西方宗教在很早以前便已经传入中国，但高潮却是随着大航海时代而来的明清交接之际，这一时期不仅有大量的西方传教士涌入了中国，少量的西方传教士还进入了中国的官僚体系。
但由于宋明理学和儒释道三家在中国长久的影响力，特别是从宋代开始的新儒学，已经将古代中国的封建政权与理学思想体系紧密联系在了一起，并且逐渐让二者成为了不可分割的整体，在这种情况下，来源于外国，与儒家学说大相径庭的西方宗教，便被越来越多的贴上了“异端”的标签。
那么在明清两朝，面对这个异端学说，他们都想了什么办法呢？
一、理论质疑
在17世纪初，面对四处传教的西方西方传教士，出生于释儒道的文人和学者深感忧虑，相继写了近60余篇杂文和奏章对西方宗教进行理论上的质疑。
这其中的集大成者要数出生于浙江的一位文人所编辑的《破邪集》，顾名思义就是要攻破西方邪教的书籍。
这本书使用各种各样的论据对西方宗教的理论体系进行了攻击，如有一个作者以推理和常识发问道：如果上帝象天主教徒所说确实是好心的和强有力的，那他怎么能让亚当和夏娃犯下一种遗传到后世的污秽的罪孽呢？即使一个软弱无力的人都能在某种程度内防止邪恶，全能的上帝为 什么不能连根铲除这种邪恶呢？
还有一种使用怀疑论的论据进行质疑，书中说：天主教徒责骂佛教徒和道教徒，说……他们关于因果与轮回的教义含糊不清和无法证实。但天主教教义所谓崇拜上帝的人保证可升入天国、否认上帝的人肯定会进入地狱，……这说法就能得到检验和证实吗？
除此之外，清初官吏杨光先（1597—1669年）的著作也掀起了一场反对西方宗教的高潮。
杨光先以性格暴戾出名，有强烈的仇外情绪，对著名的耶稣会士、天文学家汤若望（1591—1666年）在北京掌管的权力心存嫉忌，当时汤若望在清朝的钦天监任职，并是少数能够接近清帝的外国传教士。
杨光先对西方宗教和汤若望历法的抨击文章，于1665年发表在《不得已》一书中。此书的论据极为敏锐，是杨光先花了大量时间熟悉过早期基督教历史和教义的基本内容上而写成的。
但是他后来之所以有感召力（他成了十九世纪反基督教的英雄，他的著作经常再版）的主要原因，是他对于西方传教渗透的问题流露出心急如焚的感觉。在他那个时代，这种忧虑是与威胁的程度不相称的。
这些具有代表性的质疑观点，虽然极为偏颇，且在一定程度上不符合逻辑，但是在当时对于迟滞西方宗教的推广，促使明清两朝对西方宗教的扩散进行打压都起到了一定的促进作用。
二、律法制裁
虽然在明清之际，已经有部分诸如利玛窦、南怀仁等西方传教士进入了明清的官僚体系，但是在整个明清的学术氛围和权力意识中，仍然将西方宗教视为异端学说。
特别是当西方传教士坚守他们神权高于皇权，皇权受之于神权之时，它不仅成为了旁门左道的学说，更被明清两朝视为具有煽动叛乱动机的邪教和秘密会社，在清朝时，一度将西方宗教与天地会、白莲教等等同视为清朝的权力威胁。
为此，明清两朝制定了专门的律法对西方宗教进行限制，如明朝曾制定法令，主张禁止夜间集会，反对天主教徒的某些可疑的活动，并指出外国宗教以其政治上和教义上的原因应视为异端等。
1724年清雍正帝对西方宗教同样下达了禁令，在禁令中把它作为被禁止的教派而载入清代法典，而同一年颁布的《圣谕》有雍正帝的详尽批注，其中将西方宗教与当时许多人心目中感受极为恐怖的秘密会社之中的白莲教与天地会联系起来。
雍正之后，西方宗教在中国的传播陷入低潮，在形式上越来越类似于反抗清朝统治的秘密会社，直到一百多年后，西方列强再次打开中国的大门。
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