明朝的总督是临时派遣，一般说来其使命都是总揽一方军务，如保境安民，平定叛乱，主持防务等，有时也会负责一些重大民政事宜，如漕运、河务等。
在明朝，总督一职因事而设，事毕即撤，通俗说，有钦差大臣性质，所以往往由朝廷重臣担任，权力很大，所到之处，入朕亲临，地方军政要员皆要听其节制。
比如，明正统六年，明廷用兵麓川，以兵部尚书王骥总督军务，这是中国历史上第一次出现以总督来命名的官职。
再比如，正统至景泰初年，明廷以兵部尚书于谦总督京师军务，主持北京保卫战，抵御瓦剌入侵。
可以说，在明朝，总督一职举足轻重。能够被托以总督一职的人，即便是在朝廷，那也是内阁要员，身居高位，影响力大，且为皇帝所信任。
而在清朝，总督一职则成为定制，管辖一至三省军政，官品一般为正二品，但后来清廷规定地方总督可加兵部尚书衔以及都察院右都御史衔，遂为从一品。
有清一代，清朝共设置了九位总督，即直隶总督、两江总督、两广总督、湖广总督、闽浙总督、陕甘总督、四川总督、云贵总督和东三省总督。此外，还有漕运总督以及河道总督。
与明朝的总督相比，清朝总督已蜕变为一类地方官职，不再具备中央派出的钦差性质，更无法代表皇权行事，其权力大为缩水。
而且，清朝总督并不能彻底节制作为一省之长的巡抚。因为从本质上看，总督的管辖权很多侧重于军务，而对于民政、财政、司法诸项权力，其权力未必能延伸至辖下各省。尤其面对一些具体情况，巡抚并不一定要弱于总督，比如江苏巡抚在江苏的影响力，就要高于两江总督，这导致两江总督在江苏很掣肘。
更何况，由于清廷惧怕地方权力过大，所以便大量授予地方官专折奏事的权力，令其互相参劾，以便皇权控制。到乾隆年间，不仅总督有此权力，巡抚和布政使都有此项权力，所以总督的权威被大大削弱，与明朝总督更是无法同日而语了。
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