商铺补偿依据主要规定在《国有土地上房屋征收与补偿条例》第十七条：作出房屋征收决定的市、县级人民政府对被征收人给予的补偿包括：
（一）被征收房屋价值的补偿；
（二）因征收房屋造成的搬迁、临时安置的补偿；
（三）因征收房屋造成的停产停业损失的补偿。
其中，被征收房屋价值是以拆迁公告下发时的市场价为标准。所谓“市场价”就是指当时当地的房市价，最简单的方法可参考拆迁房屋周遭的同类房屋的价格。
而对因征收房屋造成停产停业损失的补偿，主要根据房屋被征收前的效益、停产停业期限等因素确定。因各地区的经济水平、市场环境等有所不同，具体办法由各省、自治区、直辖市具体制定。
另外，值得注意的是：除去以上基本的补偿依据规则，在商铺拆迁的时候应当遵循决策民主、程序正当、结果公开的原则。其中包括了必须先补偿，再搬迁的程序要求。
一是搬迁前期费用和搬迁过程中发生的停工费用、机器设备调试修复费用以及物资的拆卸、包装和运输、解聘员工补偿费等费用。
二是基于拆迁政策发生的奖励费用，包括速迁费、拆迁奖励费等。需要看到拆迁协议，才能确定拆迁是否合法，以及能索要哪些赔偿。
三是拆除非住房住宅房屋造成停产停业的，也将得到补偿：拆迁房屋造成停产、停业的，在规定的过渡期限内，按照所涉及的在册工人数或者工商营业执照登记的实际从业人数给予一次性最低工资补偿。
其中过渡期18个月以内的，补偿6个月;过渡期18个月以上24个月以下的，补偿10个月;由于拆迁人的责任延长过渡期限的，从逾期1个月起每逾期1个月，补偿1个月。 拆迁房屋造成停租的，按房管部门核发的《房屋租赁证》所载明的租金标准的50%补偿，直至回迁。
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