公检法部门配合多于制约，法、检申诉内部监督程序缺乏，部门利益制约等弊端使申诉制度难以发挥其应有作用，构建公正、公平、高效的刑事申诉案件办理制度，是当前司法机关的一项迫切任务。
一、当前刑事申诉案件办理难点
1、刑事申诉案件复查职责分工不够明确
根据我国《刑事诉讼法》相关规定，法院和检察院都有权接受当事人及其亲属提起申诉的材料。然而法律并未明确规定法检两家在申诉案件审查上的具体分工，在司法实践中经常出现互相推诿的情况。笔者曾在省级检察机关专门办理过刑事申诉案件，在办理过程中经常遇到一个申诉案件如果法院受理在先，检察机关会不予受理，必须等到法院审查结束，才予以受理。
根据法律规定，正常的刑事申诉案件审查时间为三个月，疑难复杂的还可以延长三个月。如此这般，一个刑事申诉案件在一级法、检两院最长需要一年时间，若一个案件是在基层法院判决生效，从基层法、检两院申诉直到最高法院、最高检最长需要四年时间。这对于刑事申诉当事人及其亲属来说，不仅是巨大的经济负担，更是巨大的思想包袱。
2、刑事申诉案件复查阶段律师参与不足
在某些错案申诉及复查过程中，当事人的律师发挥了很大的作用。例如河南的王俊超案、河北的徐计彬案中，代理律师功不可没。
但在现实阶段，申诉案件律师参与较少。一方面是申诉人往往因为经济原因请不起律师，另一方面是大多数律师不愿意代理刑事申诉案件，而我国目前又缺乏相应的法律援助制度和资源，导致错案当事人及其亲属申诉具有较大的盲目性和无效性。
3、自我纠错的申诉再审制度存在缺陷
目前，我国的刑事错案申诉制度实际上以“自我纠错”为主，即一般是由当年办案的司法机关或者上级机关决定再审或者改判。虽然检察机关也可以受理申诉，但是启动再审的决定一般是由法院作出的，因此启动再审即意味着改判，这实际上变相消除了启动再审程序的独立性。冤案的制造者往往不愿意承认错判，甚至有些人想方设法阻扰翻案，即使司法机关领导没有参与制造冤案，但是考虑到部门利益或同事关系，往往也采取推诿或回避的态度，消极对待本院所办理的错案。由此可见，司法机关自我纠错制度的设计违反了人类趋利避害的行为规律，也违反了“任何人不得做自己的法官”的箴言。
4、认定错判的证明标准不够明确
我国现行的法律没有明确规定错判的证明标准，只规定了再审的条件。《刑事诉讼法》第242条规定：“当事人及其法定代理人、近亲属的申诉符合下列条件之一的，人民法院应当重新审判：
(一)有新的证据证明原判决、裁定认定的事实确有错误，可能影响定罪量刑的;
(二)据以定罪量刑的证据不确定、不充分，依法应当予以排除，或者证明案件事实的主要证据之间存在矛盾的;
(三)原判决、裁定适用法律确有错误的;
(四)违反法律规定的诉讼程序，可能影响公正审判的;
(五)审判人员在审理案件的时候，有贪污受贿，徇私舞弊，枉法裁判行为的。”
启动再审是认定和纠正错案的基本路径，认定错案的证明标准可以高于启动再审的标准。由于法律规定不够明确，一些办案人员在办理申诉案件时把握标准较高，甚至按照刑事诉讼中认定有罪的标准，要求证明申诉人无罪或他人系“真凶”的证据达到确实充分的程度。刑事申诉案件当事人及亲友往往因为主客观条件的限制很难收集到确实充分的证据来证明错判，如果非得铁证才能翻案，则绝大多数冤案恐难平反，毕竟“亡者归来”和“真凶再现”都具有很大的偶然性。
近年来，民众的权利意识普遍提升，法治不断完善，刑事申诉案件逐年提高。如何保证蒙冤者平冤昭雪，不仅关系到当事人及亲友的切身利益，更关系到社会主义法治建设的成功与否。作为一名法律人，办理任何一件刑事申诉案件必须兢兢业业、如履薄冰。只有如此，才能使案件得以还原事实，从而使得案件得以公正办理。
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