顺治十八年（1661），康熙帝即位不久，奉南明为正朔的郑成功率军横渡台湾海峡，次年击败荷兰侵略者，收复台湾。五个月后郑成功病逝，内部发生权力斗争。清廷乘机派使者企图说服郑成功之子郑经归降。郑经为了减轻压力，交出南明皇帝赐给的敕书、印玺。清廷要求台湾人迁回内地、剃发易服，但郑经拒绝。
康熙二年（1663）清朝出兵攻打郑氏在大陆的最后一个据点厦门，并乘胜出征台湾，在海上突遇台风，船只沉没，无功而返。
康熙六年（1667）清廷派总兵孔元章赴台湾招抚，答应郑经如归顺，可封“八闽王”，但郑经拒绝招抚。
康熙八年（1669）康熙帝逮捕权臣鳌拜正式亲政后，又派刑部尚书明珠南下福建，主持对台和谈，令兴化府知府慕天颜赴台，宣示招抚之意。清廷作出重大让步，允许郑氏封藩，世守台湾。郑经则提出：“苟能照朝鲜事例，不削发，称臣纳贡，尊事大之意，则可矣。”康熙帝答复：“若郑经留恋台湾，不思抛弃，亦可任从其便。至于比朝鲜不剃发，愿进贡投诚之说，不便允从。朝鲜系从未所有之外国，郑经乃中国之人。”康熙帝反对台湾成为独立于中国之外的国家，故谈判破裂。
康熙十二年（1673），清朝发生三藩之乱后，郑经乘机进攻福建、广东。转战数年，孤军难支，康熙十九年（1680）退回台湾。清廷再次争取和谈，福建总督姚启圣派副将黄朝用赴台。郑经要求“请照琉球、高丽外国之例，称臣奉贡，奉朝廷正朔，受朝廷封爵”，而康熙帝不同意台湾比照琉球、高丽之例，认为“台湾人皆闽人，不得与琉球、高丽比”，和谈又无结果。
持续十多年的和平谈判并未能改变海峡两岸的对峙局面。康熙帝最终认识到，以纯粹的和平方式解决台湾问题的可能性是不存在的，要实现统一，必须诉诸武力。
康熙二十年（1681），两岸情势发生逆转，出现了有利于清朝而不利于台湾郑氏的变化。这一年，清朝彻底平定三藩之乱，而台湾因郑经病逝再次引发史称东宁之变的权力斗争，其子郑克塽继位，民心逐渐涣散，实力大不如前。次年，清廷讨论如何解决台湾问题，很多人反对武力攻台。而康熙帝认为时机已到，便作出武力统一台湾的决策，并起用郑氏降将施琅担任福建水师提督，准备攻台。
康熙二十二年（1683）施琅率兵二万余人，乘战船二百余艘出征。在历时七昼夜的澎湖海战中，郑军大败，浮尸遍海。澎湖失守，台湾失去最后一道屏障。郑氏极为恐慌，有人主张投降，有人主张死守，有人主张撤往吕宋（今菲律宾吕宋岛）。
施琅没有趁势发兵攻台，而是进行政治争取工作，优礼相待被俘台湾兵将，并赏给银米。伤残者医治之后释放回台，令他们宣示招抚之意。一时间，台湾民众“莫不解体归心，唯恐王师之不早来”。与此同时，施琅上疏清廷，建议招抚郑氏，康熙帝传旨同意。郑克塽无力抵抗，决定投降，施琅率军登录台湾，台湾遂告统一。
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