大量研究表明肠道菌群失调与人类疾病的发病机制有关。然而，观察微生物丰度的变化并不能完全揭示人体微生态的动态变化。人类微生物群是一个复杂的细菌群落，群落内的细菌可以以共生、拮抗和竞争等多种方式相互作用。细菌间的相互联系在维持生态平衡中起着重要作用。研究不同健康状况下微生物群之间的关系变化 （relationship alteration，RA） 为人类疾病的发病机制提供了额外的线索，但目前还没有有效方法来直接检测和量化不同条件下的RA。
2021年2月11日，南京医科大学刘星吟教授课题组在Genomics, Proteomics & Bioinformatics杂志上在线发表了文章PM2RA: A Framework for Detecting and Quantifying Relationship Alterations in Microbial Community，提出了一个鉴定和量化微生物关系变化的分析框架（PM2RA）。
该团队借鉴工业领域监测变量之间关系一致性的方法，研究人员开发了一个新的分析框架，称为profile monitoring for microbial relationship alteration (PM2RA) ，以检测和量化各种条件下微生物群落中的关系变化。PM2RA无需构建共生网络，可直接比较不同条件下微生物关联的变化。通过对模拟和真实数据集的测试，研究人员证明了PM2RA具有很高的敏感性和特异性，并且能够识别多种疾病中的既往微生物和新微生物。此外，PM2RA在识别来自不同队列和不同测序策略的数据集中的核心微生物方面具有很强的鲁棒性。
为了方便临床医生以及没有生信基础的科研人员使用该软件进行两种状态下微生物群落关系的变化分析，PM2RA提供在线分析工具及单机版软件http://www.pm2ra-xingyinliulab.cn/。
南京医科大学基础医学院刘星吟教授为文章的通讯作者，刘星吟课题组的米凯博士研究生和柳枝博士后是该文章的共同第一作者。
PM2RA分析流程
原文链接：
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1672022921000097
制版人：琪酱
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