在人类演化历史上，并不是只出现过智人这一个品种，曾经还出现过非常多的人种，比如：丹尼索瓦人，尼安德特人等，甚至有一些人种存在的时间和晚期智人有所重合，而且生存空间也有一定的重叠。
这就意味着，在远古时期我们的祖先很可能碰到过其他人种，其中就包括尼安德特人，那么有没有一种可能：我们的远古祖先曾经和这些人种发生过基因交流呢？
事实上，还真的存在。
我们知道，人类是通过有性生殖产生后代，而有性生殖的过程中，雄性和雌性会各提供一半的染色体，也就是精子和卵子各携带体细胞一半的染色体。
如果尼安德特人和晚期智人发生了生殖交流，那么它们的个体中，将会有50%的染色体来源于尼安德特人，50%的染色体来自于晚期智人。
如果该个体继续与智人交流，那么它的后代所携带的尼人基因将会被稀释，比例不断降低。科学家们通过研究我们现在的现代人发现（注：现代人包括20万年前的人，现在的现代人指的是当前生活的人），除了非洲人之外，其他地区的人都有1%-4%的尼安德特人的基因，科学家们甚至还从一具骸骨中发现了含有10%左右的尼安德特人基因。
这具骸骨是我国古人类研究所的付巧妹带领团队研究出的，她和她的团队通过对一个罗马尼亚出土的古人类下颌骨化石的基因测序发现该个体携带4.8%——11.3%的尼安德特人基因。
付巧妹介绍说，拥有如此高比例的尼安德特人的基因，说明该个体的四世或者六世的祖先，曾经与尼安德特人发生过生殖交流。
而且，该个体是在罗马尼亚的一个洞穴暗河中被发现的，而此地距离中东较远，而中东地区是人类走出非洲地区刚到达的地方。
这个骨骼的发现也说明，人类走出非洲很久之后，依然与尼安德特人发生过混血，而且人类与尼安德特人的生殖交流并不是只发生过这一次，也不是只在同一个地方发生。从目前的资料来看，现代人祖先和尼安德特人很可能在同一个地方生存了5000年左右，在此期间它们经常发生生殖交流。
在生物学上，物种只有在形成生殖隔离之后才会被区分为新物种，如果同一个物种没有出现生殖隔离，那么无论它们的样貌有多大变化，无论它们外形看起来有多大差异，从生物学来看，它们都是同一个物种，比如：黄种人、白种人以及黑种人都是智人；柯基、金毛以及中华田园犬都是狗。
然而尼安德特人和晚期智人并不是同一个品种，为什么尼安德特人依旧能够和智人发生基因交流呢？
其实是因为生殖隔离并不是非黑即白的，而是还存在着过渡阶段，在这个阶段里，虽然尼安德特人仍旧能够和晚期智人孕育后代，但是后代的成活率以及受孕成功率，可能比纯种智人要低。
再者，将尼安德特人和智人划分为两个物种其实并不是基于它们的基因差距，而是体型差距。这是因为化石中的基因会被自然降解，我们不能提取它们完整的基因链条，只能查看到部分基因碎片。而基于这些基因碎片，我们无法得到它们的品种是否和我们一致。
我们知道，根据现有科学研究表明，尼安德特人与晚期智人在大约50万年前分家，之后尼安德特人走出非洲，而智人继续留在非洲东部演化。
由于在相当长的一段时间里它们没有进行过基因交流，以至于这两个种群在演化过程中，各自为了适应保留了一些有利基因，而对生活既没有什么好处，又没什么坏处的中性基因则随机被保存了下来，以至于当7.5万年前智人走出非洲，遇到尼安德特人时，两者之间很可能还没有产生生殖隔离，或者说还未产生完全的生殖隔离。
其实，我们的祖先并不是只和尼安德特人发生过生殖关系，还曾经和丹尼索瓦人等人种发生过生殖交流。甚至可能在我们不知道的地方，我们的祖先和其他人种发生过基因交流。
虽然现如今我们已经回不到那个时候，但通过现如今我们身上的基因，我们能够推断出曾经发生过的历史。
生殖隔离的产生，一般是两个种群积累了足够多的基因突变，导致生物无法继续交配，或者是配子无法存活等情况。人类之所以仍旧能够和尼安德特人发生基因交流，是因为虽然智人和尼安德特人存在着生殖隔离，但生殖隔离并不是非黑即白，而是还存在着藕断丝连的时期，智人就是在这一时期和尼安德特人发生了基因交流。
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