深耕领域，厚积薄发，华南农大夏瑞团队累计发表30余篇高水平论文

撰稿 | 不语

编排 | 鱼儿自己

校对 | Later

华南农业大学夏瑞课题组以园艺作物小RNA 为主要研究对象，以基因组学与生物信息学为主要研究手段，重点探讨园艺作物小RNA 合成途径及其在花果发育过程中的生物功能。在植物小分子RNA和生信数据分析工具开发等方面取得不错成绩。近5年发表高水平论文30余篇，代表性成果发表在Molecular Plant、Nature Communications、Plant Cell、 New Phytologist等期刊上。近5年重点研究成果介绍如下：

【1】2020年8月，Molecular Plant杂志发表了题为TBtools: An Integrative Toolkit Developed for Interactive Analyses of Big Biological Data的研究论文。

该论文介绍了一款生物信息学数据下游分析与利用软件-TBtools；旨在填补生物学研究和生物信息学软件开发之间被无意忽视的需求缺口：1、实验人员自主完成分析小任务的可能；2、功能调用的直观友好和操作的便利；3、开箱即用和多功能的集成；4、发表级图形的准备与可交互操作等。

论文发表至今，已得到广泛关注和大量引用，成为热点论文和高被引论文，已获得Molecular Plant期刊单日引用（1.5次）桂冠。

【2】2019年2月，Nature Communications杂志发表了题为24-nt reproductive phasiRNAs are broadly present in angiosperms的研究论文。

该研究通过大范围基因组数据和小RNA数据分析，发现原以为只在单子叶中存在的、特异地在生殖器官中表达的 24-nt phasiRNAs，在木本果树荔枝（双子叶）中首次被发现，且在双子植物中也是广泛存在的，而且产生机理和时空表达模式与单子叶中的类似。这一研究结果扩展了我们对于phasiRNA 的认识，进一步证实其广泛性和功能的重要性。这一通路中miR2275和24nt phasiRNA在荔枝花药发育及花性别分化过程中呈现不一样的表达模式。

【3】2017年6月，Plant Cell杂志发表了题为The emergence, evolution, and diversification of the miR390-TAS3-ARF pathway in land plants的研究论文。

该研究收集大量的植物基因组和转录组数据，主要利用比较基因组学和生物信息学分析，详细阐述了miR390-TAS3-ARF这一通路在陆生植物中的产生，进化和多样化过程。这一研究使我们进一步弄清楚了这一小分子RNA（miR390和tasiARF）参与的植物生长素信号转导调控途径的主要基本特性和具体作用机制。

【4】2020年1月，New Phytologist杂志发表了题为MicroRNA528, a hub regulator modulating ROS homeostasis via targeting of a diverse set of genes encoding copper‐containing proteins in monocots的研究论文。

该研究发现miR528在香蕉中靶向多酚氧化酶（PPO）基因，在香蕉低温胁迫过程中扮演非常重要的角色。低温条件下，香蕉中miR528表达下降，导致PPO基因表达成百倍增加，从而引起活性氧（ROS）水平的上升，最终导致香蕉果皮褐变性状的出现。同时，该研究通过大范围比较基因组分析，发现miR528在不同的单子叶植物中具有不一样的靶向偏好性，但是大部分靶基因都编码含铜相关蛋白，通过参与多样化的氧化还原反应广泛调控植物体内活性氧的代谢平衡。

【5】2018年3月，New Phytologist杂志发表了题为Coupling of microRNA-directed phased small interfering RNA generation from long noncoding genes with alternative splicing and alternative polyadenylation in small RNA-mediated gene silencing的研究论文。

该研究通过小RNA测序，降解组测序和转录组测序，结合生物信息学分析以及分子生物学实验，对荔枝miRNA和phasiRNA的调控通路进行了全基因组鉴定，发现在荔枝中miRNA可以耦合可变剪切/选择性多聚腺苷化诱发不同转录本区域内phasiRNA的产生，进而介导基因沉默的调控通路，这一种调控模式在荔枝花果发育过程中富集，并可能在植物中广泛存在。

【6】2021年3月，Horticulture Research杂志发表了题为sRNAanno—a database repository of uniformly annotated small RNAs in plants的研究论文。

该论文介绍夏瑞课题组致力于优化和完善植物miRNAs，phasiRNAs和hc-siRNAs的注释流程与信息整理，整合已有数据与资源，对>140个已完成基因组测序的植物进行深度小RNA注释，建立并公布植物小RNA注释数据库sRNAanno(www.plantsRNAs.org)及其使用方法等。