秦始皇为统一思想下令将民间的诸子百家书籍销毁，凡是私自藏有书籍的一律治罪，儒家的经典书籍也都被销毁，秦朝也就没有传授学习儒家经典的人。
汉朝初年由于官方采用道家黄老思想，对于其他各派思想并不禁止开始有复苏迹象。而此时的儒家经典书籍只能靠那些残存仅剩不多的学者背诵记录下来，在用当时通行的文字隶书进行抄写。后来在孔子的旧宅与河间献王等处，又发现了许多战国时代遗留下来的儒家经典，上面的字体是用的秦统一之前的篆书抄写的，被称为是古文经，而原来用隶书写的便是今文经。
今文经和古文经的不同不仅是字体上的区别，篇章的不同，对于经书的理解也存在着很大的偏差。今文经解释经义，主要“通经致用”，注重章句的推衍，结合阴阳五行和刑名学说发挥“微言大义”，提倡大一统，尊君抑臣、正名分等思想。古文经看重章句训诂，把儒学经典视为古代的历史资料，具有复古的思想。这样两派有着严重的分歧。
今文经出现的比较早，董仲舒就是今文经的代表人物，后来又得到汉武帝的重用，今文经经学被立为了官学。而古文经则出现的晚，出现时今文经已经占据官学并且遭到排斥。汉成帝命令天下人搜寻遗书，让刘向、刘歆父子进行整理图书，又发现了《春秋左氏传》《毛诗》《逸礼》等古经文书。到王莽当权时，取代汉朝并想进行改革，变托古改制，古文经借此被立为官学。王莽政权覆灭，光武帝建立东汉，又取消了古文经博士，重亲确立今文经为官学，共十四博士。但是古文经虽然失去了官学的地位，在民间却广泛的流传。
两派的相互争斗，最后由郑玄结束。郑玄原本是古文经学家，后来又破除各家的传统，广采众家学说，编注群经，得到了今古文两派的认可，而被称为郑学。今古文经之争基本结束，在这一时期还出现了我国最早的一部字典《说文解字》，许慎为了反对今文经学派根据隶书经典，花了22年的时间写成，收小篆9353个，收古文、籀文1163个为重文。全书分为540部，共13万余字，简明扼要。
西汉时期的今文古文之争，是儒家内部的争端，为的是获取功名利禄占据官学的地位，也是统治阶级内部争夺权力的表现。两派对经文解释有很多的不同，但是对于歌颂先王、美化古代的政治制度、为封建统治阶级的服务的态度还是一样的。今古文经的争论也促进了学术的发展。
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