【律师总结】
一般情况下，发包人应当直接向合同的相对方承包人支付工程款，不宜直接向实际施工人支付工程款。尤其在承包人企业与实际施工人产生争执后，承包人会要求发包人向公司指定账户付款，此种情形下，发包人若有正当理由的，亦可以直接向实际施工人支付工程款，但容易与承包人就已支付款项的数额产生争议，引发诉讼。稳妥起见，发包人宜按照合同的约定方式支付价款。
本文选取了最高人民法院的案例，承包人两次发函给发包人，要求发包人向指定账户支付工程款，不得支付给实际施工人，但发包人仍代替实际施工人支付材料费、人工费等款项，承包人诉至法院要求发包人支付工程款，引发诉讼，但最终法院认定了发包人已支付款项的数额，驳回了承包人的诉求。
【裁判要旨】
在承包人给发包人发函要求付款至指定账户后，发包人代实际施工人支付的材料费、人工费、电费等，应认定为向承包人支付的工程款。
【最高人民法院判例】
（2021）最高法民申1621号四川某公司建设工程施工合同纠纷再审审查与民事监督民事裁定书
【简要案情】
一、实际施工人胡某借用四川某公司名义与湖北某公司签订建设工程施工合同，合同约定向四川某公司指定银行账户付款，但实际并未严格执行；
二、四川某公司向发包人湖北某公司两次发函，告知项目经理胡某私刻公章，现停止公章使用，要求发包人将一切工程价款支付到四川某公司指定银行账户，否则不予认可；
三、发包人湖北某公司在接收上述函件后，仍代实际施工人胡某支付了材料费、人工费、电费等；
四、承包人四川某公司起诉发包人湖北某公司，要求支付工程价款；湖北某公司以上述代支付款项抗辩已经全部支付；
【争议焦点】
发包人在接到承包人函告后，代实际施工人支付案涉工程的材料费、人工费、电费等费用，能否认定为发包人支付给承包人的工程款？
【最高人民法院裁判规则】
一、在承包人向发包人两次发函后，双方并未就工程款支付问题达成一致意见；
二、承包人认可胡某为案涉项目的负责人，且认可其在两次向发包人发送《工作联系函》后，未解除对胡某的委托。在此情况下，发包人代胡某支付案涉工程的材料、人工工资、水电费等，应认定为发包人向承包人支付的工程款。
【二审湖北高院观点】
一、为保证建设工程质量和施工安全，法律对建设工程承包人资质作了严格规定。承包人应当具备相应的施工资质，并在其资质范围内承揽工程。当前，建筑市场出借资质以规避法律的违法情形较为常见，应加以规制促使建筑市场恢复正常秩序。在借用资质的情况下，名义上的承包人是出借资质的单位，实际上的承包人是借用资质的单位或个人。出借资质方之名与借用资质方之实，共同构成承包人，在对外关系上出借资质方和借用资质方系一个利益共同体，应作为整体对发包人负责。出借资质方通常会以收取管理费等名义向借用资质方收取费用，出借资质方应当对他人借用资质签订合同造成的损失承担责任。目前建筑市场上借用资质的情况较多，此种情形是法律所禁止的、不予保护的，如果不让出借资质方承担应有的责任，出借资质的现象会更加泛滥，对规范建筑市场有弊无利。
二、承包人向实际施工人出借资质，说明承包人虽然系签订合同的施工方，但其并无与发包人签订施工合同的意思。就施工标的而言，承包人与发包人之间并无实质性的缔约行为。借用资质的实际施工人与发包人发包人才有签订施工合同的意思，只是意思表示违反法律、行政法规的效力性强制性规定，不能得到法律认可的后果，该事实合同不产生合同效力，但产生合同法上的效力。
三、双方当事人基于建设工程施工合同的订立和履行形成的法律关系产生债权请求权，实际施工人作为借用资质的实际施工人向发包人发包人直接主张工程款有法律依据。虽然承包人曾向发包人发函要求向公司付款，但该函对发包人不产生约束力。发包人已支付所有工程款，再要求发包人支付工程款有失公平。
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