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一、对恐怖活动组织和恐怖活动人员认定的两种模式
依照我国《反恐怖主义法》，对恐怖分子和恐怖活动组织的认定采取的是国家认定和司法认定两种模式并行方式。
国家认定，是指国家反恐怖主义工作领导机构根据《反恐怖主义法》对恐怖活动组织和恐怖活动人员，认定恐怖活动组织和人员，由国家反恐怖主义工作领导机构的办事机构予以公告。这一认定程序中，认定主体是国家反恐怖主义工作领导机构，具体而言就是国家反恐怖主义领导小组。认定程序的启动可以由国家反恐怖主义工作领导机构依职权启动认定程序；也可以由国务院公安部门、国家安全部门、外交部门和省级反恐怖主义工作领导机构通过申请启动认定程序。同时公告主体是国家反恐怖主义领导机构的办事机构，具体而言是由国家反恐怖主义领导小组办公室予以公告。
司法认定，是指对恐怖活动案件有管辖权的中级以上人民法院在审判刑事案件过程中，依照《反恐怖主义法》对恐怖活动组织和恐怖活动人员的规定，依法认定恐怖活动组织和人员。对于在判决生效后需要由国家反恐怖主义工作领导机构的办事机构予以公告的，再报由国家反恐怖主义领导机构的办事机构予以公告。这一认定程序中，认定主体是对恐怖活动案件有管辖权的中级以上人民法院。
认定程序的启动是检察机关向具有管辖权的中级以上人民法院提起对暴恐案件的公诉。公告主体是国家反恐怖主义领导机构的办事机构。司法认定的工作流程中，根据两高两部《关于办理恐怖活动和极端主义犯罪案件适用法律若干问题的意见》的规定，对国家反恐怖主义工作领导机构的办事机构已经公告的恐怖活动组织和恐怖活动人员，人民法院可以在办案中根据公告直接认定。对没有公告的，人民法院应当严格依照《中华人民共和国反恐怖主义法》有关恐怖活动组织和恐怖活动人员的定义认定，必要时，可以商地市级以上公安机关出具意见作为参考。
在制定《反恐怖主义法》之前，在刑法理论界，有学者对恐怖活动组织和恐怖活动人员的认定模式意见是建议统一为国家认定（行政认定）。其主要理由是认为双轨制会造成国家资源的浪费，同时可能在基层司法机关出现认定恐怖活动组织的恣意，而且恐怖组织的认定工作也包括我国对国际组织、其他国家和地区认定的恐怖组织进行确认，涉及主权问题，由司法机关认定不妥等等。笔者认为，目前《反恐怖主义法》的双轨制认定模式是较符合我国反恐怖工作实际的。如果具体办理案件的司法机关无权认定是否是恐怖活动组织和恐怖活动人员，全部需要报请由中央国家机关予以认定，不但增加了大量的上报层级和程序性内容，而且可能并不利于及时打击暴恐犯罪。同时司法认定程序因为本身对被告人有上诉权、申诉权等程序保障，如果被告人认为认定结果错误，可以通过程序权利予以救济。
二、如何在司法认定中如何审查认定恐怖活动组织和恐怖活动人员
检察机关提起公诉工作，是启动司法认定恐怖活动组织和恐怖活动人员的重要程序。《反恐怖主义法》中规定的恐怖活动，全面涵盖了《刑法》第一百二十条至第一百二十条之六中规定的所有恐怖活动罪名（具体包括：组织、领导、参加恐怖组织罪，帮助恐怖活动罪，准备实施恐怖活动罪，宣扬恐怖主义、煽动实施恐怖活动罪，强制穿戴宣扬恐怖主义服饰、标志罪，非法持有宣扬恐怖主义物品罪），那么只要在该范围内运用相关恐怖活动罪名提起公诉的刑事案件，则均需要由检察机关审查是否存在恐怖活动组织或恐怖活动人员。除此之外，虽未触犯前述罪名，但受恐怖主义思想支配的故意杀人、爆炸、决水等罪名的恐怖主义性质犯罪，也需要对是否存在恐怖活动组织或恐怖活动人员进行认定。这是此类案件能否以涉及恐怖活动犯罪提起公诉的先决条件。
审查认定恐怖活动组织或者恐怖活动人员，必须以《反恐怖主义法》第3条的规定为准。《反恐怖主义法》第3条其实是通过概括什么是恐怖主义，并列举了五种恐怖主义性质的行为。明确了恐怖活动组织，是指三人以上为实施恐怖活动而组成的犯罪组织。恐怖活动人员，是指实施恐怖活动的人和恐怖活动组织的成员。在司法实践中，应当要按照前述认定恐怖主义的四个方面，以《反恐怖主义法》列举的五种恐怖主义性质的行为，结合案件证据材料，来认定案件中是否存在恐怖活动组织或者恐怖活动人员。需要说明的是，认定过程中，一定要注意行为的恐怖主义性质，比如在非法持有宣扬恐怖主义物品罪中，行为人手机中保存有暴恐音视频并不一定代表该行为就属于恐怖主义性质的行为，要注意结合其行为目的是否符合恐怖主义认定的四个方面来考量。
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