6月11日，市场监管总局发布关于22批次食品抽检不合格情况的通告，其中，北京同仁堂生产的1批次黄芪蜂蜜因菌落总数不符合食品安全国家标准规定“上榜”。
通告显示，北京同仁堂佛山连锁药店有限责任公司顺德分店销售的、标称北京同仁堂蜂产品（江山）有限公司生产的黄芪蜂蜜（800g/瓶、2019/10/14、图形商标（同仁堂）），其中菌落总数不符合食品安全国家标准规定，检验结果为1400CFU/g，标准值为≤1000CFU/g。北京同仁堂蜂产品（江山）有限公司对检验过程提出异议，广东省市场监管局核查后对其提出的异议不予认可。
菌落总数是指示性微生物指标，不是致病菌指标，反映食品在生产过程中的卫生状况。如果食品的菌落总数严重超标，将会破坏食品的营养成分，使食品失去食用价值；还会加速食品腐败变质，可能危害人体健康。蜂蜜菌落总数超标的原因，可能是企业未按要求严格控制生产加工过程中的卫生条件，也可能与产品包装密封不严或储运条件不当等有关。
事实上，北京同仁堂并非首次出现蜂蜜质量问题。2018年12月15日，江苏广电总台城市频道“南京零距离”栏目在新浪微博发布视频，曝光北京同仁堂蜂蜜的生产商将大量过期、临期的蜂蜜回收。企业宣称是“退给蜂农养蜜蜂”，但视频曝出，回收后的蜂蜜被倒入大桶，送入原料库。此外，同仁堂蜂蜜还存在更改生产日期的问题。
2018年12月16日上午，北京同仁堂蜂业有限公司在其官方微信公众号发布致歉声明，企业称自身存在监管不力和严重失察的责任，已通知盐城金蜂在调查期间暂停其受托加工生产活动。
2019年2月，江苏省盐城市滨海县市场监管局、北京市大兴区食药监局同日公布行政处罚结果，证实同仁堂蜂业存在用回收蜂蜜作为原料生产蜂蜜、标注虚假生产日期的行为，对其罚款超过1400万元，没收3300瓶蜂蜜等。
随后，北京同仁堂也发出致歉声明和整改措施。北京市纪委市监委对北京同仁堂集团原党委书记、董事长梅群等3名企业领导干部给予党纪政务处分，要求北京同仁堂集团纪委对相关11名企业干部给予相应党纪政务处分，按照企业管理制度进行职务调整、解除合同及经济处罚。
2019年2月19日，国家市场监管总局撤销北京同仁堂(集团)公司中国质量奖称号，收回证书和奖杯。
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