本文转载自公众号“唯菌论”
2020年3月24日是第25个世界防治结核病日，2020年世界防治结核病日的主题是“时不我待”。世界卫生组织与全球基金和遏制结核病伙伴关系也一道发起了一项题为“Find. Treat. All. #EndTB”（发现、治疗所有病例以终止结核病）的联合举措。而在结核病的“Find”环节，近几年来，宏基因组测序技术发挥了越来越大的作用。
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01
新冠疫情下不寻常的“结核病”
来自黄山首康医院呼吸内科的吴翔主任是安徽首批援鄂医疗队的队员，在武汉他接诊了一名不寻常的结核病患者。
该患者是一名中年男性，发热咳嗽10天后入院，在入院前2天咽拭子新型冠状病毒核酸检测阳性。入院时呼吸稍促，右肺叩诊浊音，CRP及D-二聚体较高。但值得注意的是，该患者1年前发现陈旧性结核，但无结核活动依据，所以未进行抗痨治疗。
新型冠状病毒肺炎确诊
入院前5天CT显示右上肺陈旧性肺结核病灶，右侧胸腔有中等量的胸腔积液。
入院第二天CT显示右上肺陈旧性肺结核病灶无明显变化，右侧胸水明显增多。右肺中叶，出现新发小范围斑片状病灶，毛玻璃影基础上伴有实变。
该患者身处武汉疫区，右肺中叶有新增病灶（虽不典型），痰涂片结核分枝杆菌、真菌阴性，但新型冠状病毒核酸检测阳性，所以临床考虑该患者患有新型冠状病毒肺炎。
mNGS助力胸水结核分枝杆菌检出
那胸水到底是新型冠状病毒感染引起的还是结核分枝杆菌引起的？
吴翔主任首先查阅文献发现新冠病毒导致的胸膜炎文献中报道较为少见，而且多为双侧的中等量胸水（与本例患者右侧胸水有差异）。然后进行了胸腔穿刺，胸水李凡他实验阳性（渗出液），白细胞增多。但由于疫情特殊时期，无法进行分枝杆菌培养。
为进一步明确胸水是什么原因导致的，送检mNGS（RNA）产品，检出总序列数高达116M，检出结核分枝杆菌复合群1条序列数，未发现新型冠状病毒。考虑到结核分枝杆菌为胞内菌，在属水平上检出1条序列数具有一定提示意义，因此临床考虑该患者可能为结核性胸膜炎。
使用阿比朵儿、莫西沙星以及HRZE进行针对性治疗，入院后第7天复查CT，胸水几乎没有了，且右肺中叶的病灶也明显吸收了。后续，该患者新型冠状病毒核酸检测2次阴性后符合标准出院，继续进行抗痨治疗。
02
高血糖患者跌倒后反复高热竟是“结核”作祟
血糖升高3年多的57岁男性患者，入院前20天跌倒后出现左侧腰背部不适，但是没有发热和胸闷。入院前4天至南方医科大学深圳医院进行全腹CT。入院前3天，患者出现食欲减退、乏力，但无恶心、呕吐等不适。入院前1天至医院门诊进行检查，拟“2型糖尿病并酮症”入院。
曲折的诊治之路
入院后检查发现CRP升高、甲功三项FT3降低、肿瘤五项CEA、CA199阳性。
入院第2天，出现39℃高热。行胸部CT发现：1.左侧第11后肋骨折，伴T10-11椎体旁血肿。2.左肺下叶渗出，左肺上叶尖后段肉芽肿，双侧少量胸腔积液，左侧斜裂少许包裹性积液。3.脂肪肝，肝S1囊肿。T1椎体右侧份低密度灶，局部骨折可能。医生给予患者舒普深及左氧氟沙星，但仍反复高热。
入院第5天，SPO下降，肺CTPA显示左肺上叶尖后段动脉分支及左肺下叶动脉分支强化欠均匀，可疑动脉栓塞。
入院第6天，转入呼吸内科，当天予美罗培南 +替考拉宁+低分子肝素抗凝，但发热仍无缓解，WBC、PLT下降，PCT、TB升高，抽血送检mNGS。
入院第8天，转入ICU，使用无创呼吸机辅助呼吸；延用美平，加用左氧氟沙星进行治疗。并完善了各项院内检查，但仍未发现患者反复高热原因。
mNGS助力感染病原发现
转入ICU当晚，回报血液mGNS检测结果，检出总序列数高达169M，检出结核分枝杆菌复合群属水平11条序列数。当晚予INH、PZA、EMB、利奈唑胺、阿米卡星治疗并进行了隔离。
后续对患者行骨髓穿刺，发现骨髓增生降低，偶见巨噬细胞及嗜血现象，转入血液科后取病灶脓液再次送检mNGS，检出总序列数为21M，检出结核分枝杆菌复合群属水平117条序列数，进一步明确患者为结核分枝杆菌感染。
为进一步研究检测总序列数（即数据量）与结核分枝杆菌检出序列数之间的关系，我们模拟了不同数据量时血和脓液标本中结核分枝杆菌的检出序列数，发现使用宏基因组测序技术诊断结核病时，通过提高检测总序列数可以有效提高结核分枝杆菌的检出序列数。
图. 不同数据量时血和脓液标本中结核分枝杆菌检出序列数
03
mNGS在结核病诊断过程中的应用
传统的结核病病原学检查有痰涂片抗酸杆菌染色、痰培养、血清学检测、γ干扰素释放试验（IGRA）、分枝杆菌分子生物学检测等。但这些方法只能鉴别该患者是否为结核病，当患者不是结核感染的时候，无法确认引起感染的病原体。宏基因组测序技术可以无偏性的检测细菌、真菌、病毒、寄生虫等多种病原体，显著提高病原诊断阳性率。
宏基因组测序技术应用于结核病的“Find”环节时，因为结核分枝杆菌属于胞内感染菌，相对其他细菌来说，其释放的游离核酸相对较少，检出序列数一般较低。并且结核分枝杆菌的种间基因组相似很高，因此种水平的严格比对序列数往往为0。
因此结果判读时建议查看结核分枝杆菌复合群水平检出情况：
01
结核分枝杆菌复合群水平序列数≥1条，有一定提示意义；
02
复合群水平序列数≥3条，有较强提示意义；
03
以上均需要结合临床及其他检测结果等做综合判断。
04
3月24日世界防治结核病日
每年都在3月24日纪念世界防治结核病日，以提高公众对结核病对健康、社会和经济造成的破坏性后果的认识，并加紧努力，在全球终止结核病流行。这个日子也标志着罗伯特·科赫博士在1882年的这一天宣布发现结核病致病菌，为该病的诊治开辟了道路。
结核病目前仍然是世界最致命的传染病杀手。每天有超过4000人死于结核病，并有近3万人感染这种可预防且可治愈的疾病。
今年我国世界防治结核病日的宣传主题是”携手抗疫防痨、守护健康呼吸”，寓意着在当前新冠肺炎疫情防控形势不断向好的情况下，另一种通过飞沫传播的慢性呼吸道传染病——肺结核，也是当前严重危害人民健康的主要传染病，防治工作时不我待！我们呼吁大家继续团结一心、共同携手，积极为消灭新冠肺炎疫情、遏制结核病流行而不懈努力，并为消除这两种传染病的危害、保护人民生命安全和身体健康贡献力量。
附黄山首康医院呼吸内科的吴翔主任案例分享视频
感谢黄山首康医院及南方医科大学深圳医院提供病例。
部分内容来源自“世界卫生组织”、“中国疾病预防控制中心”。
作者/编辑：赵晓晶
校审：孙经梦
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