两耳不闻窗外事,一心只想发 CNS
天下风云出我辈,一心只想发 CNS
如何才能发一篇 CNS?整个实验室的人都愁得快秃头了。
像我们做基因研究,想要做好实验发文章,首先要选好研究策略,掌握了研究策略再进行细胞水平或动物水平验证。
听起来很简单,但实验后发现并不是那么回事。即便按流程仔细做,实验数据也跟闹着玩似的,一次一个样,那什么时候才能发 CNS,说起来都是泪。
不过,现在问题好像迎来了转机。
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赛业生物基于人工智能的 AlphaKnockout 基因编辑专家系统和 CRISPR/Cas9 技术,全新升级了细胞基因编辑系统 Smart-CRISPR™,该技术比普通 CRISPR/Cas9 技术的基因切割效率更高,可轻松实现细胞移码突变、片段敲除、多基因敲除等多种敲除策略,更好地解决蛋白阳性残留等问题。
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我们知道,基因功能研究中常用两种基础策略,功能减弱或缺失,功能增强或获得。
实现基因功能减弱,可以采用 RNA 干扰(RNAi)技术下调目的基因表达。在 RNAi 使用中,siRNA 或 shRNA 的设计是关键。
长度约为 21 bp 的 siRNA 与蛋白形成 RISC 复合物,结合目的基因的 mRNA,从而使其降解,达到降低基因表达水平的目的(注意 RNAi 是作用于 mRNA 水平)。
但需要引起注意的是,如果目的基因在细胞中本体表达就较低的情况下(一般 ∆CT>16),就不适合用 RNAi 了。
随着 CRISPR/Cas9 技术的成熟,越来越多的科研人员采用基因敲除的方式实现基因彻底缺失的目的。
与 RNAi 不同的是,基因敲除理论上可作用于基因组上所有的基因片段,并使目的基因的蛋白完全不表达,从而更有利于观察细胞表型的变化,简单来说,就是更容易做出实验结果。
CRISPR/Cas9 基因敲除和 RNAi 干扰表达,哪种调控方式更好?
没有更好,只有最适合!
两种方法没有绝对的好坏,通常 RNAi 技术由于操作简便,使用广泛,但CRISPR/Cas9 可使基因功能丧失更彻底,因此近些年受到广泛追捧。
某些情况下不适合用 RNAi,例如需要改变无法转录的 DNA 区域,只能用基因敲除。
某些特殊情况,敲除该基因会导致细胞生长缓慢,停滞甚至死亡,这样获得基因敲除细胞株比较困难,因此就需要选择通过 RNA 干扰的手段实现功能减弱。
干扰和敲除可实现基因功能缺失或减弱,那么实现基因功能增强或获得则需使用过表达和基因敲入了。
过表达和基因敲入,如何选择?
上调表达使得功能增强通常采用的方法是将目的基因的编码区(CDS)构建到载体中,导入细胞内使目的基因的表达量显著增加。
但基因在细胞内本体表达已经很高时,此时再进行过表达的调控,细胞的表型很可能不会发生变化,此外,外源高表达对细胞也是个刺激压力,会产生假阳性和假阴性的结果。
而对于功能获得,则常采用基因敲入的方法,例如引入标记基因序列,便于目的基因的示踪和定位,或引入调控表达元件如增强子,调控目的基因的表达;但由于受到同源重组效率和插入基因片段大小的影响,目前细胞基因敲入存在较高的技术难度,普通实验室难以开展。
做细胞功能验证,实验虐我千百遍,问题太多该找谁?今天,我们要喂你送上一颗定心丸,从此打怪升级,发 CNS 不在话下。
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图文来源:赛业生物
题图来源:图虫创意
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