其实两个大学差不多
中科大与南大总体差不多，真要分一个高低，中科大稍强。
一:中科大强在有少年班，二:中科大强在有两座国家实验室，筹第三座国家实验室，三:中科大强在，每年的高考录取分数线略高于南大，四:中科大强在学风严谨，中国人称之为高四，五:中科大强在招生公平，对所处属地基本没有照顾，被称之为最公平，最良心大学。
这两所学校都很好，各有优势
虽然招生分数近年中科大比南大高，但客观上来说两所学校差不多，没有哪所学校碾压另一所之说。
如果你将来想出国，那么选中科大。科大在出国申请和国外校友资源的优势更大。
保研率上看，中科大高于南大。如果本科之后你考虑去清北中科院深造的话保研率是个很重要的指标。
城市位置方面，南京比合肥更开放、发达一些，实习就业机会也多一些。
如果你学金融想出来直接就业，那么选南大。
计算机的话，南大的计科有计算机软件新技术国家重点实验室，比中科大略好一些。
个人认为中国科大是中国最好的大学之一
中国科大每年的基础科研论文和原创科研论文在国际上，无论是数量质量中国科大发表的原文在引用上也是所高校中最多的。再看拥有三个国家实室大学。还拥有七个国家级大科学装置。在前沿学科量子通信技术为国家做出了积极贡献。我们讲科学技术国家强大，关键是人才，人才从哪里来？这就是大学，中国科大就是为国家培养需要的科学技术人才。我个人认为中国科大是中国最好的大学之一，也可以说是今天乃至未来科学家的制高点和聚集地。中国科大注重科学研究专业领域少而精，在校学生基本功扎实。中国科大也是唯一一所非综合类高校。相信中国科大在中国高校中在今后人才辈出再创佳绩。
小编总结
对于这种诸如“谁比谁如何”的问题我一向是比较反感的，因为很多比较的主体往往风马牛不相及令人哭笑不得，据说还出现过“你认为清华和石河子大学谁更强”这样的“天问”，而如果比较的两方面比较接近，又可能引发更大的口水战，有害无益。
不过既来之则安之，不妨简单啰嗦几句。个人以为，科大和南大，一个是理工强校，一个是综合巨擘，相互之间互补多于竞争（加之地理位置接近，还有男女生比例的缘故，呵呵，所以历来此二校关系不错），而同属华五一脉，强弱只在伯仲之间，关键看你个人的倾向和喜好是否与它们各自的长项相契合，而这方面，有确切需要的人自会做深入的了解，没有需求者不过作口舌之争罢了，故而多说无益。
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