从人人艳羡的留洋生涯挣脱出，坚持回国回到北大，然而在2017年发表论文《猫腻：中国网络文学的大师级作家——一个学者粉丝的作家论》，将网络文学作家猫腻与金庸相提并论，从而被骂“北大教授博人眼球”。但她始终不以为意，只凭着“心性”自由选择。
缘于五四纪录片，考上北大
1986年，邵燕君被北大中文系录取。高考前，一位老师问邵燕君：“你报考哪里？”在场的语文老师随即替她回答：“她是做‘红楼梦’的。”
在她看来，对于这片园子的执着，或许缘于中学时看过的有关五四运动的纪录片，向往着北大自由和丰富的生活。
八十年代末的北大是“骚动不安”的：人来人往的三角地贴着各个学科的讲座的布告，讲座教室的后排总站着听讲的人；图书馆旁的草坪上则聚集着“草坪歌手”和他们的听众。
对邵燕君来说，八十年代末的北大“风云际会”，那时的她是北大校刊记者，并且借由采访的名义，陆续走访了数十位文化界的风云人物：洪子诚、谢冕、钱理群、乐黛云……因此，她在大三时便撰写出一篇一万五千字的长文《进退之间——从商品经济的冲击看知识分子的命运》。
采访的过程中，对于邵燕君而言，堪称“无偿上课”，不仅能够接触到那些素日景仰的学者，还能解答自己的一些疑问，甚至结束采访后，有些先生还会就她感兴趣的问题，介绍其他大师给她认识。
不但要回国，而且一定要回北大
1993年，邵燕君硕士毕业，进入中国新闻社工作。她并不局限于校园视野，而是以“更外部、更广阔”的方式凝视轰动一时的文学现象，更倾向于注重社会大众的关注范畴。
1995年，邵燕君辞掉记者工作，跟丈夫去了新加坡。2000年，邵燕君结束了五年的异国生活，抱着儿子跟丈夫一道回国。那时，她只有一个想法——不但要回国，而且一定要回北大。
2003年，邵燕君博士毕业，留在中文系任教。后来，她学术研究中发现，“文学圈”由于种种原因，导致大量的读者和业余作者流失。
于是她抛弃文学期刊的既有研究成果，转战中国拥有庞大规模的网络文学。那时邵燕君便开始结缘猫腻的作品，其中《间客》的一句台词，“虽千万人，我不愿意”，让她着迷。由于有了喜欢的网络作家，从2011年起，她开始开设关于网络文学研究的课程。
抗住质疑，开设网络文学研究课程
然而学界对网络文学的评价不高，也缺乏相关的理论资源和研究资料，所以很多人都不看好邵燕君的尝试。
所以，当她第一次开设网络文学相关的讨论课时，是抱着试水的心态。起初最早选课的研究生里，只有少数几人熟悉网络文学，到后来更多的本科生加入。从一块找资料，到发表国内最早关于网络文学的论文，以及相关的专著和教材，邵燕君和学生们的成果愈发丰硕。
2014年，邵燕君和学生们还一同创办了媒体账号“媒后台”，除了推出与网络文学相关的文学评论、论文等研究成果，还包括了一些相关词条。2017年，这些词条集结为一本《破壁书——网络文化关键词》，试图从黑话术语的释义入手，从而勾勒出网络文化的面目。
邵燕君的研究团队里有不少博士生，他们只是喜欢看网络小说，然而意外发现网络文学还可以进行学术研究，“觉得好玩儿”的心态，让他们一路坚持了下来。当然，邵燕君认为，学生能够因为喜爱而激发学术热情，本身就是一种“对的状态”。
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