近代以来，各国舰船悬挂国旗或特定旗帜作为识别标志已是国际惯例，在海军中还有识别指挥官衔级的专用旗帜，海军旗帜是近代海军制度的重要组成部分。然而，这些惯例和制度却是伴随着国门洞开、列强入侵的屈辱进入中国的。
在鸦片战争之前，中国尚无“国旗”的概念。鸦片战争后，中国与外国的官方联系和贸易往来日趋频繁，因为没有国旗表明身份而导致不少争端，比如导致第二次鸦片战争的亚罗号事件就是因为中国商船悬挂英国国旗而致。1862年，清朝水师兵船在长江上与英国海军舰船发生冲突，英方以中方船只未悬挂国旗为由，拒绝承认其为官船。
■ 两位晚清洋务派领袖奕（左）和曾国藩（右）出于外交需要，拟定了清朝的官方旗帜。
有鉴于此，时任总理衙门大臣的恭亲王奕奏请朝廷，建议中国舰船一律悬挂黄色龙旗以辨身份。他还征求了湘军首领曾国藩的意见，后者表示赞同并拟定了旗帜样式：拟用三角尖旗，黄色画龙，龙头向上。曾国藩考虑方形龙旗与八旗中的正黄旗旗号相似，于是改为三角旗以免僭越之嫌。奕等人的建议得到清廷批准，总理衙门于1862年10月照会各国，以黄龙旗作为中国舰船的官方旗帜，并在1872年进一步明确了黄龙旗的使用范围和形制，在官方场合作为代国旗使用。
■ 同治年间采用的三角黄龙旗，也是近代中国海军的第一面官方旗帜。
1862年之后，中国舰船均悬挂黄龙旗作为船旗，但它还不是真正意义上的海军旗，而中国近代第一面专门设计的海军旗出自一位英国人之手，即海关总税务司李泰国。1862年，清廷委托李泰国向英国购买军舰，创建近代海军，这就是著名的“阿思本舰队”。李泰国还在自己设计的绿底黄十字海关旗基础上为这支舰队设计了军旗，这是中国历史上第一面海军旗，未被清政府采纳。
■ 英籍海关总税务司李泰国为阿思本舰队设计的军旗。
1881年，中国向英国订购的“超勇”、“扬威”号巡洋舰回国。当时各国军舰悬挂旗帜皆为方形，唯独中国军舰为三角旗，为了与国际接轨，北洋大臣李鸿章上奏朝廷，建议将三角黄龙旗改为长方形黄龙旗，获得批准。在1888年颁布《北洋水师章程》中将方形黄龙旗确定为正式军旗。次年，方形黄龙旗又被慈禧太后钦定为大清国旗，一直使用到清朝灭亡。
■ 光绪年间采用的方形黄龙旗，官方名称为黄底蓝龙戏红珠图，即是北洋水师的军旗，也是大清国旗，长宽比为8∶5。
随着北洋水师的创立，海军衔别旗也被引入近代中国海军。在鸦片战争之前，清朝水师多用代表东西南北中的五方旗（五色横条旗）作为高级官员旗，提督、总兵等高级将领使用帅字旗。1874年北洋水师成立时，在传统的五方旗基础上设立了两种海军衔别旗：提督旗和诸将旗。前者沿用五方旗样式，在旗面左上角增加一个方形白底，内置红色船锚，用于提督衔水师武官；后者为三色旗，旗面左上角同样为白底红锚，用于总兵以下诸将武官。
■ 北洋水师初建时期设立的提督旗。
■ 北洋水师初建时期设立的诸将旗。
关于提督旗的五色横条含义还有另外的说法：黄色代表皇权，白色代表满清贵族，黑绿红三色代表当时清朝建立的北洋、福建、南洋三支水师。此外，还有说法称五色源于传统的五行学说，即金木水火土。
■ 北洋水师初建时采用的高级官员旗，用于非海军高级官员乘舰时使用。
提督旗和诸将旗在《北洋海军章程》中继续沿用。同时，五方旗也依然作为高级官员旗使用，只是五色横条的排列顺序与提督旗不同，在四品以上非海军官员乘舰时悬挂。
相比西方海军与军衔体系相对应海军衔别旗，北洋水师的两级衔别旗显得过于简单。1890年3月，北洋水师驻泊香港期间，水师提督丁汝昌因公务离舰登岸，代理职权的右翼总兵刘步蟾于是降下提督旗，改挂诸将旗，引起英籍总监督琅威理的不满，后者被清廷授予副提督衔，认为应该继续悬挂提督旗，但刘步蟾拒不让步，李鸿章也对刘的举动表示支持，导致琅威理辞职回国。
■ 北洋舰队主力舰“镇远”号铁甲舰。
撤旗风波后，英国皇家海军通过外交部门向中方提出增设衔别旗的建议，还“热心”地仿效英国海军军衔为中方设计了旗面样式，包括一等水师提督旗、二等水师提督旗、三等水师提督旗、总兵旗、二等总兵旗等。
■ 英方设计的一等水师提督旗（草案）。
■ 英方设计的二等水师提督旗（草案）。
■ 英方设计的三等水师提督旗（草案）。
■ 英方设计的总兵旗（草案）。
■ 英方设计的二等总兵旗（草案）。
但是，清政府并未直接采用英方设计的衔别旗，而是在之前衔别旗的基础上进行了修改，将旗面左上角的船锚改为团龙图案，旗面横条的色彩和排序也所有变化，此外新设了鱼雷艇统领旗、队长旗等新旗帜。
■ 经过修改后的北洋舰队提督旗。
■ 修改后的高级官员旗。
■ 新设的鱼雷艇统领旗。
■ 新设的队长旗。
1894年甲午战争后，北洋舰队全军覆灭。之后，中国又经历了八国联军侵华、日俄战争等一系列战祸，海军重建举步维艰，直到1907年清廷迫于内外压力开始推行所谓“新政”后，海军重建才略见起色，在陆军部下设立海军处，任命载洵为海军大臣，引入西式海军军衔，参照八旗衔级设立了新的海军军衔体系，分为三级九等。与之相对应，全新设计了海军衔别旗，于1909年开始启用，分为海军大臣旗、海军正都统旗、海军副都统旗、海军协都统旗、统带旗和队长旗等。
■ 1909年采用的海军大臣旗。
■ 1909年采用的海军正都统旗，相当于海军上将旗。
■ 1909年采用的海军副都统旗，相当于海军中将旗。
■ 1909年采用的海军协都统旗，相当于海军少将旗。
■ 1909年采用的海军统带旗，相当于海军准将旗。
■ 1909年采用的海军队长旗。
上述旗面均将方形黄龙旗至于左上角，除海军大臣旗外均为蓝底，同时以不同数量的白星区分衔级，并使用了燕尾旗样式，无论是级别设置，还是样式设计，都已经相当西方化。不过，这套旗帜的使用时间很短暂，随着1911年辛亥革命爆发，清朝覆灭而被弃用。
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