商调函和调令的区别，就在一个商字，商调一般只是考察期间调阅档案等材料的一个手段，而调令才是真正办理调动的手续。
1.调动手续由组织部门或人社部门开具
在机关事业单位工作的人员，只要调动就会用到商调函和调令。商调函和调令是调动必经的程序，由有调入单位有管理权限的部门开具，一般为组织部和人社局。对于县级单位来说，全县各单位、各乡镇调动，都必须由县委组织部或县人社局开具调动手续。副科级以上干部、党政机关公务员、党委工作部门下属事业单位人员都由县委组织部开具调动手续，一般干部和政府部门下属事业单位人员由县人社局开具调动手续。
2.商调函只是调阅档案等材料的手续，并不是真正的调动，但能开具商调函的，不出大意外的话，肯定是可以调动的。
商调函顾名思义，有一个“商”字，也就是商量调动的意思，拟调入单位对调入人员需要进行政审或考察，考察的时候最基本的就是对档案的审查，而有关人员的档案都是由调出单位有关组织人事部门管理的，本人是拿不出来的，所以就需要调入单位开商调函，如果调出单位同意该同志调出，就需要把档案拿给调出单位审核。如果调入单位在审核档案无问题后，才能进入下一步真正的调动程序。
3.调令现在叫调动通知单，是商调审查档案无问题后开具的正式调动手续。
之前的调动手续都叫调令，现在都统一叫调动通知单，也就是前期所有的考试、审查、考察等程序走完，并且上会研究或领导同意后，才进行的正式调动手续。调动通知单的开具，象征着该同志真正的由调出单位调入新单位。调动通知，也是由调出单位有关组织人事部门开具，通知被调动人员报到时间、报到地点等。调动人员可以凭借调动通知，办理人事、工资、保险、公积金、党员关系等一系列手续。调动通知限定的报到时间也就是该同志真正调入新单位的时间。
总之，商调函仅仅是为了审查档案使用，调令才是真正的调动。
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