戴笠坠机而亡后，国民党统治者为了更好的控制军统，因此对军统的权利进行了严苛的约束，并对保密局体系进行了谨慎的安排。
首先是军统的编进行制缩小
一九四六年十月一日后保密局人数已不足戴笠在位时的四分之一，内部的办事处保留下来的就只有十个部门，其余的都被整改撤销了。对于外勤部门，国民党将各级人员进行了各种人事调度，以至于保密局从此江河日下再也没有了以前的势力。
其次采取分别治理的方法
把某些单位逐步划分出来，使得保密局无法掌控。先是以战争胜利为由将那些在战争时所成立的组织关停，命令工作人员全部停止一切工作。例如战争时建立的经济检查队、水陆交通检查出等等这些组织全部撤销掉。后又将特工与警察、参谋系统进行分化。军统掌控的两个较大规模的组织警察厅和军令部控制的谍报系统，老蒋决心将这两大组织从保密局的掌控中分离出来，将其归于内政部的警察总署并有蒋介石亲信唐纵掌管。
军令部二厅方面一开始是由任职保密局局长的郑介民负责二厅厅长的职务。最后厅长职务交给原副厅长、一个和军统没有什么干系的候腾任职。原厅长郑介民则升迁为国防部次长，至此保密局势力就和以前完全没有可比性了。蒋介石在得知军统负责人坠机而亡的消息后，就立即宣布郑介民代理局长的任命。经过一系列操纵最终由毛人凤接任局长之职，这一切都是为了蒋介石能更好的控制军统。
就在蒋介石对军统进行各种整合改编的时候，其内部也在不断地进行着内斗。军统保密局分为三大派别分别是毛人凤掌控的浙江派、郑介民掌控的广东派、唐纵掌控的湖南派。这三大派系的争斗加大了军统实力的消耗，从此军统就彻底不行了。最终毛人凤斗败其他两派，保密局由毛人凤一人独大。
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