《自然保护区条例》将自然保护区划分为核心区、缓冲区和实验区三部分。核心区是自然保护区着重保护的区域，除经批准进入从事科学研究活动外，禁止任何单位和个人进入。核心区外围是缓冲区，只准进入从事科学研究观测活动。缓冲区外围划为实验区，可以进入从事科研、教学、旅游等活动。由此可知，自然保护区是企业建设、经营的敏感词，在现有法律体系下，二者几乎是水火不容的存在。
总体上都会回避在先的行政审批情况，而是针对现阶段的法律规定作出各类关停、退出决定。在此情况下，企业除了对关停、退出决定提出异议外，更应把重点放在在先的行政审批上。
政府部门的审批效力
政府部门对企业建设经营作出的审批属于行政许可。根据《行政许可法》的规定，行政许可自批准之日起生效，依法取得的行政许可受法律保护，政府部门不得擅自改变已经生效的行政许可。
对于自然保护区建立前就获批建设经营的企业，因自然保护区建立而不能继续经营的，符合《行政许可法》关于“准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化的，为了公共利益的需要，行政机关可以依法变更或者撤回已经生效的行政许可”的规定，政府部门有撤回许可的法律依据。
对于自然保护区建立后获批建设经营的企业，囿于保护区内不能开发建设的原因，根据《行政许可法》的规定，极可能被认定为不符合法定条件而被撤销行政许可。
由此可知，在公共利益面前，企业的个体利益不得不让位，自然保护区一经划定，企业关停基本上是可以确定的结果
企业关停不等于无偿关停
依据行政法的信赖利益保护原则，企业的信赖利益受到保护。信赖利益保护原则是指当个人对政府部门作出的行政行为已产生信赖利益，并且这种信赖利益因其具有正当性而得到保护时，政府部门不得撤销这种信赖利益，如果撤销就必须补偿其信赖利益损失。信赖利益保护原则最基本的基本含义就是政府实施行政行为也必须诚实信用。
《行政许可法》规定，因撤回已经生效的行政许可给企业造成财产损失的，政府部门应当依法给予补偿；因撤销行政许可，企业的合法权益受到损害的，政府部门应当依法给予赔偿。《关于进一步加强涉及自然保护区开发建设活动监督管理的通知》规定，对自然保护区设立之前已存在的合法探矿权、采矿权和取水权，以及自然保护区设立之后各项手续完备且已征得保护区主管部门同意设立的探矿权、采矿权和取水权，要分类提出差别化的补偿和退出方案，在保障探矿权、采矿权和取水权人合法权益的前提下，依法退出自然保护区核心区和缓冲区。《中共中央、国务院关于完善产权保护制度依法保护产权的意见》同时明确表示，因国家利益、公共利益或者其他法定事由需要改变政府承诺和合同约定的，要严格依照法定权限和程序进行，并对企业和投资人因此受到的财产损失依法予以补偿。这都为企业主张补偿提供了法律、政策依据及参考。拆迁诉讼当然找北京楹庭！
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