尽管近年来农村电商发展迅速，取得较好成效，但由于我国农村地域之广，农村居民生活与农业生产的高度分散及规模小等多方面因素，农村电商发展仍然面临一些问题与挑战，主要有以下五个方面。
（一）工强农弱，品类失衡，农产品上行和工业品、消费品下行差距大
农产品上行占比低，仅占农村网络零售额近20%左右；农产品网络零售额占农产品流通总额比重不足1%，农产品触网率仍然很低，农产品批发市场仍然是农产品流通的主渠道；消费品下行占比高，如农村实物类产品如服装鞋包、家装家饰、食品保健等，农村服务类产品如在线旅游、在线餐饮等。
（二）东强西弱，物流配套不均，农产品物流成本高，农产品上行成本高
电商规模分布不均衡，呈现东强西弱格局；物流分布不均衡，在偏远地区，行政村/自然村配送网点仍然不健全；配套设施不健全，冷链物流发展滞后,原产地冷链的配套基础设施建设相对不足；农产品物流成本高，由于我国农业小规模分散生产及农村居住分散的特征，单件产品快递配送从县城到村之间的成本费用远高于县城到大城市之间费用。
（三）农村人才匮乏，电商人才“难育、难引、难留”
农村人才匮乏，我国农业生产者文化教育水平主要集中在小学和初中，对于生产经营新理念的认知、接受相对缓慢，对于新技术应用能力较弱，大多数农业生产者自身条件很难满足电子商务对人才的要求。农村电商人才“难育、难引、难留”，不少专业、有能力的优秀电商人才更多倾向于留在城市发展，受工作环境与薪酬等多方面条件限制，不愿意来到农村发展，伴随着农村电子商务的蓬勃发展将带来大量农村电商人才的缺口。
（四）农业生产经营高度分散，农产品质量控制难、标准化程度较低，难以达到农产品上行门槛
一方面，我国有2亿左右农业经营户，其中规模经营户不足400万个，农业生产高度分散与生产经营组织化程度较低，增加了农产品生产标准化和质量控制难度。另一方面，流通配套设施滞后，品控难度大。我国果蔬、肉类、水产品冷链流通率和冷链运输率较低，而流通损耗较高，冷链脱节造成生鲜农产品从采摘到配送过程损耗过多，无形中提高了物流成本且很难保证产品品质和质量安全。分散小农户由于缺乏质量相关认证及农产品生产很难统一标准，比较难达到大型电商平台准入条件。
（五）农村电商模式趋同，上行农产品同质化严重，未能建立产业链利益联结机制
农村电商模式趋同，主要以传统的农产品上行、消费品下行为主，以实物产品销售电商平台居多，提供社会化服务的电商平台较少，还没有充分挖掘农村电商的多业态、多功能，没有完全渗透农业全产业链；上行农产品同质化严重，同一区域同类农产品同质化严重，电商协同不够，很难实现同一农区的差别竞争、品牌提升，难实现优质优价。同时，产业链利益联结机制不健全，产业链前端与中后端处于分割状态，农户、规模大户、合作社+电商平台的利益联结机制未能建立。
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