力或斥力属性的关键。物理实验是检验科学真相的唯一标准，从不确定性原理的三个来源或三个应用场景中可以设想现代物理学三项“了不起的实验”，一是暗物质搜索实验，二是喑能量探索实验，三是反物质属性的实验。
可以将科学哲学的测不定或不确定原理分为主观型和客观型的两种，主观的或认识的测不定或不确定原理是暂时性有效的，客观的或本体的测不定或不确定原理是永久性有效的，比如：反物质引力的方向性、暗物质和暗能量真假性的测不定或不确定符合主观的或认识的不确定性原理，这是暂时性的测不定或认不准，不是永久性的科学谜题。电子在原子轨道的运动轨迹，地球和太阳或某个行星和恒星在宇宙运行的轨迹符合客观的或本体的不确定性原理，人们只能以某种参照物为标准相对精确地测定或确定电子、某个行星和恒星的瞬时位置，不能以绝对参照物为标准无限精确地测定或确定电子、某个行星和恒星的瞬时位置。
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