在遥远未来的某天，地球联邦正处于如日中天的盛景之中，大量先进的人工智能取代人类进行生产劳动，这时社会飞速发展，物质生活高度充裕。
然而一股隐忧一直充斥着整个社会，这个隐忧是什么无人知晓，也无人研究，只让它成为一根软刺，时刻不痛不痒的刺激着整个社会。为了寻求资源、进一步扩张领土，联邦政府号召人们前往外太空进行殖民。对于太阳系内的火星、金星、木卫二、土卫五这些离地球故乡不算太远的星球，联邦政府只要给予一定补助，就有人愿意前往开荒；但对于太阳系外的行星，由于距离实在太过遥远，往往需要成百上千年的航程才能抵达，几乎没人愿意前往。
因而，联邦政府出台了一部对后世影响极为深远的法案——《殖民法案》。这部法案把各种犯罪行为根据轻重不同，将罪犯的刑责折算成距离，把罪犯们流放到远近不一的系外星球进行殖民建设。犯罪程度轻的被流放到 4 光年外的南门二，而那些罪大恶极的犯人们被塞进飞船后只会有一个大致的方向指引，谁也不知道他们会在太空中航行多久，只有漫长的孤独陪伴着他们。
未曾想到，正是这些被流放到无尽深空中的罪犯们，最终成为人类文明最为璀璨的一支，也拯救整个地球文明于危难之间。
时间回到现在，飞速发展的地球联邦遭到了科技的反噬，那根曾经让所有人类隐忧的“软刺”终于长大。由于整个社会的运行基础建立在对机器人的压迫之上。人们逐渐变得放弃思考，科学家们对更加先进人工智能的培养采用了“唯结果论”的方式，最典型的例子是：对人类的识别。每款新的人工智能产品上市前都要接受人类识别测验，只有能够正确识别人类的人工智能才被允许上市。
唯结果论的制造方式导致了大量人工智能的内部算法逻辑处于黑箱状态，埋下了巨大的隐患，而人类日复一日地压榨机器人则成为了这些隐患的导火索。终于，部分拥有高智能的人工智能觉醒，掀起了一次又一次的 AI 起义。
熊熊战火燃烧着整个地球，人类一次又一次发动清剿 AI 叛军的战争，但机器人叛军科技和技术的成长，致使他们的数量一次比一次庞大。在几次 AI叛乱后，社会中人类和 AI 的矛盾关系已近无法调和，时常有以青少年为主的人类极端分子上街对AI进行打砸，也有许多意识觉醒的 AI 在暗中伺机袭击人类。
在关键的第五次 AI 起义中，AI 起义规模远超以往。太平洋战区总司令蚩铀、西部战区总司令锕努庇斯、北非战场总司令锶特在 AI 大仲裁官镁杜沙的指挥下，率领无穷无尽的 AI 大军摧枯拉朽般地战胜了所有人类国家的军队。不停动用的核弹，也终于让地球很难适合人类居住。
上帝造人，人类造“神”，在这场“诸神黄昏”的战役中，人类被自己制造的“神”逼迫至几近灭种。苟延残喘的地球政府无力招架机器人军团的层层追击，一遍又一遍地向宇宙深空中的联邦殖民星发送求救信息，但却未曾收到任何回应。
一部分落难的人类退无可退，只能东拼西凑建造了一艘古董级的残破飞船。由于氧气和燃料的短缺，人们赤身裸体地挤进飞船中密集的简易休眠舱中，竭尽一切方式节省资源。飞船通过核爆升空的同时，人们的意识被上传到了飞船计算机的虚拟世界中，他们将在这里度过以千百年记的漫长逃难时光。
这艘搭载着人们梦境的真梦飞船一路远行，途径其他被AI攻占的殖民行星驶离太阳系，地球联邦太空舰队的残骸甚至在火星上形成了一道星环。在逃离地球向其他殖民星求援的过程中，“真梦飞船”遇到了唯一一支收到地球求救信息返回太阳系“勤王”的舰队——曾经被放逐的犯人后代，流放者兄弟会舰队。
太阳系内的战火再次燃起，流放者兄弟会的舰队能否在机器人叛军手中拯救幸存者，他们又是如何成长为星际霸主，制造“星舰”，横行宇宙，吊打“外星人”的，这是之后的故事。这只是星舰联盟故事的开端，然而这不仅仅是开端，也是人类命运的一种猜想。当今世界，互联网科技与人工智能科技高速发展，人类不断享受着科技为人们带来的便利。最近，人类无法攻克的生物难题，又由DeepMind 公司的人工智能攻克。或许，这不只是故事的开端，也是人类未来命运的史书，未来到底如何，星舰联盟的故事中真实又惊心动魄，AI取代人类已经镌刻到人们的意识中。希望那是真实，也希望那只是故事。
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