“CLANNAD”after story主要讲述了冈崎朋也与古河渚毕业、结婚、生子，两人之间的感情以及相关人物的剧情。
学园祭结束后冬天就到了，古河渚由于发高烧而病倒了，由于高烧一直没退，来学校的次数也越来越少，结果渚不得不再次一个人重读三年级。朋也的同学们也想好了各自的出路。朋也不打算升学，但是不知道自己该做些什么，于是听从古河夫妇的建议留在了古河面包店工作。天气变暖，渚也重新开始高三的生活。
在古河面包店工作了一段时间，朋也渐渐明白了自己的责任，于是出去找了一份类似于电工的工作，在前辈芳野祐介的指导下努力工作。当朋也工作渐渐有起色的时候，朋也的父亲发生了意外，这件事令朋也十分伤心、愤怒。渚看到这样朋也，很伤心，一直在努力的宽慰朋也。
渚在努力学习的同时，尽力不因为身体原因而旷课，渚顺利毕业也不打算升学。朋也通过了古河秋生棒球测试，顺利与渚结婚。两人便开始同居生活，朋也工作养家，渚悉心照料着朋也。日子一天天过去了，一天，渚怀孕了，古河夫妇表示祝福的同时也有些担心。担心渚的身体分娩时会发生意外，但是渚一直劝大家不用担心。渚为了朋也能够第一个抱到孩子决定在家分娩。
“CLANNAD”中最令人感动的片段便是古河渚分娩的那段。古河渚分娩当天，外面大雪纷飞，朋也一直握着渚的手，鼓励着渚，渚也努力着，决心要将汐生下来。在分娩过程中，渚昏迷多次，又因疼痛而醒，最后汐出生了，而古河渚也因此去世。朋也在伤心中感叹:“如果在那条樱花道上没有遇见渚该有多好。”
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