一直到最近，人们还是深信由来已久的“情感和理性是分开的”观点，部分原因是因为大脑解剖和功能结构似乎证明了这一观点。
流行的脑功能图符合进化和发展的权威规则，并根据进化历史分配脑功能。职能划分大致如下。
大脑最古老的部分控制着最原始、最基本的功能。在如今的大脑功能图中，这个部分位于最内部：从时间的角度来说，那里是大脑的起点。从核心越往外，脑结构完成的功能越复杂。
脊髓的顶部（脑干），位于大脑深处，它是一种自动的生存系统，如果没有脑干，我们甚至不能呼吸。脑干是我们生理存在的支撑（见下图）。该系统含有类似延髓的结构，延髓控制着呼吸和心跳速率，从人体重要器官接收信号并反馈给它们。
你可以将其视为大脑的“总能量开关”。一旦脑干出现问题，整个系统就会断电，这就是为什么在摔倒或其他事故中脑干的损伤会使人致命。
处于大脑的核心但比较靠外的部分的功能是加工情绪。情感的最原始形式就是在这些深层结构中被加工的。这类结构被称为边缘系统，大致来说，它包括一些听起来怪异而非真实的组织，如丘脑、海马和杏仁体。
“边缘”这个词来源于拉丁文limbus，意思是边缘或边界。
对于从脑干顶部突出的这些组织，这个名字是合适的。最后，围绕边缘系统和脑干的结构是皮层。皮层是最后加入脑组织的，但其进化程度最高。
皮层最初出现时非常薄。经过长时间的进化，从它第一次出现到现在已经过去了数百万年，它一直在增长，神经元的数量一直在增加，它的能力也一直在提高。经过数亿年的进化，哺乳动物的大脑皮层取得了惊人的发展，成为现在所谓的新皮层，这是大脑皮层中最复杂的皮层形式。
新皮层像帽子那样扣在大脑的其他部分上，它由大片缠绕着的、皱巴巴的组织组成，这使得大脑看起来像一块皱巴巴的布。
大脑组织转弯的地方被称为脑回，脑回之间的坑洼叫做脑沟。在哺乳动物进化史上，经历了最多变化和发展的新皮层是前额叶皮层，就在前额和眼睛后面。
前额叶皮层几乎占据了整个皮层的三分之一。与体型相比，我们是地球上唯一拥有如此大而复杂的前额叶皮层的物种。如果我们把大脑的发育比作建造房子，前额叶皮层是房子的最高层，也是大脑的阁楼。
一般而言，前额皮质也控制注意力，它帮助我们集中注意力，避免走神。前额叶皮层在个体发育成熟的后期才形成完整的形态，也就是说，直到20岁出头或20至30岁才能完全发育完成，这就是为什么儿童和青少年对他们生活中的艰难决定没有做好充分的准备，以及为什么他们更倾向于冒险。
大脑的这些脑区不是简单地一个摞在一个上面的。它们之间相互连接，形成了整体且和谐的外观形态及功能区域。负责理性的脑区从负责冲动的脑区核心中生发出来，因此两者紧密相连，互相通信并调节着情绪。
很多个世纪以来，人们认为情绪和理性在大脑中是两种完全相反的属性。它们相互竞争、彼此排斥，就像水和油一样永远不会混合在一起。理性脑区帮助我们分析、评估外部的事件，而情绪脑区则告诉我们自己内在的心理状态。
但是，最近20年来，大脑功能的这种粗略划分受到了质疑。
大脑中完成理性任务的脑区与负责情绪的脑区之间的界线变得模糊了。对大脑的功能研究逐渐表明：虽然大脑的前额叶部分紧握着理性的“缰绳”，但对情绪似乎也发挥着一定的作用。理性与情绪在大脑上的分布不再“一刀切”了，人们也开始用更科学的眼光来看待我们大脑各个区域的功能。
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