建文四年（1402年）六月，朱棣率领燕军，攻到京师南京。此时，驻守南京的谷王朱橞与草包将军李景隆，不但不坚守城池，反而打开金川门投降朱棣，朱棣不费劲就进入了南京。
这时，建文帝朱允炆的皇宫中突然火起，一片火海，等大火被扑灭之后，只在灰烬中找到几具烧焦的尸体，已经分不清面目，而建文帝朱允炆则不知所终。
有人说朱允炆被大火烧死，有人说建文帝从地道逃走，出家为僧了。
朱棣进入南京，宣布即皇帝之位，然后，开始大肆屠杀建文帝的忠臣，效忠建文帝的忠臣，死得非常惨，被灭族，受牵连者，数以万计。
朱棣起兵，打的旗号就是“靖难”，也就是“清君侧”，清理皇帝身边的“奸臣”，否则，朱棣师出无名，这里面，主要是针对建议建文帝朱允炆“削藩”的齐泰和黄子澄。
朱棣将齐泰和黄子澄等人诛杀灭族，这里面，诛灭九族，因此，朱棣是非常残忍的。除此之外，还将他们的女眷世代充官妓。
燕王朱棣攻破南京，齐泰逃走，当时，朱棣下重金悬赏捉拿齐泰。齐泰骑上用墨涂黑的白马逃走，跑了一段路后，马累了出了汗，墨水消退，有人认出是齐泰的马，因此，齐泰被捉住送往南京。
黄子澄非常聪明，黄子澄参加殿试，考中进士第一名，当时明太祖朱元璋问他的年龄，他说是三十四岁，又问他是哪一年出生的，他一时太紧张了，回答不上来，于是，朱元璋把他从第一名改成第三名，状元变成了探花。
除了齐泰和黄子澄，方孝孺也非常惨，方孝孺被朱棣灭了十族，当时，朱棣要方孝孺起草即位诏书，方孝孺宁死不写，大骂朱棣篡位，朱棣大怒，下令族灭方孝孺九族，方孝孺说，你就是灭我十族，我也不写，朱棣说，那就灭你十族，因此，将方孝孺的门生列为第十族。
方孝孺及其宗族亲友、门生被杀者多达八百七十三人，其门生卢原质、郑公智、林嘉猷皆因此而死。
除此了齐泰和黄子澄、方孝孺三人之外，还有练子宁之死，弃市者一百五十一人，家族被抄没戍远方者又
数百人；陈迪之死，远戍者一百八十余人、司中之诛，姻族从死者八十余人；胡闰之死，全家抄提者二百七十人；董镛之死，姻族死戍者二百三十人。
其中，陈迪和练子宁之死最惨烈。
朱棣称帝，陈迪不愿屈从朱棣，朱棣下令，将陈迪与其两个儿子丹山、风山一起五马分尸。朱棣下令将陈迪身上的肉割下，塞进他的嘴里，问他味道怎么样？陈迪回答，忠臣孝子的肉很鲜美，别人能闻到香味，你难道闻不到吗？”
练子宁被杀前，大骂朱棣篡位，大逆不道。朱棣恼羞成怒，下令将练子宁的舌头割掉。朱棣说，我欲效周公辅成王。练子宁不能说话，随即用手蘸着口中的血，在
殿
砖上写道，成王安在？朱棣大怒，下令磔尸，练子宁的家乡四百八十户人家受到牵连，无一幸免，只有练子宁的幼孙练珍被一个侍婢偷偷救出，藏在民间，练家子孙差一点被朱棣杀光。
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