伊斯兰教是现在新疆影响最大的宗教，其实很多人不知道，新疆有文字记载的历史有两千年，佛教就占了一千年。
佛教诞生于与印度，公元前三世纪，印度孔雀王朝的阿育王派人四处传经。佛教此时传入克什米尔一带，但何时翻越葱岭，进入新疆却无法考证了。
佛教最先进入和田，即于阗国。在于阗国王的支持下，佛教逐渐在新疆各地开枝散叶。公元四到五世纪，佛教进入全盛时期，形成了于阗和龟兹两个佛教中心。
法显和玄奘两位大师都对西域佛教的盛况有过详细描述：
“其国丰乐，人民殷盛。尽皆奉法，以法乐相娱。众僧乃数万人，多大乘学，皆有众食。”
十世纪时，伊斯兰教经喀什噶尔传入新疆。中亚的穆斯林国家和西域的佛教国家大战了几十年，最终形成东西对峙的局面。
十三世纪蒙古帝国崛起后，统治者对宗教的态度极为宽容，听任各家自由发展，这也为伊斯兰教的传播创造了有利条件。
同时蒙古大军进攻西辽时，对新疆的自然环境破坏非常严重，许多地方都改作牧场。成吉思汗死后，子孙互相征伐几十年，原本繁华富裕的西域变成一团废墟。
战争让百姓流离失所，他们把希望寄托于佛教，但佛教并不能解决现实的苦难，很多人因此对自己的信仰产生动摇。
任何一个国家和民族，他们的宗教信仰都是由当时的社会经济基和政治等多方面因素共同决定的，但显然统治者的意见占有更大分量。
佛教传到西域时，宣扬的某些观念暗合统治者意愿，于是在于阗国王等的支持下飞速发展，但也带来一个问题，那就是各地出现了大量寺庙和僧侣阶层。
统治者的赏赐和信徒的供奉使得寺庙享有大量田产，进而发展出独特的寺庙经济。僧侣不事生产，但过着优渥的生活。他们的数量一旦超过了生产力所能承受的极限，僧侣和寺庙就变为社会的负担。
僧侣阶层占据大量社会财富，使得国家没有强大的军事力量和经济基础，又加之“安史之乱”后，中央政府无暇西顾，西域的各个佛教国家衰落是不可避免的。
相比于佛教，伊斯兰教更能够团结底层劳动人民。伊斯兰教教义简单，且灵活务实。只要精神上信仰坚定，教义在某些情况下可以变通，比如病重和旅途中可以不封斋，无水净身时可用土替代。
不过对于劳动人民最有吸引力的还是《古兰经》宣扬的穆斯林皆兄弟可以瓜分战利品，穷人可以分享富人财富，允许奴隶赎身，反对高利贷等等，这对饱受压迫的中下层百姓的吸引力不言而喻。
所以自十四世纪起，蒙古各汗国旷日持久的战争让伊斯兰教的传播进入快车道。金帐汗国、伊儿汗国和察哈台汗国等相继皈依伊斯兰教。到了十六世纪末，伊斯兰教已经遍及天山南北，占据统治地位。
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